Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 1,430,695 | C→G | 6.7% | intergenic (+804/‑56) | ybiT → / → lysC | putative ABC transporter ATP‑binding protein YbiT/Aspartokinase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,430,695 | 0 | C | G | 6.7% | 733.5 / 32.7 | 211 | intergenic (+804/‑56) | ybiT/lysC | putative ABC transporter ATP‑binding protein YbiT/Aspartokinase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (106/90); new base G (10/4); total (116/95) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.70e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.67e-01 |
Only 100 of 215 total aligned reads displayed.
TGGACTTTTTGGTTAAGAGCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTT‑CTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAGTGTGTTGAAATTTGGCGGATC > USA300TCH1516_ALE/1430605‑1430785 | tgGACTTTTTGGTTAAGAGCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTc < 1:2549045/91‑1 (MQ=255) gACTTTTTGGTTAAGAGCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCg > 1:1663886/1‑91 (MQ=255) aCTTTTTGGTTAAGAGCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGa > 2:3221709/1‑91 (MQ=255) aCTTTTTGGTTAAGAGCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGa > 1:612432/1‑91 (MQ=255) aCTTTTTGGTTAAGAGCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGa < 2:3356655/91‑1 (MQ=255) ctgtttGGTTGAGGGCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGGGCAAGTTCGCATTCCGaa < 2:1890211/88‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |