| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,487,340 | T→A | 7.3% | H4895L (CAT→CTT) | ebh_1 ← | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,487,340 | 0 | T | A | 7.3% | 636.6 / 28.6 | 195 | H4895L (CAT→CTT) | ebh_1 | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (89/90); new base A (6/8); total (97/98) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.83e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.49e-01 | |||||||||||
Only 100 of 200 total aligned reads displayed.
GTACGTAATGCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGCATTTCTTAAGTTGTCAG > USA300TCH1516_ALE/1487250‑1487430 | gTACGTAATGCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGAt < 1:3188020/91‑1 (MQ=255) aCGTAATGCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGc > 2:3305699/1‑91 (MQ=255) aCGTAATGCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCCTTATCTTTAACACCATTTACACCCGCTACATCTTGCGCTTGTTCACCTCGACGc > 2:988286/1‑91 (MQ=255) cGTAATGCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCt < 2:2466713/91‑1 (MQ=255) tAATGCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCCTTTACACCTGCTACCTATTGCGCTTGTTCAACTTGACGCTTc > 2:1230214/1‑91 (MQ=255) tAATGCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTc > 1:104244/1‑91 (MQ=255) aaTGCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACCCCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCa < 2:2361318/91‑1 (MQ=255) aTGCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCaa < 2:3075882/91‑1 (MQ=255) aTGCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCaa < 1:3259393/91‑1 (MQ=255) aTGCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGAAGCATCaa < 1:2287050/91‑1 (MQ=255) aTGCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGAAGCATCaa > 1:1936352/1‑91 (MQ=255) aTGCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGAAGCATCaa < 1:2252321/91‑1 (MQ=255) aTGCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGAAGCATCaa < 1:2152186/91‑1 (MQ=255) tGCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAg < 1:3434977/91‑1 (MQ=255) gCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGt > 2:1814606/1‑91 (MQ=255) gCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGt < 2:1507447/91‑1 (MQ=255) gCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGt < 2:2096845/91‑1 (MQ=255) cACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGtt > 2:3013916/1‑91 (MQ=255) cACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGAAGCATCAAGtt < 2:1936352/91‑1 (MQ=255) cACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGAAGCATCAAGtt < 2:1040493/91‑1 (MQ=255) aTGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCtt > 1:1868262/1‑91 (MQ=255) aTGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCtt > 2:689790/1‑91 (MQ=255) aTGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCtt > 1:2984636/1‑91 (MQ=255) tGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCttt > 1:1511542/1‑91 (MQ=255) ggCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCtttt < 2:65035/91‑1 (MQ=255) ggCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCtttt < 1:745577/91‑1 (MQ=255) cAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTg > 2:1430827/1‑91 (MQ=255) cAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTg < 2:2613596/91‑1 (MQ=255) cAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTg > 2:1431121/1‑91 (MQ=255) cAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTg > 2:840658/1‑91 (MQ=255) aGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTACCACCATCTACTCCTGCTACATCGTGCGCTTGTTCACCTTCCTGCCTCAAGTTGTCTTTTTGt > 2:3530649/1‑91 (MQ=255) aGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGt < 1:2479187/91‑1 (MQ=255) tATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTaa > 1:3784304/1‑91 (MQ=255) aTTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAAt < 2:1998209/91‑1 (MQ=255) tttAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAAtt > 1:3036882/1‑91 (MQ=255) tttAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAAtt > 2:2194717/1‑91 (MQ=255) tttAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAAtt < 2:1798671/91‑1 (MQ=255) ttAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATtg > 1:734717/1‑91 (MQ=255) tAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATtgt < 1:2716738/91‑1 (MQ=255) aCGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTgtgt < 1:3702550/91‑1 (MQ=255) cGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTg < 2:1329553/73‑1 (MQ=255) cGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTg > 1:1329553/1‑73 (MQ=255) cGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGtt > 1:394804/1‑91 (MQ=255) cGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGtt > 2:785422/1‑91 (MQ=255) cGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGtt > 1:2907033/1‑91 (MQ=255) cGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGtt > 1:1083048/1‑91 (MQ=255) gTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCGTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTa < 2:2998047/91‑1 (MQ=255) ttACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGt > 1:1465948/1‑91 (MQ=255) ttACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGt < 2:2759380/91‑1 (MQ=255) aCCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTa > 2:3670736/1‑91 (MQ=255) ccTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAg < 1:2585720/91‑1 (MQ=255) ccTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAg < 1:2702260/91‑1 (MQ=255) ccTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAg < 1:1264440/91‑1 (MQ=255) ccTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAg > 1:88549/1‑91 (MQ=255) ccTCTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTGAAGTTAg > 2:3441094/1‑91 (MQ=255) cTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAgg < 1:2355486/91‑1 (MQ=255) ttATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTa > 1:3806347/1‑91 (MQ=255) tATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTaa < 1:3672557/91‑1 (MQ=255) tttAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCa > 2:411110/1‑91 (MQ=255) tttAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCa > 2:3050583/1‑91 (MQ=255) ttAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGTGCTTGTTCAACTTGATGCTTCTAGTTGTCTTTTTGAAATTGTGTTAAGTTAGGTAGACCAt > 1:3612600/1‑91 (MQ=38) ttAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGt < 1:1787872/66‑1 (MQ=255) ttAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCAt > 2:3819054/1‑91 (MQ=255) 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ttGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTc > 1:1182257/1‑91 (MQ=255) tGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCg < 1:3242884/91‑1 (MQ=255) tGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCg < 1:1129877/91‑1 (MQ=255) cgcTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGCa < 1:634455/91‑1 (MQ=255) cTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGCAtt < 2:1868262/91‑1 (MQ=255) tGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGCATTTc < 2:2560995/91‑1 (MQ=255) gTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAAGTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGCATTTCt < 2:1840733/91‑1 (MQ=255) aaCTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGCATTTCTTAAg < 1:689790/91‑1 (MQ=255) aaCTTGAAGCATCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGCATTTCTTAAg > 1:2427050/1‑91 (MQ=255) cTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGCATTTCTTAAGtt < 1:1562490/91‑1 (MQ=255) ttGAAGCATCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCCTCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGCATTTCTTAAGTTg > 2:3002165/1‑91 (MQ=255) gATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGCATTTCTTAAGTTGTc < 2:3639327/91‑1 (MQ=255) tGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGCATTTCTTAAGTTGTCAg > 2:1654364/1‑91 (MQ=255) | GTACGTAATGCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGCATTTCTTAAGTTGTCAG > USA300TCH1516_ALE/1487250‑1487430 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |