| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 79,612 | A→T | 11.5% | intergenic (+221/‑39) | USA300HOU_RS00355 → / → cmoB | hypothetical protein/tRNA U34 carboxymethyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 79,612 | 0 | A | T | 11.5% | 653.4 / 59.9 | 218 | intergenic (+221/‑39) | USA300HOU_RS00355/cmoB | hypothetical protein/tRNA U34 carboxymethyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (89/104); new base T (9/16); total (98/120) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.97e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.36e-01 | |||||||||||
Only 100 of 231 total aligned reads displayed.
TCTCGCGACCACAGCTTAATTTTTGGTGTTCATTCATGACTTTAAAAAATCCTTATTGCATAAATGTACATAGTGTAGTACTATTCAAAACGTAATTATTACGATTTGAATTAAGCGAGGAGAATGAAATGACTAAGACTTATGACGTTTGGTGGCAAAAAGGTCAAGAATCAGATGATG > USA300TCH1516_ALE/79523‑79702 | tctcGCGACCACAGCTTAATTTTTGGTGTTCATTCATGACTTTAAAAAATCCTTATTGCATAAATGTACATAGTGTAGTACTATTCAAAAc > 1:807899/1‑91 (MQ=255)tctcGCGACCACAGCTTAATTTTTGGTGTTCATTCATGACTTTAAAAAATCCTTATTGCATAAATGTACATAGTGTAGTACTATTCAAAAc < 1:2130959/91‑1 (MQ=255)tctcGCGACCACAGCTTAATTTTTGGTGTTCAATCATGACTTTAAAAAATCCTTATTGCATAAATGTACATAGTGTAGTACTATTCAAAAc < 1:3296168/91‑1 (MQ=255) ctcGCGACCACAGCTTAATTTTTGGTGTTCATTCATGACTTTAAAAAATCCTTATTGCATAAATGTACATAGTGTAGTACTATTCAAAACg > 2:3018427/1‑91 (MQ=255) tcGCGACCACAGCTTAATTTTTGGTGTTCATTCATGACTTTAAAAAATCCTTATTGCATAAATGTACATAGTGTAGTACTATTCAAAACGt > 1:2654165/1‑91 (MQ=255) tcGCGACCACAGCTTAATTTTTGGTGTTCATTCATGACTTTAAAAAATCCTTATTGCATAAATGTACATAGTGTAGTACTATTCAAAACGt < 2:3873138/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |