Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 1,343,619 | A→C | 10.3% | intergenic (+32/‑98) | USA300HOU_RS06640 → / → USA300TCH1516_01248 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,343,619 | 0 | A | C | 10.3% | 891.3 / 74.5 | 280 | intergenic (+32/‑98) | USA300HOU_RS06640/USA300TCH1516_01248 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (131/120); new base C (15/14); total (146/134) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.67e-01 |
Only 100 of 292 total aligned reads displayed.
TATACATAAATACTAGTAAAGGGCTATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAATATCAGTCGACAGACTATAAACGGAGGT > USA300TCH1516_ALE/1343529‑1343709 | ataCATAAATACTAGTAAAGGGCTATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCaaa > 2:2619093/1‑91 (MQ=255) taCATAAATACTAGTAAAGGGCTATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAAt > 1:3767403/1‑91 (MQ=255) aCATAAATACTAGTAAAGGGCTATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAAtg > 1:2292976/1‑91 (MQ=255) aTAAATACTAGTAAAGGGCTATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAAtgtg > 2:1849967/1‑91 (MQ=255) aaaTACTAGTAAAGGGCTATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCACATTTGaa < 1:710673/91‑1 (MQ=255) aTACTAGTAAAGGGCTATTTCCTGAATCTGGACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAgg < 2:3247007/91‑1 (MQ=255) aTACTAGTAAAGGGCTATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCACATTTGAAgg < 1:3026901/91‑1 (MQ=255) aTACTAGTAAAGGGCTATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAgg < 1:3233758/91‑1 (MQ=255) aCTAGTAAAGGGCTATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCACATTTGAAGGtt < 2:1799980/91‑1 (MQ=255) aCTAGTAAAGGGCTATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCACATTTGAAGGtt < 2:3485353/91‑1 (MQ=255) aCTAGTAAAGGGCTATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGtt > 1:204218/1‑91 (MQ=255) cTAGTAAAGGGCTATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCACATTTGAAGGTTa < 2:3310813/91‑1 (MQ=255) cTAGTAAAGGGCTATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTa > 2:649964/1‑91 (MQ=255) cTAGTAAAGGGCTATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTa < 1:2090346/91‑1 (MQ=255) tAGTAAAGGGCTATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTAt < 2:3261220/91‑1 (MQ=255) aGTAAAGGGCTATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCACATTTGAAGGTTaaa < 1:3850562/91‑3 (MQ=39) aGTAAAGGGCTATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTAtt > 2:3535527/1‑91 (MQ=255) gTAAAGGGCTATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTAttt > 2:3351049/1‑91 (MQ=255) tAAAGGGCTATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTAtttt > 1:3195042/1‑91 (MQ=255) aaaGGGCTATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTAttttt > 1:1435320/1‑91 (MQ=255) aaGGGCTATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTAtttttt > 1:2706459/1‑91 (MQ=255) ggCTATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTAtt > 2:824122/1‑91 (MQ=255) ggCTATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTAtt < 2:109181/91‑1 (MQ=255) gCTATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTg < 1:1494334/91‑1 (MQ=255) tATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGcc > 1:2235493/1‑91 (MQ=255) tATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGcc < 2:2268625/91‑1 (MQ=255) tATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGcc < 2:1027119/91‑1 (MQ=255) tATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGcc < 2:1787129/91‑1 (MQ=255) ttCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCaa < 2:308429/91‑1 (MQ=255) ttCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCaa < 2:754958/91‑1 (MQ=255) ttCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCaa > 2:3019852/1‑91 (MQ=255) ctCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCaa > 2:2482636/2‑91 (MQ=255) ccTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCaaaa > 2:2192246/1‑91 (MQ=255) ccTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACCTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCaaaa < 2:3408188/91‑1 (MQ=255) cTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAAc < 2:2051626/91‑1 (MQ=255) tGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACg < 2:1693649/91‑1 (MQ=255) tGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACg > 2:1487246/1‑91 (MQ=255) gAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGt > 1:724530/1‑91 (MQ=255) gAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGt < 1:1092567/91‑1 (MQ=255) tCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCt > 1:2774419/1‑91 (MQ=255) cTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCtg < 1:3811311/91‑1 (MQ=255) cTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACCTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCtg < 2:3034335/91‑1 (MQ=255) aaCTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCtgatg > 1:2326025/1‑91 (MQ=255) aaCTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCtgatg < 2:548379/91‑1 (MQ=255) aaCTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCtgatg < 2:2161267/91‑1 (MQ=255) aCTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCtgctga > 1:3010610/1‑91 (MQ=255) aCTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCtgatga > 1:491297/1‑91 (MQ=255) cTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGAc < 1:3748598/91‑1 (MQ=255) aGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACAtttt > 2:1979200/1‑91 (MQ=255) gCATGGGGATAAAGAAAGTTTTCTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTa > 2:2818825/1‑91 (MQ=255) gCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTa > 1:275966/1‑91 (MQ=255) gCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTa > 1:1896435/1‑91 (MQ=255) gCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTa < 2:1654045/91‑1 (MQ=255) aTGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTaaa < 2:1931100/91‑1 (MQ=255) tGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTaaaa > 1:1234679/1‑91 (MQ=255) gggATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGc < 2:848811/91‑1 (MQ=255) ggATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCa > 2:938468/1‑91 (MQ=255) ggATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCa < 2:134057/91‑1 (MQ=255) ggATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCa < 1:1259201/91‑1 (MQ=255) ggATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCa < 1:3405364/91‑1 (MQ=255) gATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCaa < 2:1234606/91‑1 (MQ=255) aTAAAGAAAGTTTACTTTAAACATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTTACCATAACGTGCTGATGTCATTTTATAAGCAAg > 2:243430/1‑91 (MQ=255) aTAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAg > 2:2641353/1‑91 (MQ=255) tAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGt > 1:2833975/1‑91 (MQ=255) tAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGt > 2:3877723/1‑91 (MQ=255) tAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGt < 2:381447/91‑1 (MQ=255) tAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGt < 2:2738732/91‑1 (MQ=255) gaaagTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAGAAGCAAGTATgg > 2:3232294/1‑91 (MQ=255) gaaagTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATgg < 1:677351/91‑1 (MQ=255) gaaagTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATgg < 2:1898267/91‑1 (MQ=255) aagTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTg > 1:1970241/1‑62 (MQ=255) agTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAat < 1:351968/91‑1 (MQ=255) agTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAat < 2:3610678/91‑1 (MQ=255) agTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAat > 1:1686668/1‑91 (MQ=255) agTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAat > 1:993569/1‑91 (MQ=255) gTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAata < 1:3575112/91‑1 (MQ=255) ttACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAATATc > 2:320651/1‑91 (MQ=255) tACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAATATCa > 2:1528859/1‑91 (MQ=255) aCTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAATATCAg > 1:240560/1‑91 (MQ=255) cTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCtg < 1:1355011/58‑1 (MQ=255) cTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAATATCAGt < 1:1002095/91‑1 (MQ=255) cTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGACGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAATATCAGt > 1:884979/1‑91 (MQ=255) ttAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAATATCAGTCg < 1:2619093/91‑1 (MQ=255) tttAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAATATCAGTCGACAGACta < 1:3727092/91‑1 (MQ=255) tttAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAATATCAGTCGACAGACta > 1:1899248/1‑91 (MQ=255) tttAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAATATCAGTCGACAGACta > 1:835135/1‑91 (MQ=255) tttAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAATATCAGTCGACAGACta < 1:1314532/91‑1 (MQ=255) aatAACCTTCACATTTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAATATCAGTCGACAGACta > 1:3299679/3‑91 (MQ=255) atAACCTTCACATTTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAATATCAGTCGACAGACtat > 1:1781480/2‑91 (MQ=255) atAACCTTCACATTTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAATATCAGTCGACAGACtat > 2:2684709/2‑91 (MQ=255) atAACCTTCACATTTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAATATCAGTCGACAGACtat > 2:2592582/2‑91 (MQ=255) atAACCTTCACATTTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATCTTAAAAGCAAGTATGGAATATCAGTCGCCAGACtat > 2:583631/2‑91 (MQ=255) tAACCTTCACATTTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAATATCAGTCGACAGACtata > 1:1613745/1‑91 (MQ=255) tAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAATATCAGTCGACAGACtata > 2:1048396/1‑91 (MQ=255) ccTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAATATCAGTCGACAGACTATAAAc > 1:2440694/1‑91 (MQ=255) ttCACATTTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAATATCAGTCGACAGACTATAAACgg > 1:2470583/1‑91 (MQ=255) ttCACATTTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAATATCAGTCGACAGACTATAAACgg > 2:1135376/1‑91 (MQ=255) aaaTGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATg < 1:3262382/61‑1 (MQ=255) aaaTGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAATATCAGTCGACAGACTATAAACGGAgg < 2:3767278/91‑1 (MQ=255) aaTGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAATATCAGTCGACAGACTATAAACGGAGGt > 1:1178884/1‑91 (MQ=255) | TATACATAAATACTAGTAAAGGGCTATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAATATCAGTCGACAGACTATAAACGGAGGT > USA300TCH1516_ALE/1343529‑1343709 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |