| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,452,976 | G→C | 7.8% | H316D (CAC→GAC) | odhA ← | 2‑oxoglutarate dehydrogenase E1 component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,452,976 | 0 | G | C | 7.8% | 781.1 / 41.8 | 231 | H316D (CAC→GAC) | odhA | 2‑oxoglutarate dehydrogenase E1 component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (108/105); new base C (12/6); total (120/111) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.26e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.05e-01 | |||||||||||
Only 100 of 236 total aligned reads displayed.
GATGATCAGTCGTCGGAGCCCCAGCTCGTTGTGTATCATCTTGTGCTGCTCTCGTACGCCCCTCAACAACAGGTGCAACAATTTCCAAGTGACTTGG‑‑ATTGTTAGCCAGTGCAATACGCTGCATTGTACCGTATGAATCAGTAGTTTTAATGCCACCAAGGTGATATTTCACATCACCAG > USA300TCH1516_ALE/1452886‑1453065 | gatgatCAGTCGTCGGAGCCCCAGCTCGTTGTGTATCATCTTGTGCTGCTCTCGTACGCCCCTCAACAACAGGTGCAACAATTTCCAAGTg < 2:3016691/91‑1 (MQ=255) atgatCAGTCGTCGGAGCCCCAGCTCGTTGTGTATCATCTTGTGCTGCTCTCGTACGCCCCTCAACAACAGGTGCAACAATTTCCAAGTGa > 1:1201091/1‑91 (MQ=255) atgatCAGTCGTCGGAGCCCCAGCTCGTTGTGTATCATCTTGTGCTGCTCTCGTACGCCCCTCAACAACAGGTGCAACAATTTCCAAGTGa < 2:102760/91‑1 (MQ=255) atgatCAGTCGTCGGAGCCCCAGCTCGTTGTGGATCATCTTGTGCTGCTCTCGTACGCCCCTCAACAACAGGTGCAACAATTTCCAAGTGa < 2:429865/91‑1 (MQ=255) tgatCAGTCGTCGGAGCCCCAGCTCGTTGTGTATCATCTTGTGCTGCTCTCGTACGCCCCTCAACAACAGGTGCAACAATTTCCAAGTGAc < 2:3744161/91‑1 (MQ=255) tgatCAGTCGTCGGAGCCCCAGCTCGTTGTGTATCATCTTGTGCTGCTCTCGTACGCCCCTCAACAACAGGTGCAACAATTTCCAAGTGAc > 2:941319/1‑91 (MQ=255) 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aGTCGTCGGAGCCCCAGCTCGTTGTGTATCATCTTGTGCTGCTCTCGTACGCCCCTCAACAACAGGTGCAACAATTTCCAAGTGACTTGG‑‑a < 2:2529502/91‑1 (MQ=255) aGTCGTCGGAGCCCCAGCTCGTTGTGTATCATCTTGTGCTGCTCTCGTACGCCCCTCAACAACAGGTGCAACAA‑‑TCCAAGTCACTTGG‑‑aaa < 2:2317861/91‑3 (MQ=255) gtcgtcGGAGCCCCAGCTCGTTGTGTATCATCTTGTGCTGCTCTCGTACGCCCCTCAACAACAGGTGCAACAATTTCCAAGTGACTTGG‑‑At > 1:2008125/1‑91 (MQ=255) cgtcgGAGCCCCAGCTCGTTGTGTATCATCTTGTGCTGCTCTCGTACGCCCCTCAACAACAGGTGCAACAATTTCCAAGTGACTTGG‑‑ATTg > 1:981442/1‑91 (MQ=255) gtcgGAGCCCCAGCTCGTTGTGTATCATCTTGTGCTGCTCTCGTACGCCCCTCAACAACAGGTGCAACAATTTCCAAGTGACTTGG‑‑ATTGt < 1:699594/91‑1 (MQ=255) gtcgGAGCCCCAGCTCGTTGTGTATCATCTTGTGCTGCTCTCGTACGCCCCTCAACAACAGGTGCAACAATTTCCAAGTGACTTGG‑‑ATTGt < 2:1111885/91‑1 (MQ=255) gtcgGAGCCCCAGCTCGTTGTGTATCATCTTGTGCTGCTCTCGTACGCCCCTCAACAACAGGTGCAACAATTTCCAAGTGACTTGG‑‑ATTGt > 1:2301522/1‑91 (MQ=255) tcgGAGCCCCAGCTCGTTGTGTATCATCTTGTGCTGCTCTCGTACGCCCCTCAACAACAGGTGCAACAATTTCCAAGTGACTTGG‑‑ATTGtt < 1:1418168/91‑1 (MQ=255) ggAGCGCCAGCTCGTTGTGTATCATCTTGTGCTGCTCTCGTACGCCCCTCAACAACAGGTGCAACAATTTCCAAGTGACTTGG‑‑ATTGTTAg < 2:3575676/91‑1 (MQ=255) ggAGCCCCAGCTCGTTGTGTATCATCTTGTGCTGCTCTCGTACGCCCCTCAACAACAGGTGCAACAATTTCCAAGTGACTTGG‑‑ATTGTTAg < 2:3255954/91‑1 (MQ=255) aGCCCCAGCTCGTTGTGTATCATCTTGTGCTGCTCTCGTACGCCCCTCAACAACAGGTGCAACAATTTCCAAGTGACTTGG‑‑ATTGTTAGcc > 1:3735502/1‑91 (MQ=255) aGCCCCAGCTCGTTGTGTATCATCTTGTGCTGCTCTCGTACGCCCCTCAACAACAGGTGCAACAATTTCCAAGTGACTTGG‑‑ATTGTTAGcc < 1:349153/91‑1 (MQ=255) aGCCCCAGCTCGTTGTGTATCATCTTGTGCTGCTCTCGTACGCCCCTCAACAACAGGTGCAACAATTTCCAAGTGACTTGG‑‑ATTGTTAGcc < 1:739498/91‑1 (MQ=255) gCCCCAGCTCGTTGTGTATCATCTTGTGCTGCTCTCGTACGCCCCTCAACAACAGGTGCAACAATTTCCAAGTGACTTGG‑‑ATTGTTAGCCa > 1:264820/1‑91 (MQ=255) gCCCCAGCTCGTTGTGTATCATCTTGTGCTGCTCTCGTACGCCCCTCAACAACAGGTGCAACAATTTCCAAGTGACTTGG‑‑ATTGTTAGCCa > 2:2499469/1‑91 (MQ=255) ccccAGCTCGTTGTGTATCATCTTGTGCTGCTCTCGTACGCCCCTCAACAACAGGTGCAACAATTTCCAAGTGACTTGG‑‑ATTGTTAGCCAg > 1:495648/1‑91 (MQ=255) ccccAGCTCGTTGTGTATCATCTTGTGCTGCTCTCGTACGCCCCTCAACAACAGGTGCAACAATTTCCAAGTGACTTGG‑‑ATTGTTAGCCAg < 2:1445576/91‑1 (MQ=255) ccccAGCTCGTTGTGTATCATCTTGTGCTGCTCTCGTACGCACCTCAACAACAGGTGCAACAATTTCCAAGTGACTTGG‑‑ATTGTTAGCCAg < 2:3406875/91‑1 (MQ=255) ccAGCTCGTTGTGTATCATCTTGTGCTGCTCTCGTACGCCCCTCAACAACAGGTGCAACAATTTCCAAGTGACTTGG‑‑ATTGTTAGCCAGTg < 2:1158026/91‑1 (MQ=255) cgCTCGTTGTGTATCATCTTGTGCTGCTCTCGTACGCCCCTCAACAACAGGTGCAACAATTTCCAAGTGACTTGG‑‑ATTGTTAGCCAGTGCa < 2:3552788/90‑1 (MQ=255) gCTCGTTGTGTATCATCTTGTGCTGCTCTCGTACGCCCCTCAACAACAGGTGCAACAATTTCCAAGTGACTTGG‑‑CTTGTTAGCCAGTGcca > 2:1528232/1‑89 (MQ=255) gCTCGTTGTGTATCATCTTGTGCTGCTCTCGTACGCCCCTCAACAACAGGTGCAACAATTTCCAAGTGACTTGG‑‑ATTGTTAGCCAGTGCaa > 2:969773/1‑91 (MQ=255) gCTCGTTGTGTATCATCTTGTGCTGCTCTCGTACGCCCCTCAACAACAGGTGCAACAATTTCCAAGTGACTTGG‑‑ATTGTTAGCCAGTGCaa > 2:213787/1‑91 (MQ=255) gCTCGTTGTGTATCATCTTGTGCTGCTCTCGTACGCCCCTCAACAACAGGTGCAACAATTTCCAAGTGACTTGG‑‑ATTGTTAGCCAGTGCaa > 1:1257117/1‑91 (MQ=255) 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tATCATCTTGTGCTGCTCTCGTACGCCCCTCAACAACAGGTGCAACAATTTCCAAGTGACTTGG‑‑ATTGTTAGCCAGTGCAATACGCTGCAt > 1:2228581/1‑91 (MQ=255) tATCATCTTGTGCTGCTCTCGTACGCCCCTCAACAACAGGTGCAACAATTTCCAAGTGACTTGG‑‑ATTGTTAGCCAGTGCAATACGCTGCAt < 1:1272653/91‑1 (MQ=255) catcTTGTGCTGCTCTCGTACGCCCCTCAGCGACAGGTGCAACATTTTCCAAGGGACATGG‑‑ATTGTTAGCCAGTGCAATACGCTGCATTGt < 1:3105132/91‑1 (MQ=255) tcTTGTGCTGCTCTCGTACGCCCCTCAACAACAGGTGCAACAATTTCCAAGTGACTTGG‑‑ATTGTTAGCCAGTGCAATACGCTGCATTGTAc < 1:612429/91‑1 (MQ=255) gtgCTGCTCTCGTACGCCCCTCAACAACAGGTGCAACAATTTCCAAGTGACTTGG‑‑ATTGTTAGCCAGTGCAATACGCTGCATTGTACCGTa < 1:131141/91‑1 (MQ=255) gctgctCTCGTACGCCCCTCAACAACAGGTGCAACAATTTCCAAGTGACTTGG‑‑ATTGTTAGCCAGTGCAATACGCTGCATTGTACCGTATg > 2:1007125/1‑91 (MQ=255) gctgctCTCGTACGCCCCTCAACAACAGGTGCAACAATTTCCAAGTGACTTGG‑‑ATTGTTAGCCAGTGCAATACGCTGCATTGTACCGTATg > 2:3709214/1‑91 (MQ=255) ctgctCTCGTACGCCCCTCAACAACAGGTGCAACAATTTCCAAGTGACTTGG‑‑ATTGTTAGCCAGTGCAATACGCTGCATTGTACCGTATGa > 2:1624209/1‑91 (MQ=255) 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cGCCCCTCAACAACAGGTGCAACAATTTCCAAGTGACTTGG‑‑ATTGTTAGCCAGTGCAATACGCTGCATTGTACCGTATGAATCAGTAGttt < 1:2574384/91‑1 (MQ=255) ccTCAACAACAGGTGCAACAATTTCCAAGTGACTTGG‑‑ATTGTTAGCCAGTGCAATACGCTGCATTGTACCGTATGAATCAGTAGTTTTAAt > 2:3179289/1‑91 (MQ=255) cTCAACAACAGGTGCAACAATTTCCAAGTGACTTGG‑‑ATTGTTAGCCAGTGCAATACGCTGCATTGTACCGTATGAATCAGTAGTTTTAATg < 1:1603231/91‑1 (MQ=255) tCAACAACAGGTGCAACAATTTCCAAGTGACTTGG‑‑ATTGTTAGCCAGTGCAATACGCTGCATTGTACCGTATGAATCAGTAGTTTTAATGc > 1:878987/1‑91 (MQ=255) caacaaCAGGTGCAACAATTTCCAAGTGACTTGG‑‑ATTGTTAGCCAGTGCAATACGCTGCATTGTACCGTATGAATCAGTAGTTTTAATGcc > 1:1352531/1‑91 (MQ=255) aacaacAGGTGCAACAATTTCCAAGTGACTTGG‑‑ATTGTTAGCCAGTGCAATACGCTGCATTGTACCGTATGAATCAGTAGTTTTAATGcca < 2:981428/91‑1 (MQ=255) aacaacAGGTGCAACAATTTCCAAGTGACTTGG‑‑ATTGTTAGCCAGTGCAATACGCTGCATTGTACCGTATGAATCAGTAGTTTTAATGcca > 1:3345359/1‑91 (MQ=255) acaacaGGTGCAACAATTTCCAAGTGACTTGG‑‑ATTGTTAGCCAGTGCAATACGCTGCATTGTACCGTATGAATCAGTAGTTTTAATGccac < 2:778971/91‑1 (MQ=255) acaacaGGTGCAACAATTTCCAAGTGACTTGG‑‑ATTGTTAGCCAGTGCAATACGCTGCATTGTACCGTATGAATCAGTAGTTTTAATGccac > 2:626805/1‑91 (MQ=255) acaGGTGCAACAATTTCCAAGTGACTTGG‑‑ATTGTTAGCCAGTGCAATACGCTGCATTGTACCGTATGAATCAGTAGTTTTAATGCCACCaa > 1:2706325/1‑91 (MQ=255) acaGGTGCAACAATTTCCAAGTGACTTGG‑‑ATTGTTAGCCAGTGCAATACGCTGCATTGTACCGTATGAATCAGTAGTTTTAATGCCACCaa > 1:3201507/1‑91 (MQ=255) caGGTGCAACAATTTCCAAGTGACTTGG‑‑ATTGTTAGCCAGTGCAATACGCTGCATTGTACCGTATGAATCAGTAGTTTTAATGCCACCAAg < 2:2008125/91‑1 (MQ=255) caGGTGCAACAATTTCCAAGTGACTTGG‑‑ATTGTTAGCCAGTGCAATACGCTGCATTGTACCGTATGAATCAGTAGTTTTAATGCCACCAAg > 1:1074358/1‑91 (MQ=255) caGGTGCAACAATTTCCAAGTGACTTGG‑‑ATTGTTAGCCAGTGCAATACGCTGCATTGTACCGTATGAATCAGTAGTTTTAATGCCACCAAg > 1:1558281/1‑91 (MQ=255) ggTGCAACAATTTCCAAGTGACTTGG‑‑ATTGTTAGCCAGTGCAATACGCTGCATTGTACCGTATGAATCAGTAGTTTTAATGCCACCAAGGt < 1:3586375/91‑1 (MQ=255) ggTGCAACAATTTCCAAGTGACTTGG‑‑ATTGTTAGCCAGTGCAATACGCTGCATTGTACCGTATGAATCAGTAGTTTTAATGCCACCAAGGt < 2:3104491/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |