| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,487,343 | T→A | 7.4% | K4894M (AAG→ATG) | ebh_1 ← | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,487,343 | 0 | T | A | 7.4% | 626.9 / 29.7 | 191 | K4894M (AAG→ATG) | ebh_1 | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (87/89); new base A (6/8); total (94/97) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.83e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.29e-01 | |||||||||||
Only 100 of 199 total aligned reads displayed.
CGTAATGCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGCATTTCTTAAGTTGTCAGCAC > USA300TCH1516_ALE/1487253‑1487433 | cGTAATGCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCt > 2:1371511/1‑91 (MQ=255)cGTAATGCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCt < 2:65646/91‑1 (MQ=255)cGTAATGCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCGTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACAGTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCt < 2:81066/91‑1 (MQ=255) tAATGCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTc > 1:104244/1‑91 (MQ=255) aTGCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCaa < 1:3259393/91‑1 (MQ=255) aTGCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGAAGCATCaa < 1:2252321/91‑1 (MQ=255) aTGCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGAAGCATCaa < 2:2456892/91‑1 (MQ=255) aTGCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGAAGCATCaa < 1:2152186/91‑1 (MQ=255) aTGCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGAAGCATCaa < 1:2287050/91‑1 (MQ=255) aTGCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGAAGCATCaa > 1:1936220/1‑91 (MQ=255) aTGCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTAATGCTTCaa > 2:180094/1‑91 (MQ=255) tGCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAg < 1:3434977/91‑1 (MQ=255) gCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGt > 2:1815605/1‑91 (MQ=255) gCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGt < 2:1507447/91‑1 (MQ=255) gCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGt < 2:2362637/91‑1 (MQ=255) gCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGt < 2:580681/91‑1 (MQ=255) gCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGt < 1:594576/91‑1 (MQ=255) cACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGAAGCATCAAGtt < 2:1936220/91‑1 (MQ=255) ccATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTc > 2:1864661/1‑91 (MQ=255) aTGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCtt > 1:2984873/1‑91 (MQ=255) aTGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCtt > 2:2072188/1‑91 (MQ=255) tGGCAGTATTTAGCGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCttt > 1:2983847/1‑91 (MQ=255) tGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCttt > 2:1959795/1‑91 (MQ=255) tGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCttt > 1:1511542/1‑91 (MQ=255) ggCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGTTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCtttt < 1:641706/91‑1 (MQ=255) ggCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCtttt < 1:745577/91‑1 (MQ=255) ggCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCtttt < 2:727166/91‑1 (MQ=255) cAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTg > 2:1431121/1‑91 (MQ=255) aGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTACCACCATCTACTCCTGCTACATCGTGCGCTTGTTCACCTTCCTGCCTCAAGTTGTCTTTTTGt > 2:3530649/1‑91 (MQ=255) aGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGt < 1:2479187/91‑1 (MQ=255) aGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGt < 1:706709/91‑1 (MQ=255) tATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGtca > 2:314476/1‑89 (MQ=255) tATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTaa > 1:3784304/1‑91 (MQ=255) aTTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCCTTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTatt > 2:2871753/1‑89 (MQ=255) tttAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAAtt < 1:67324/91‑1 (MQ=255) ttAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATtg > 1:734754/1‑91 (MQ=255) tAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATtgt < 1:2716738/91‑1 (MQ=255) aaCGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATtgtg > 2:3038363/1‑91 (MQ=255) aCGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTgtgt < 1:3702550/91‑1 (MQ=255) cGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTg > 1:1329553/1‑73 (MQ=255) cGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGtt > 1:3845078/1‑91 (MQ=255) cGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGtt > 1:1083048/1‑91 (MQ=255) gTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTa < 2:2999812/91‑1 (MQ=255) ttACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGt > 1:1465948/1‑91 (MQ=255) ttACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGt > 2:3004666/1‑91 (MQ=255) aCCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTa > 2:3670736/1‑91 (MQ=255) ccTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAg > 1:88549/1‑91 (MQ=255) ccTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAg < 1:1264440/91‑1 (MQ=255) ccTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAg < 1:2585720/91‑1 (MQ=255) ccTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAg < 1:2702260/91‑1 (MQ=255) ccTCTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTGAAGTTAg > 2:3441094/1‑91 (MQ=255) cTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAgg < 1:2355486/91‑1 (MQ=255) ttATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTa > 1:3806347/1‑91 (MQ=255) tATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTaa < 1:3672557/91‑1 (MQ=255) aTCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTaaa < 2:3868759/91‑1 (MQ=255) tCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGGTAAGTTAGGTAAAc < 2:3293252/91‑1 (MQ=255) tttAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCa < 2:1274800/91‑1 (MQ=255) ttAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGTGCTTGTTCAACTTGATGCTTCTAGTTGTCTTTTTGAAATTGTGTTAAGTTAGGTAGACCAt > 1:3612600/1‑91 (MQ=38) ttAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGt < 1:1787872/66‑1 (MQ=255) ttAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGt > 2:1787872/1‑66 (MQ=255) ttAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCAt > 2:1612223/1‑91 (MQ=255) ttAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCAt > 2:3066434/1‑91 (MQ=255) ttAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCAt > 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acacCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATttg < 2:1682101/91‑1 (MQ=255) cacCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATttgt > 1:2305236/1‑91 (MQ=255) ccTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATttgttg < 2:210352/91‑1 (MQ=255) ccTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATttgttg > 1:1674076/1‑91 (MQ=255) ccTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCATTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATttgttg < 1:3091075/91‑1 (MQ=255) cTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGc < 1:3222360/91‑1 (MQ=255) gCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTg < 1:1815605/91‑1 (MQ=255) aCATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAg < 2:3779684/91‑1 (MQ=255) tttGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTGATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGtttt < 2:1426215/91‑1 (MQ=255) tttGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGtttt < 1:1004695/91‑1 (MQ=255) tttGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGtttt > 2:2885499/1‑91 (MQ=255) ttGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTc > 1:1182257/1‑91 (MQ=255) tGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCg < 1:1129877/91‑1 (MQ=255) tGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCg < 1:3242884/91‑1 (MQ=255) gcgcTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGc > 2:2245407/1‑91 (MQ=255) gcTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGCAt > 2:414154/1‑91 (MQ=255) cTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGCAtt > 2:3821262/1‑91 (MQ=255) tGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGCATTTc < 2:2641907/91‑1 (MQ=255) gacAACTTGAAGCATCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGCATTTCtt > 1:2006053/3‑91 (MQ=255) cAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGCATTTCTTaa > 1:1956570/1‑91 (MQ=255) aaCTTGAAGCATCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGCATTTCTTAAg > 1:2427050/1‑91 (MQ=255) aCTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGCATTTCTTAAGt > 2:115779/1‑91 (MQ=255) aCTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGCATTTCTTAAGt > 2:2598186/1‑91 (MQ=255) aCTTGAAGCATCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGCATTTCTTAAGt > 1:585757/1‑91 (MQ=255) cTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGCATTTCTTAAGtt < 1:1562490/91‑1 (MQ=255) gATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGCATTTCTTAAGTTGTc < 2:3639327/91‑1 (MQ=255) aTGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGCATTTCTTAAGTTGTCa > 2:2517984/1‑91 (MQ=255) cTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGCATTTCTTAAGTTGTCAGCa > 1:207831/1‑91 (MQ=255) ttCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGCATTTCTTAAGTTGTCAGCAc < 1:94404/91‑1 (MQ=255) | CGTAATGCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGCATTTCTTAAGTTGTCAGCAC > USA300TCH1516_ALE/1487253‑1487433 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |