| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,415,013 | C→G | 5.6% | intergenic (+24/+24) | yitU_2 → / ← mqo | 5‑amino‑6‑(5‑phospho‑D‑ribitylamino)uracil phosphatase YitU/malate:quinone oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,415,013 | 0 | C | G | 5.6% | 801.6 / 26.4 | 227 | intergenic (+24/+24) | yitU_2/mqo | 5‑amino‑6‑(5‑phospho‑D‑ribitylamino)uracil phosphatase YitU/malate:quinone oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (112/102); new base G (7/6); total (119/108) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 230 total aligned reads displayed.
TGATAAAATCAAACACATCAATAATAATGCACAAGCTATTTGCAAAGTCTTAAAATCATATAAATAAAAACACCCCTATCAAATGATAATCATTATCAATCGATAGGGGCTATTTTAATAAAATTCGTCCTCGAACATTTCTTCCTCTTCATCTAATCCAAATAATTCTGCCATTTCTCCA > USA300TCH1516_ALE/1414923‑1415103 | gATAAAATCAAACACATCAATAATAATGCACAAGCTATTTGCAAAGTCTTAAAATCATATAAATAAAAACACCCCTATCAAATGATAATCa > 1:594577/1‑91 (MQ=255) aTAAAATCAAACACATCAATAATAATGCACAAGCTATTTGCAAAGTCTTAAAATCATATAAATAAAAACACCCCTATCAAATGATAATCAt > 2:2488255/1‑91 (MQ=255) aaaaTCAAACACATCAATAATAATGCACAAGCTATTTGCAAAGTCTTAAAATCATATAAATAAAAACACCCCTATCAAATGATAATCATTa < 2:3200636/91‑1 (MQ=255) aaaaTCAAACACATCAATAATAATGCACAAGCTATTTGCAAAGTCTTAAAATCATATAAATAAAAACACCCCTATCAAATGATAATCATTa > 2:3861601/1‑91 (MQ=255) aaaaTCAAACACATCAATAATAATGCACAAGCTATTTGCAAAGTCTTAAAATCATATAAATAAAAACACCCCTATCAAATGATAATCATTa > 1:1592584/1‑91 (MQ=255) aaaTCAAACACATCAATAATAATGCACAAGCTATTTGCAAAGTCTTAAAATCATATAAATAAAAACACCCCTATCAAATGATAATCATTAt < 2:916329/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |