| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,368,899 | C→A | 5.3% | intergenic (+303/+77) | USA300TCH1516_01277 → / ← lexA_1 | hypothetical protein/LexA repressor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,368,899 | 0 | C | A | 5.3% | 890.3 / 25.1 | 253 | intergenic (+303/+77) | USA300TCH1516_01277/lexA_1 | hypothetical protein/LexA repressor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (118/121); new base A (2/12); total (120/133) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.21e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 259 total aligned reads displayed.
AAAATTTATATTAAAGAATGAGATTATCTAACAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAATATATAACGGTTTAAAATATTACATTTCGCGGT > USA300TCH1516_ALE/1368809‑1368989 | aaaaTTTATATTAAAGAATGAGATTATCTAACAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAAc < 2:2798680/91‑1 (MQ=255) aaaTTTATATTAAAGAATGAGATTATCTAACAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACg < 1:730806/91‑1 (MQ=255) aaTTTATATTAAAGAATGAGATTATCTAACAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGt < 1:3345156/91‑1 (MQ=255) aaTTTATATTAAAGAATGAGATTATCTAACAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGt < 1:2753647/91‑1 (MQ=255) tttATATTAAAGAATGAGATTATCTAACAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTaa > 1:2281685/1‑91 (MQ=255) ttggatTAAAGAATGAGATTATCTAACAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAGTTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAAc < 2:3728430/87‑1 (MQ=255) ttATATTAAAGAATGAGATTATCTAACAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAAc > 1:507652/1‑91 (MQ=255) ttATATTAAAGAATGAGATTATCTAACAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAAc < 1:912811/91‑1 (MQ=255) tataTTAAAGAATGAGATTATCTAACAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACt > 1:217519/1‑91 (MQ=255) atatTAAAGAATGAGATTATCTAACACTTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACtt > 2:3167936/1‑91 (MQ=255) atatTAAAGAATGAGATTATCTAACAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACtt > 1:2470303/1‑91 (MQ=255) tatTAAAGAATGAGATTATCTAACAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACtct > 1:1676264/1‑89 (MQ=255) atTAAAGAATGAGATTATCTAACAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACtttt > 2:2356360/1‑91 (MQ=255) atTAAAGAATGAGATTATCTAACAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAAGAAAACCTCTTGAAAACGTAACtttt > 1:3616046/1‑91 (MQ=255) ttAAAGAATGAGATTATCTAACAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACttttt > 1:114780/1‑91 (MQ=255) tAAAGAATGAGATTATCTAACAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTc > 2:673225/1‑91 (MQ=255) tAAAGAATGAGATTATCTAACAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTc > 2:2248333/1‑91 (MQ=255) aaGAATGAGATTATCTAACAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCaa < 2:448171/91‑1 (MQ=255) aGAATGAGATTATCTAACAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAag < 2:371881/91‑1 (MQ=255) aGAATGAGATTATCTAACAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAAAGTTACGTTTTCAag < 1:2267075/91‑1 (MQ=38) aGAATGAGATTATCTAACAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAAAGTTACGTTTTCAag < 2:152692/91‑1 (MQ=38) aGAATGAGATTATCTAACAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAAAGTTACGTTTTCAag < 1:2160053/91‑1 (MQ=38) aTGAGATTATCTAACAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAgg < 1:1304318/91‑1 (MQ=255) tGAGATTATCTAACAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGt < 1:2054771/91‑1 (MQ=255) tGAGATTATCTAACAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGt < 1:2544834/91‑1 (MQ=255) gagaTTATCTAACAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTc > 1:997038/1‑91 (MQ=255) agaTTATCTAACAAATCGCAATTTCTTGTTGAACTGAAGTGAGATTAGAATAAATAAAACCTCGTGAAAAAGTTACGTTTTCAAGAGGttt < 2:304054/91‑3 (MQ=21) gaTTATCTAACAATTCGCAATTTCAGCATGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCa > 1:2967522/1‑91 (MQ=255) aTTATCTAACAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCaa > 1:137287/1‑91 (MQ=255) aTTATCTAACAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCaa > 1:2739421/1‑91 (MQ=255) tATCTAACAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCaaaa < 2:3864640/91‑1 (MQ=255) tATCTAACAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCaaaa > 1:2430671/1‑91 (MQ=255) aTCTAACAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAAt < 2:1106155/91‑1 (MQ=255) tCTAACAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAAtt > 2:2874327/1‑91 (MQ=255) cTAACAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAAttt < 1:2257044/91‑1 (MQ=255) tAACAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTta < 1:2658360/91‑1 (MQ=255) tAACAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTta < 1:1987919/91‑1 (MQ=255) aaCAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCGAGAGGTCCAAAATTtat < 1:1264314/91‑1 (MQ=255) aaCAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCGAGAGGTCCAAAATTtat < 1:1264168/91‑1 (MQ=255) aaCAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTtat < 2:836105/91‑1 (MQ=255) aaCAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTtat < 2:3060898/91‑1 (MQ=255) aCAATTCGCAATTTCTGTTTGAAGTGAATTTAGATTAGAATAAGTAAAACTTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTtata < 2:3603812/91‑1 (MQ=255) aCAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTtata > 2:1620357/1‑91 (MQ=255) cAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATaa > 2:228661/1‑91 (MQ=255) cAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATaa < 2:19162/91‑1 (MQ=255) aaTTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCACTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATaaa < 2:1879378/91‑1 (MQ=255) ttCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATaaaaa < 1:3207233/91‑1 (MQ=255) ttCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATaaaaa < 1:1721128/91‑1 (MQ=255) cGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATg < 1:2395906/91‑1 (MQ=255) tCTGTTTTAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTGACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGCCtt < 2:3444009/91‑1 (MQ=255) tCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCtt > 2:355001/1‑91 (MQ=255) tCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCtt > 1:2372412/1‑91 (MQ=255) cTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTa > 2:336271/1‑91 (MQ=255) tGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTaa < 1:666464/91‑1 (MQ=255) gTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAAc > 1:1905586/1‑91 (MQ=255) tttGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACa > 1:577547/1‑91 (MQ=255) tttGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACa < 1:1410652/91‑1 (MQ=255) ttGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACaa < 2:3329101/91‑1 (MQ=255) aCTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTAc < 1:2769951/91‑1 (MQ=255) aCTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTAc < 2:2746072/91‑1 (MQ=255) aCTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTAc < 2:3426725/91‑1 (MQ=255) cTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACg < 1:3048397/91‑1 (MQ=255) gAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGat < 2:217519/91‑1 (MQ=255) aaTTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGata > 2:1168019/1‑91 (MQ=255) aaTTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGata > 2:1962210/1‑91 (MQ=255) tagattagaATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAatat < 1:1599765/91‑1 (MQ=255) tagattagaATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAatat > 2:1055438/1‑91 (MQ=255) ttagaATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAATATATaa < 2:2703973/91‑1 (MQ=255) tagaATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAATATATTAc < 2:204295/91‑1 (MQ=255) tagaATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAATATATAAc < 2:911931/91‑1 (MQ=255) tagaATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAATATATAAc > 2:1765041/1‑91 (MQ=255) tagaATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAATATATAAc < 1:1047149/91‑1 (MQ=255) agaATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAATATATAACg > 1:2313675/1‑91 (MQ=255) agaATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAATATATAACg < 1:3756229/91‑1 (MQ=255) gaATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAATATATAACgg > 1:2910352/1‑91 (MQ=255) ataaataaAACCTCTTGAAAACGTAACCTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAATATATAACGGtt > 2:3685369/1‑91 (MQ=255) taaataaaACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAATATATAACGGttt > 1:989090/1‑91 (MQ=255) aataaaACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAATATATAACGGTTTaa > 1:1027632/1‑91 (MQ=255) taaaACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAATATATAACGGTTTaaaa < 1:2385969/91‑1 (MQ=255) taaaACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAATATATAACGGTTTaaaa > 1:283558/1‑91 (MQ=255) aaCCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAATATATAACGGTTTAAAatat < 1:371400/91‑1 (MQ=255) aaCCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAATATATAACGGTTTAAAatat < 2:564387/91‑1 (MQ=255) aaCCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAATATATAACGGTTTAAAatat < 1:2693594/91‑1 (MQ=255) aCCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAATATATAACGGTTTAAAATAtt < 1:2944763/91‑1 (MQ=255) ccTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAATATATAACGGTTTAAAATATTa < 1:1128899/91‑1 (MQ=255) ctctTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAATATATAACGGTTTAAAATATTAc < 2:114780/91‑1 (MQ=255) ctctTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAATATATAACGGTTTAAAATATTAc < 2:112115/91‑1 (MQ=255) tctTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAATATATAACGGTTTAAAATATTACa > 2:3044514/1‑91 (MQ=255) ctTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAATATATAACGGTTTAAAATATTACAt < 2:283558/91‑1 (MQ=255) ctTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAATATATAACGGTTTAAAATATTACAt < 2:1334344/91‑1 (MQ=255) ctTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAATATATAACGGTTTAAAATATTACAt > 2:1264203/1‑91 (MQ=255) ttGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAATATATAACGGTTTAAAATATTACAtt > 2:2468397/1‑91 (MQ=255) gAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAATATATAACGGTTTAAAATATTACATTTc < 2:702103/91‑1 (MQ=255) gAAAAAGTTACGTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAATATATAACGGTTTAAAATATTACATTTc > 1:1489014/1‑91 (MQ=39) aaaCGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAATATATAACGGTTTAAAATATTACATTTcgc < 2:3472380/91‑1 (MQ=255) aaaCGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAATATATAACGGTTTAAAATATTACATTTcgc < 2:3472239/91‑1 (MQ=255) aaaCGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAATATATAACGGTTTAAAATATTACATTTcgc < 2:887930/91‑1 (MQ=255) aCGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAATATATAACGGTTTAAAATATTACATTTCGCgg > 1:3561144/1‑91 (MQ=255) cGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAATATATAACGGTTTAAAATATTACATTTCGCGGt > 1:1349899/1‑91 (MQ=255) cGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAATATATAACGGTTTAAAATATTACATTTCGCGGt > 1:427355/1‑91 (MQ=255) | AAAATTTATATTAAAGAATGAGATTATCTAACAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAATATATAACGGTTTAAAATATTACATTTCGCGGT > USA300TCH1516_ALE/1368809‑1368989 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |