| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,362,255 | A→T | 8.6% | intergenic (‑187/+31) | USA300TCH1516_01271 ← / ← lysP_1 | hypothetical protein/Lysine‑specific permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,362,255 | 0 | A | T | 8.6% | 817.5 / 46.7 | 245 | intergenic (‑187/+31) | USA300TCH1516_01271/lysP_1 | hypothetical protein/Lysine‑specific permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (138/86); new base T (15/6); total (153/92) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.82e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 | |||||||||||
Only 100 of 250 total aligned reads displayed.
AACAGAATACTAGTTAATACACTTTATACTAGAAAAAGATATTAAAGTATATCTGCTTTACACCATTAAAAAGCGGCAAATGCTATAGATAATCTAAAGCATCTGCCGTATGAGAATTTATTTATTTTTGATTGTCATAATCGTGTGGTTTTAAATTAATTGTTTCTAGCTTTACAAATTT > USA300TCH1516_ALE/1362165‑1362345 | aaCAGAATACTAGTTAATACACTTTATACTAGAAAAAGATATTAAAGTATATCTGCTTTACACCATTAAAAAGCGGCAAATGCTATAGATa > 1:23352/1‑91 (MQ=255) aCAGAATACTAGTTAATACACTTTATACTAGAAAAAGATATTAAAGTATATCTGCTTTACACCATTAAAAAGCGGCAAATGCTATAGATaa > 2:2877471/1‑91 (MQ=255) gAATACTAGTTAATACACTTTATACTAGAAAAAGATATTAAAGTATATCTGCTTTACACCATTAAAAAGCGGCAAATGCTATAGATAATCt > 2:1518154/1‑91 (MQ=255) aaTACTAGTTAATACACTTTATACTAGAAAAAGATATTAAAGTATATCTGCTTTACACCATTAAAAAGCGGCAAATGCTATAGATAATCTa > 1:1289295/1‑91 (MQ=255) aaTACTAGTTAATACACTTTATACTAGAAAAAGATATTAAAGTATATCTGCTTTACACCATTAAAAAGCGGCAAATGCTATAGATAATCTa < 2:2045588/91‑1 (MQ=255) aCTAGTTAATACACTTTATACTAGAAAAAGATATTAAAGTATATCTGCTTTACACCATTAAAAAGCGGCAAATGCTATAGATAATCTAAAg > 1:1084641/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |