Predicted mutation | |||||||
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RA | USA300TCH1516_ALE | 1,343,622 | G→T | 10.3% | intergenic (+35/‑95) | USA300HOU_RS06640 → / → USA300TCH1516_01248 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,343,622 | 0 | G | T | 10.3% | 930.5 / 71.3 | 280 | intergenic (+35/‑95) | USA300HOU_RS06640/USA300TCH1516_01248 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (125/126); new base T (15/14); total (140/140) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 |
Only 100 of 294 total aligned reads displayed.
ACATAAATACTAGTAAAGGGCTATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAATATCAGTCGACAGACTATAAACGGAGGTATA > USA300TCH1516_ALE/1343532‑1343712 | aCATAAATACTAGTAAAGGGCTATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAAtg > 1:3415240/1‑91 (MQ=255) aCATAAATACTAGTAAAGGGCTATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAAtg > 1:2293263/1‑91 (MQ=255) aCATAAATACTAGTAAAGGGCTATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAAtg > 1:860164/1‑91 (MQ=255) aTAAATACTAGTAAAGGGCTATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAAtgtg < 2:3241602/91‑1 (MQ=255) aaaTACTAGTAAAGGGCTATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCACATTTGaa < 1:712046/91‑1 (MQ=255) aaaTACTAGTAAAGGGCTATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGaa > 1:2014749/1‑91 (MQ=255) 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aCTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCtgatga < 1:1423705/91‑1 (MQ=255) tCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACa > 1:2818979/1‑91 (MQ=255) aGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACAtttt > 2:1979200/1‑91 (MQ=255) aTGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTaaa < 2:1931100/91‑1 (MQ=255) gggATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGc < 1:1253190/91‑1 (MQ=255) gggATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGc < 2:847054/91‑1 (MQ=255) ggATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCa < 2:134057/91‑1 (MQ=255) agATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCa > 1:1327223/2‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |