| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,362,267 | C→T | 6.6% | intergenic (‑199/+19) | USA300TCH1516_01271 ← / ← lysP_1 | hypothetical protein/Lysine‑specific permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,362,267 | 0 | C | T | 6.6% | 821.1 / 30.0 | 255 | intergenic (‑199/+19) | USA300TCH1516_01271/lysP_1 | hypothetical protein/Lysine‑specific permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (148/90); new base T (14/3); total (162/93) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.20e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.51e-01 | |||||||||||
Only 100 of 257 total aligned reads displayed.
GTTAATACACTTTATACTAGAAAAAGATATTAAAGTATATCTGCTTTACACCATTAAAAAGCGGCAAATGCTATAGATAATCTAAAGCATCTGCCGTATGAGAATTTATTTATTTTTGATTGTCATAATCGTGTGGTTTTAAATTAATTGTTTCTAGCTTTACAAATTTTGTTTTGTGAAT > USA300TCH1516_ALE/1362177‑1362357 | aTACACTTTATACTAGAAAAAGATATTAAAGTATATCTGCTTTACACCATTAAAAAGCGGCAGATGCTTTAGATTATCTATAGCATTTGcc < 2:2685031/91‑1 (MQ=25) tACACTTTATACTAGAAAAAGATATTAAAGTATATCTGCTTTACACCATTAAAAAGCGGCAAATGCTATAGATAATCTAAAGCATCTGCCg > 1:693557/1‑91 (MQ=255) cacTTTATACTAGAAAAAGATATTAAAGTATATCTGCTTTACACCATTAAAAAGCGGCAAATGCTATAGATAATCTAAAGCATCTGCCGTa > 2:803623/1‑91 (MQ=255) cacTTTATACTAGAAAAAGATATTAAAGTATATCTGCTTTACACCATTAAAAAGCGGCAAATGCTATAGATAATCTAAAGCATCTGCCGTa > 1:2103839/1‑91 (MQ=255) acTTTATACTAGAAAAAGATATTAAAGTATATCTGCTTTACACCATTAAAAAGCGGCAAATGCTATAGATAATCTAAAGCATCTGCCGTAt < 1:1754084/91‑1 (MQ=255) tataCTAGAAAAAGATATTAAAGTATATCTGCTTTACACCATTAAAAAGCGGCAAATGCTATAGATAATCTAAAGCATCTGCCGTATgaga > 2:297491/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |