| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,373,008 | G→T | 5.1% | intergenic (+29/‑150) | USA300HOU_RS06835 → / → USA300TCH1516_01283 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,373,008 | 0 | G | T | 5.1% | 822.1 / 25.2 | 235 | intergenic (+29/‑150) | USA300HOU_RS06835/USA300TCH1516_01283 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (98/125); new base T (2/10); total (100/135) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.60e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.11e-01 | |||||||||||
Only 100 of 238 total aligned reads displayed.
TCAAATGATGACGATGATGAATAAAAATATGGATCAAAATATGAAGAGTGCGAAAAAGTAAATTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCAAATTAATAAGAATAAATATGTTTATTAAAATTAAAGTTAACAAAATGACGAATAGACTGAGA > USA300TCH1516_ALE/1372919‑1373098 | tCAAATGATGACGATGATGAATAAAAATATGGATCAAAATATGAAGAGTGCGAAAAAGTAAATTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGa < 1:2380329/91‑1 (MQ=255)tCAAATGATGACGATGATGAATAAAAATATGGATCAAAATATGAAGAGTGCGAAAAAGTAAATTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGa < 1:2446413/91‑1 (MQ=255)tCAAATGATGACGATGATGAATAAAAATATGGATCAAAATATGAAGAGTGCGAAAAAGTAAATTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGa < 1:3008616/91‑1 (MQ=255)tCAAATGATGACGATGATGAATAAAAATATGGATCAAAATATGAAGAGTGCGAAAAAGTAAATTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGa > 2:1515923/1‑91 (MQ=255) cAAATGATGACGATGATGAATAAAAATATGGATCAAAATATGAAGAGTGCGAAAAAGTAAATTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGat < 2:2827417/91‑1 (MQ=255) aaaTGATGACGATGATGAATAAAAATATGGATCAAAATATGAAGAGTGCGAAAAAGTAAATTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGata < 2:1119515/91‑1 (MQ=255) atgatgACGATGATGAATAAAAATATGGATCAAAATATGAAGAGTGCGAAAAAGTAAATTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATg < 1:2741391/91‑1 (MQ=255) atgatgACGATGATGAATAAAAATATGGATCAAAATATGAAGAGTGCGAAAAAGTAAATTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATg < 2:1759163/91‑1 (MQ=255) gatgaCGATGATGAATAAAAATATGGATCAAAATATGAAGAGTGCGAAAAAGTAAATTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑a < 1:485999/91‑1 (MQ=255) atgaCGATGATGAATAAAAATATGGATCAAAATATGAAGAGTGCGAAAAAGTAAATTCGCAATTGATAGAGGCTTTTTTCCAGATATGG‑aa > 2:3718144/1‑91 (MQ=255) atgaCGATGATGAATAAAAATATGGATCAAAATATGAAGAGTGCGAAAAAGTAAATTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑aa > 1:1112759/1‑91 (MQ=255) tgaCGATGATGAATAAAAATATGGATCAAAATATGAAGAGTGCGAAAAAGTAAATTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑aaa > 2:1178726/1‑91 (MQ=255) tgaCGATGATGAATAAAAATATGGATCAAAATATGAAGAGTGCGAAAAAGTAAATTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑aaa < 1:1745450/91‑1 (MQ=255) tgaCGATGATGAATAAAAATATGGATCAAAATATGAAGAGTGCGAAAAAGTAAATTCGCAATTGATAGAGGCCA‑TTTCCATATCTGG‑aaaa < 1:2258205/91‑2 (MQ=38) gaCGATGATGAATAAAAATATGGATCAAAATATGAAGAGTGCGAAAAAGTAAATTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑AAAt < 2:2463660/91‑1 (MQ=255) gaCGATGATGAATAAAAATATGGATCAAAATATGAAGAGTGCGAAAAAGTAAATTCGCAATTGATAGAGGCCA‑TTTCCATATCTGG‑aaaat < 1:2882695/91‑3 (MQ=37) aCGATGATGAATAAAAATATGGATCAAAATATGAAGAGTGCGAAAAAGTAAATTCGCAATTGATAGAGGCCA‑TTTCCATATCTGG‑aaaata < 1:2169923/91‑4 (MQ=37) aCGATGATGAATAAAAATATGGATCAAAATATGAAGAGTGCGAAAAAGTAAATTCGCAATTGATAGAGGCCA‑TTTCCATATCTGG‑aaaata < 2:696257/91‑4 (MQ=37) cGATGATGAATAAAAATATGGATCAAAATATGAAGAGTGCGAAAAAGTAAATTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑AAATgg < 1:1390507/91‑1 (MQ=255) cGATGATGAATAAAAATATGGATCAAAATATGAAGAGTGCGAAAAAGTAAATTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑AAATgg > 2:649369/1‑91 (MQ=255) atgatgAATAAAAATATGGATCAAAATATGAAGAGTGCGAAAAAGTAAATTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGcc < 2:1781886/91‑1 (MQ=255) atgatgAATAAAAATATGGATCAAAATATGAAGAGTGCGAAAAAGTAAATTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGcc < 1:1861701/91‑1 (MQ=255) tgatgaATAAAAATATGGATCAAAATATGAAGAGTGCGAAAAAGTAAATTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGCct > 1:967470/1‑91 (MQ=255) atgaATAAAAATATGGATCAAAATATGAAGAGTGCGAAAAAGTAAATTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGCctct > 1:2052961/1‑91 (MQ=255) atgaATAAAAATATGGATCAAAATATGAAGAGTGCGAAAAAGTAAATTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGCctct < 1:2579996/91‑1 (MQ=255) aTAAAAATATGGATCAAAATATGAAGAGTGCGAAAAAGTAAATTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGCCTCttttt > 2:3327964/1‑91 (MQ=255) tAAAAATATGGATCAAAATATGAAGAGTGCGAAAAAGTAAATTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTta < 2:326187/91‑1 (MQ=255) tAAAAATATGGATCAAAATATGAAGAGTGCGAAAAAGTAAATTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTta < 1:3272668/91‑1 (MQ=255) aaaTATGGATCAAAATATGAAGAGTGCGAAAAAGTAAATTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATaa > 1:3625544/1‑91 (MQ=255) tatGGATCAAAATATGAAGAGTGCGAAAAAGTAAATTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGTCTCTTTTTATAATCa > 1:1686685/1‑91 (MQ=255) tatGGATCAAAATATGAAGAGTGCGAAAAAGTAAATTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCa < 1:3795607/91‑1 (MQ=255) atGGATCAAAATATGAAGAGTGCGAAAAAGTAAATTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCaa > 2:3749137/1‑91 (MQ=255) tGGATCAAAATATGAAGAGTGCGAAAAAGTAAATTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCaaa > 1:215071/1‑91 (MQ=255) ggATCAAAATATGAAGAGTGCGAAAAAGTAAATTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCAAAt < 1:2651281/91‑1 (MQ=255) gATCAAAATATGAAGAGTGCGAAAAAGTAAATTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCAAAtt > 1:2465678/1‑91 (MQ=255) gATCAAAATATGAAGAGTGCGAAAAAGTAAATTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCAAAtt < 1:2679630/91‑1 (MQ=255) aTCAAAATATGAAGAGTGCGAAAAAGTAAATTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCAAATta > 1:2200598/1‑91 (MQ=255) tCAAAATATGAAGAGTGCGAAAAAGTAAATTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCAAATtaa < 1:1569827/91‑1 (MQ=255) cAAAATATGAAGAGTGCGAAAAAGTAAATTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCAAATtaat < 1:1813893/91‑1 (MQ=255) aaaaTATGAAGAGTGCGAAAAAGTAAATTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCAAATtaata < 1:3704783/91‑1 (MQ=255) aaTATGAAGAGTGCGAAAAAGTAAATTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCAAATTAATAAg < 2:853682/91‑1 (MQ=255) aaTATGAAGAGTGCGAAAAAGTAAATTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCAAATTAATAAg > 2:3586161/1‑91 (MQ=255) tatGAAGAGTGCGAAAAAGTAAATTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCAAATTAATAAGaa < 2:1330404/91‑1 (MQ=255) atGAAGAGTGCGAAAAAGTAAATTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCAAATTAATAAGaat < 2:2224063/91‑1 (MQ=255) atGAAGAGTGCGAAAAAGTAAATTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCAAATTAATAAGaat < 2:1215946/91‑1 (MQ=255) tGAAGAGTGCGAAAAAGTAAATTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCAAATTAATAAGaata > 1:1278622/1‑91 (MQ=255) gAAGAGTGCGAAAAAGTAAATTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCAAATTAATAAGaataa > 2:3740606/1‑91 (MQ=255) gAAGAGTGCGAAAAAGTAAATTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCAAATTAATAAGaataa < 1:420676/91‑1 (MQ=255) gAAGAGTGCGAAAAAGTAAATTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCAAATTAATAAGaataa < 2:3814422/91‑1 (MQ=255) gAAGAGTGCGAAAAAGTAAATTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCAAATTAATAAGaataa < 2:415999/91‑1 (MQ=255) aaGAGTGCGAAAAAGTAAATTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGATAGGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCAAATTAATAAGaataaa < 2:3195934/91‑1 (MQ=255) agagTGCGAAAAAGTAAATTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCAAATTAATAAGaataaat > 1:3460315/1‑91 (MQ=255) agagTGCGAAAAAGTAAATTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCAAATTAATAAGaataaat > 2:3297422/1‑91 (MQ=255) agagTGCGAAAAAGTAAATTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCAAATTAATAAGaataaat > 1:3534859/1‑91 (MQ=255) agagTGCGAAAAAGTAAATTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCAAATTAATAAGaataaat < 1:1452053/91‑1 (MQ=255) gagTGCGAAAAAGTAAATTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCAAATTAATAAGaataaata > 2:1703228/1‑91 (MQ=255) gagTGCGAAAAAGTAAATTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCAAATTAATAAGaataaata < 2:566439/91‑1 (MQ=255) tGCGAAAAAGTAAATTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCAAATTAATAAGAATAAATATGt < 2:3163405/91‑1 (MQ=255) gCGAAAAAGTAAATTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCAAATTAATAAGAATAAATATGtt > 2:2555948/1‑91 (MQ=255) gCGAAAAAGTAAATTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCAAATTAATAAGAATAAATATGtt < 2:1111941/91‑1 (MQ=255) cGAAAAAGTAAATTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCAAATTAATAAGAATAAATATGttt < 1:2395130/91‑1 (MQ=255) aaaaaGTAAATTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCAAATTAATAAGAATAAATATGTttat < 2:187763/91‑1 (MQ=255) aaaaGTAAATTCGCAATTTATAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCAAATTAATAAGAATAAATATGTttatt < 2:1579452/91‑1 (MQ=255) aaaaGTAAATTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCAAATTAATAAGAATAAATATGTttatt < 2:1260855/91‑1 (MQ=255) aaGTAAATTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCAAATTAATAAGAATAAATATGTTTattaa > 2:2346578/1‑91 (MQ=255) aGTAAATTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCAAATTAATAAGAATAAATATGTTTattaaa > 2:2853225/1‑91 (MQ=255) tAAATTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCAAATTAATAAGAATAAATATGTTTattaaaat < 1:535752/91‑1 (MQ=255) aaaTTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCAAATTAATAAGAATAAATATGTTTattaaaatt > 2:2652941/1‑91 (MQ=255) aaaGTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCAAATTAATAAGAATAAATATGTTTattaaaatt < 1:3492051/91‑1 (MQ=255) aTTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCAAATTAATAAGAATAAATATGTTTattaaaattaa > 2:1450497/1‑91 (MQ=255) tCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCAAATTAATAAGAATAAATATGTTTATTAGAATTAAAg < 1:2614597/91‑1 (MQ=255) tCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCAAATTAATAAGAATAAATATGTTTATTAAAATTAAAg < 1:1222671/91‑1 (MQ=255) cGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCAAATTAATAAGAATAAATATGTTTATTAAAATTAAAGt < 2:2499164/91‑1 (MQ=255) cAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCAAATTAATAAGAATAAATATGTTTATTAAAATTAAAGTTa > 2:3635081/1‑91 (MQ=255) cAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCAAATTAATAAGAATAAATATGTTTATTAAAATTAAAGTTa < 2:543858/91‑1 (MQ=255) aaTTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCAAATTAATAAGAATAAATATGTTTATTAAAATTAAAGTTaa < 2:2799217/91‑1 (MQ=255) aaTTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCAAATTAATAAGAATAAATATGTTTATTAAAATTAAAGTTaa > 2:128757/1‑91 (MQ=255) ttGATAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGCCTCTATTTATAATCAAATTAATAAGAATAAATATGTTTATTAAAATTTAAGTTAACa > 2:3448035/1‑91 (MQ=255) gATAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCAAATTAATAAGAATAAATATGTTTATTAAAATTAAAGTTAACaaa > 1:1711358/1‑91 (MQ=255) gATAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCAAATTAATAAGAATAAATATGTTTATTAAAATTAAAGTTAACaaa > 2:1835546/1‑91 (MQ=255) aTAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCAAATTAATAAGAATAAATATGTTTATTAAAATTAAAGTTAACaaaa > 1:296169/1‑91 (MQ=255) agtggCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCAAATTAATAAGAATAAATATGTTTATTAAAATTAAAGTTAACAAAATg > 2:830217/4‑91 (MQ=255) gagGCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCAAATTAATAAGAATAAATATGTTTATTAAAATTAAAGTTAACAAAATGa < 1:1629747/91‑1 (MQ=255) gagGCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCAAATTAATAAGAATAAATATGTTTATTAAAATTAAAGTTAACAAAATGa < 1:1024064/91‑1 (MQ=255) gagGCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCAAATTAATAAGAATAAATATGTTTATTAAAATTAAAGTTAACAAAATGa < 2:2107421/91‑1 (MQ=255) agGCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCAAATTAATAAGAATAAATATGTTTATTAAAATTAAAGTTAACAAAATGAc < 1:3273002/91‑1 (MQ=255) ggCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCAAATTAATAAGAATAAATATGTTTATTAAAATTAAAGTTAACAAAATGACg < 2:913476/91‑1 (MQ=255) gCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCAAATTAATAAGAATAAATATGTTTATTAAAATTAAAGTTAACAAAATGACGa < 1:2315939/91‑1 (MQ=255) gccatttCCATATCTGGAAAATAGCCTCTTTTTATAATCAAATTAATAAGAATAAATATGTTTATTAAAATTAAAGTTAACAAAATGACGa > 1:1136935/5‑91 (MQ=25) cTATTTTCCAGGTATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCAAATTAATAAGAATAAATATGTTTATTAAAATTAAAGTTAACAAAATGACGaa < 1:3522385/91‑1 (MQ=255) aTTTTCCAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCAAATTAATAAGAATAAATATGTTTATTAAAATTAAAGTTAACAAAATGACGAATa < 1:3374388/91‑1 (MQ=255) aTTTTCCAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCAAATTAATAAGAATAAATATGTTTATTAAAATTAAAGTTAACAAAATGACGAATa > 1:1245750/1‑91 (MQ=255) aTTTTCCAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCAAATTAATAAGAATAAATATGTTTATTAAAATTAAAGTTAACAAAATGACGAATa > 2:787976/1‑91 (MQ=255) aTTTTCCAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCAAATTAATAAGAATAAATATGTTTATTAAAATTAAAGTTAACAAAATGACGAATa < 2:2691253/91‑1 (MQ=255) tCCAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCAAATTAATAAGAATAAATATGTTTATTAAAATTAAAGTTAACAAAATGACGAATAGACt < 1:1507458/91‑1 (MQ=255) ccAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCAAATTAATAAGAATAAATATGTTTATTAAAATTAAAGTTAACAAAATGACGAATAGACTg > 1:3869007/1‑91 (MQ=255) ccAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCAAATTAATAAGAATAAATATGTTTATTAAAATTAAAGTTAACAAAATGACGAATAGACTg > 1:744859/1‑91 (MQ=255) cAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCAAATTAATAAGAATAAATATGTTTATTAAAATTAAAGTTAACAAAATGACGAATAGACTga < 2:3594415/91‑1 (MQ=255) cAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCAAATTAATAAGAATAAATATGTTTATTAAAATTAAAGTTAACAAAATGACGAATAGACTga > 2:653377/1‑91 (MQ=255) gATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCAAATTAATAAGAATAAATATGTTTATTAAAATTAAAGTTAACAAAATGACGAATAGACTgaga > 1:2049733/1‑91 (MQ=255) | TCAAATGATGACGATGATGAATAAAAATATGGATCAAAATATGAAGAGTGCGAAAAAGTAAATTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATGG‑AAATGGCCTCTTTTTATAATCAAATTAATAAGAATAAATATGTTTATTAAAATTAAAGTTAACAAAATGACGAATAGACTGAGA > USA300TCH1516_ALE/1372919‑1373098 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |