Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 1,430,693 | T→A | 6.7% | intergenic (+802/‑58) | ybiT → / → lysC | putative ABC transporter ATP‑binding protein YbiT/Aspartokinase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,430,693 | 0 | T | A | 6.7% | 703.5 / 29.7 | 210 | intergenic (+802/‑58) | ybiT/lysC | putative ABC transporter ATP‑binding protein YbiT/Aspartokinase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (104/92); new base A (10/4); total (114/96) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.67e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.82e-01 |
Only 100 of 211 total aligned reads displayed.
GTTGGACTTTTTGGTTAAGAGCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAGTGTGTTGAAATTTGGCGG > USA300TCH1516_ALE/1430603‑1430782 | aCTTTTTGGTTAAGAGCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGa < 2:3356655/91‑1 (MQ=255) ctgtttGGTTGAGGGCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGGGCAAGTTCGCATTCCGaa < 2:1890211/88‑1 (MQ=255) cTTTTTGGTTAAGAGCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGaa > 1:3785271/1‑91 (MQ=255) cTTTTTGGTTAAGAGCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGaa < 2:1889456/91‑1 (MQ=255) tttttGGTTAAGAGCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAAc > 2:825117/1‑91 (MQ=255) ttttGGTTAAGAGCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACt > 1:3478823/1‑91 (MQ=255) ttttGGTTAAGAGCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACt < 1:1701595/91‑1 (MQ=255) tttGGTTAAGAGCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACtt < 1:3865620/91‑1 (MQ=255) tttGGTTAAGAGCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACtt > 1:446799/1‑91 (MQ=255) tttGGTTAAGAGCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACtt > 1:3569966/1‑91 (MQ=255) ttGGTTAAGAGCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTg > 1:990187/1‑91 (MQ=255) ttGGTTAAGAGCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTg > 2:3736620/1‑91 (MQ=255) ttGGTTAAGAGCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAACAAGTTCGGAATGCGAACTTg < 2:247133/91‑1 (MQ=38) ttGGTTAAGAGCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGCGCATCACTTGTATATAGATTAAGAACAAGTTCGGAATGCGAACTTg < 1:3074903/91‑1 (MQ=37) tGGTTAAGAGCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGt > 1:1796823/1‑91 (MQ=255) tGGTTAAGAGCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGt < 2:3827231/91‑1 (MQ=255) ggTTAAGAGCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGtt > 1:1204462/1‑91 (MQ=255) ggTTAAGAGCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGtt < 1:2198770/91‑1 (MQ=255) gTTAAGAGCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCATTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTc > 2:1417225/1‑91 (MQ=255) gTTAAGAGCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTc > 2:1823806/1‑91 (MQ=255) gTTAAGAGCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTc > 1:249799/1‑91 (MQ=255) gTTAAGAGCTGACAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTc > 1:2970734/1‑91 (MQ=255) ttAAGAGCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCt < 1:284893/91‑1 (MQ=255) ttAAGAGCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCt > 1:2257407/1‑91 (MQ=255) tAAGAGCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCtt < 1:2051053/91‑1 (MQ=255) aaGAGCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAACAAGTTCGGAATGCGAACTTGCTCtta < 1:3558704/91‑2 (MQ=25) agagCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCtttt < 2:207544/91‑1 (MQ=255) cTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAACTAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTtta > 2:2515676/1‑91 (MQ=255) gagaGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTttatt > 2:876067/1‑91 (MQ=255) gagaGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTttatt > 1:1988225/1‑91 (MQ=255) gagaGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTttatt < 1:1430517/91‑1 (MQ=255) gagTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTtattat > 2:2307238/1‑91 (MQ=255) gagTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCAATTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTAGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTtattat > 1:593179/1‑91 (MQ=255) tttGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATtgt < 1:3531799/91‑1 (MQ=255) ttGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATtgtg < 2:781332/91‑1 (MQ=255) tGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATtgtgt < 2:1109721/91‑1 (MQ=255) tGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATtgtgt > 1:2870066/1‑91 (MQ=255) tCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGc < 1:3817876/91‑1 (MQ=255) tCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGc < 1:1262675/91‑1 (MQ=255) tCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGCGTGc > 2:3636789/1‑91 (MQ=255) attTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTc > 2:2882872/1‑91 (MQ=255) tttAAAAATAATGGAGTGCATCACCTGTATCTAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTcc > 1:1893544/1‑91 (MQ=255) tttaaaTAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTa > 2:1369322/4‑91 (MQ=255) tAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTa > 1:1831344/1‑91 (MQ=255) aaaaaTAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTaa < 2:355488/91‑1 (MQ=255) aaaaTAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAAc > 1:769080/1‑91 (MQ=255) aaaTAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACa > 1:2760242/1‑91 (MQ=255) aaaTAATGGAGTGAATCACTTGAATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACa > 2:1395558/1‑91 (MQ=255) taatGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAAtt > 2:3224728/1‑91 (MQ=255) taatGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAAtt > 2:1147366/1‑91 (MQ=255) atGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTag > 1:376276/1‑91 (MQ=255) ggAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTagga > 1:1982507/1‑91 (MQ=255) ggAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTagga > 2:2066568/1‑91 (MQ=255) gAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTaggag > 1:2366094/1‑91 (MQ=255) aGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTaggagg < 1:1731650/91‑1 (MQ=255) gTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAggagga > 1:1961282/1‑91 (MQ=255) tCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATtata > 2:473053/1‑91 (MQ=255) cTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATgg < 1:2507394/91‑1 (MQ=255) tGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTa > 1:3862511/1‑91 (MQ=255) tatataGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAAc < 1:2009930/91‑1 (MQ=255) atataGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACa < 2:1190428/91‑1 (MQ=255) tataGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACaa < 2:1932044/91‑1 (MQ=255) ataGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACaag < 1:401399/91‑1 (MQ=255) taGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACaaga < 1:1477391/91‑1 (MQ=255) taGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACaaga > 2:3165297/1‑91 (MQ=255) aGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACaagaa > 1:1535407/1‑91 (MQ=255) aTTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAgt < 2:2671560/91‑1 (MQ=255) aTTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAgt < 1:2608927/91‑1 (MQ=255) ttAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAgtg < 1:1106087/91‑1 (MQ=255) aaGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTATTTTATTATTGTGTGCCCTTCGTAAGAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAgtgtg < 1:3092796/91‑1 (MQ=255) aaGAACAAGTTCGGAATGCGAACTTGCTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGCGGCTTATATGGTAACAAGAAgtgtg > 1:1397617/1‑91 (MQ=25) aaGAACAAGTTCGGAATGCGAACTTGCTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAgtgtg > 2:1434518/1‑91 (MQ=25) aaGAACAAGTTCGGAATGCGAACTTGCTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAgtgtg > 1:580391/1‑91 (MQ=25) agagCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAgtgtgt < 2:3755278/91‑1 (MQ=255) agagCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAgtgtgt < 1:1436848/91‑1 (MQ=255) gagCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAGTGTGtt < 2:1518745/91‑1 (MQ=255) gagCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAGTGTGtt < 2:2463034/91‑1 (MQ=255) gagCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAGTGTGtt < 1:2185070/91‑1 (MQ=255) gagCAAGTGCGCATTACGAACTTGTCTTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTACGAGGATTATATGGTAACAAGAAGTGTGtt < 2:3369499/91‑1 (MQ=255) gaacAAGTTCGGAATGCGAACTTGCTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAGTGTGtt > 2:2278740/4‑91 (MQ=37) gaacAAGTTCGGAATGCGAACTTGCTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAGTGTGtt > 2:2740637/4‑91 (MQ=37) agCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAGTGTGTTg > 2:1920228/1‑91 (MQ=255) agCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAGTGTGTTg < 1:871132/91‑1 (MQ=255) aacAAGTTCGGAATGCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAGTGTGTTg > 1:3185588/3‑91 (MQ=38) gCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAGTGTGTTGa < 2:3492246/91‑1 (MQ=255) gCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAGTGTGTTGa < 2:1464580/91‑1 (MQ=255) acAAGTTCGGAATGCGAACTTGCTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAGTGTGCTGa > 2:3260677/2‑91 (MQ=37) aaGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAGTGTGTTGaaa < 2:2352437/91‑1 (MQ=255) aaGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGACCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAGTGTGTTGaaa > 1:3369499/1‑91 (MQ=255) aGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAGTGTGTTGAAAt > 1:2334123/1‑91 (MQ=255) tCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAGTGTGTTGAAATTTg > 1:1664379/1‑91 (MQ=255) tCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAGTGTGTTGAAATTTg > 1:795812/1‑91 (MQ=255) tCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAGTGTGTTGAAATTTg > 2:718743/1‑91 (MQ=255) tCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAGTGTGTTGAAATTTg > 1:1662311/1‑91 (MQ=255) tCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAGTGTGTTGAAATTTg < 2:1726484/91‑1 (MQ=255) cGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAGTGTGTTGAAATTTgg > 1:774065/1‑91 (MQ=255) cGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAACTAGGAGGATTCTATGGTAACAAGAAGTGTGTTGAAATTTgg > 2:321577/1‑91 (MQ=255) gCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAGTGTGTTGAAATTTGGc > 2:890731/1‑91 (MQ=255) cATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAGTGTGTTGAAATTTGGCg > 1:2451283/1‑91 (MQ=255) aTTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAGTGTGTTGAAATTTGGCgg < 2:1707230/91‑1 (MQ=255) | GTTGGACTTTTTGGTTAAGAGCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAGTGTGTTGAAATTTGGCGG > USA300TCH1516_ALE/1430603‑1430782 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |