Predicted mutation | |||||||
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RA | USA300TCH1516_ALE | 1,435,075 | T→A | 9.6% | G144G (GGT→GGA) | dapH → | 2,3,4,5‑tetrahydropyridine‑2,6‑dicarboxylate N‑acetyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,435,075 | 0 | T | A | 9.6% | 581.8 / 7.9 | 196 | G144G (GGT→GGA) | dapH | 2,3,4,5‑tetrahydropyridine‑2,6‑dicarboxylate N‑acetyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (68/105); new base A (21/2); total (89/107) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.74e-06 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 197 total aligned reads displayed.
GATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGTGCTTCACCGGTTATAATCGAGGATGATGTATT > USA300TCH1516_ALE/1434985‑1435164 | atgGGCGCAACAATTAATATTGGCGCGGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTa > 2:2903080/1‑91 (MQ=255) atgGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTa < 1:1435643/91‑1 (MQ=255) atgGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTa > 1:1437183/1‑91 (MQ=255) tgGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTaa > 2:3186435/1‑91 (MQ=255) ggCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACCACTGGAaaaa > 2:3634212/1‑91 (MQ=255) ggCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTaaaa > 1:747735/1‑91 (MQ=255) 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aTTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAGGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATg < 2:1352272/91‑1 (MQ=255) ttAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGt > 1:3129207/1‑91 (MQ=255) ttAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGt < 1:2345512/91‑1 (MQ=255) atatTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTCGTATCATTAGAAAAAAAGTACATGTAgg > 2:2722047/1‑91 (MQ=255) tggtGGCGCAGGCGTGGGCGAAGGGACAATGATTGATATGGATGCTACGCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGAAAAAATGTACATGTAggg < 2:1209386/88‑1 (MQ=255) tatTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAggg < 1:1165463/91‑1 (MQ=255) tatTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAggg > 1:115533/1‑91 (MQ=255) atTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAgggg < 1:2077856/91‑1 (MQ=255) ttGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGc < 1:3033716/91‑1 (MQ=255) ttGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGATAAAAAAAAAAAAAATGTACATGTAGGGGc < 2:335715/91‑1 (MQ=255) tGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAATTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCt > 2:582490/1‑91 (MQ=255) ggCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTg < 1:3667767/91‑1 (MQ=255) ggCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTg < 2:1764616/91‑1 (MQ=255) ggCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTg > 1:3811523/1‑91 (MQ=255) gcgcAGTCGTTGGCGGCGGTAGCATGATTGATATGAATGCTACCATCGGCGGACGTGCTCCAACTGGTAAAGATGTACATGTAGGGGCTgg < 2:2191003/91‑1 (MQ=255) gcgcAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTgg < 1:3346667/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |