Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 1,502,422 | C→G | 5.6% | *464S (TGA→TCA) | norB_4 ← | Quinolone resistance protein NorB |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,502,422 | 0 | C | G | 5.6% | 870.4 / 31.0 | 248 | *464S (TGA→TCA) | norB_4 | Quinolone resistance protein NorB |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (109/125); new base G (10/4); total (119/129) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.78e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.62e-01 |
Only 100 of 253 total aligned reads displayed.
TTCATTTAAAATAATGACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTAACCATAATGCAATCA > USA300TCH1516_ALE/1502332‑1502512 | ttCATTTAAAATAATGACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATc > 2:1803296/1‑91 (MQ=255) cATTTAAAATAATGACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCAt < 2:834437/91‑1 (MQ=255) aTTTAAAATAATGACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATa > 1:2181200/1‑91 (MQ=255) tttAAAATAATGACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATaa > 1:1481498/1‑91 (MQ=255) ttAAAATAATGACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAAt < 2:2710421/91‑1 (MQ=255) ttAAAATAATGACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAAt > 2:393031/1‑91 (MQ=255) aaaaTAATGACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTg < 2:3851883/91‑1 (MQ=255) aataatGACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAg > 2:952182/1‑91 (MQ=255) aataatGACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAg > 1:374744/1‑91 (MQ=255) aataatGACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAg > 2:3677108/1‑91 (MQ=255) aataatGACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAg < 2:3824840/91‑1 (MQ=255) aataatGACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAg < 1:2454520/91‑1 (MQ=255) ataatGACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGt < 2:2915476/91‑1 (MQ=255) ataatGACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGt > 2:779018/1‑91 (MQ=255) ataatGACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGt < 2:538724/91‑1 (MQ=255) taatGACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTa < 2:516594/91‑1 (MQ=255) taatGACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTa > 1:3862556/1‑91 (MQ=255) aatGACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTAt < 2:2193938/91‑1 (MQ=255) atGACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTGTGATAATTGAgaatt < 1:3306840/91‑5 (MQ=255) gACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGt < 1:1676693/91‑1 (MQ=255) acacATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGtt < 1:1915994/91‑1 (MQ=255) acacATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGtt > 2:229141/1‑91 (MQ=255) acacATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGtt < 2:1141852/91‑1 (MQ=255) acacATAAGAATCGGCTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGtt > 1:991268/1‑91 (MQ=255) cacaTAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGttt < 2:2068890/91‑1 (MQ=255) acaTAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGtttt > 1:525940/1‑91 (MQ=255) acaTAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGtttt > 1:2860443/1‑91 (MQ=255) acaTAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGtttt < 1:3051208/91‑1 (MQ=255) acaTAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGtttt < 2:1333748/91‑1 (MQ=255) caTAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAGTTGAGTATCGTTTTg < 1:1215178/91‑1 (MQ=255) caTAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTg < 1:550205/91‑1 (MQ=255) ggTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGcaca > 1:2138223/1‑91 (MQ=255) ggTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGcaca > 1:1001419/1‑91 (MQ=255) gTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACaa < 1:1803296/91‑1 (MQ=255) gTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACaa < 1:268855/91‑1 (MQ=255) tttATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAg > 1:3797963/1‑91 (MQ=255) tttATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAg < 2:2388516/91‑1 (MQ=255) ttATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTg < 2:1566882/78‑1 (MQ=255) tataTTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTa < 2:632943/91‑1 (MQ=255) atatTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTaa < 2:209123/91‑1 (MQ=255) atTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACa < 1:3677108/91‑1 (MQ=255) tttGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACaaaa > 2:3521537/1‑91 (MQ=255) tttGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACaaaa > 1:304107/1‑91 (MQ=255) ttGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAAt > 1:3471345/1‑91 (MQ=255) gTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGa < 2:1633854/91‑1 (MQ=255) tttAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGAt < 2:3570837/91‑1 (MQ=255) tttAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGAt < 1:2719806/91‑1 (MQ=255) tttAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGAt < 2:2853585/91‑1 (MQ=255) tttAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGAt < 1:2778757/91‑1 (MQ=255) ttAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATa < 1:3575634/91‑1 (MQ=255) tAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATaa > 2:3248089/1‑91 (MQ=255) tAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATaa < 2:819503/91‑1 (MQ=255) atTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGaa < 1:3038871/91‑1 (MQ=255) tGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATg < 2:2739940/91‑1 (MQ=255) gTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGa < 2:1661142/91‑1 (MQ=255) gTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGa < 1:1574617/91‑1 (MQ=255) gTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGa > 2:184488/1‑91 (MQ=255) gTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGa > 1:1027924/1‑91 (MQ=255) aGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGata > 2:2744965/1‑91 (MQ=255) aGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGata < 2:609575/91‑1 (MQ=255) aGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTCTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGata > 2:3296267/1‑91 (MQ=255) aGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCCCAATTATCATAATTTAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGACTGata > 2:378909/1‑91 (MQ=255) gCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGataa > 2:1696024/1‑91 (MQ=255) gACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTAGCATGATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGataata < 2:2235419/91‑1 (MQ=255) ttGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTc < 2:366777/91‑1 (MQ=255) ttGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTc > 1:314950/1‑91 (MQ=255) ttGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTc < 1:3547808/91‑1 (MQ=255) tGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTcc < 1:2264748/91‑1 (MQ=255) tGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTcc < 1:454981/91‑1 (MQ=255) aTGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCAt < 2:709064/91‑1 (MQ=255) aTGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCAt > 1:154807/1‑91 (MQ=255) tGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATa > 1:3741414/1‑91 (MQ=255) tGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATa < 2:1945279/91‑1 (MQ=255) tGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATa < 2:1732602/91‑1 (MQ=255) aTTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATAcc < 2:607189/91‑1 (MQ=255) aTTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATAcc < 1:3361393/91‑1 (MQ=255) aTTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATAcc < 2:374834/91‑1 (MQ=255) tttCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCt < 2:288897/91‑1 (MQ=255) tttCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCt < 2:3460465/91‑1 (MQ=255) ttCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTg > 2:1286248/1‑91 (MQ=255) cAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCa < 2:1311660/91‑1 (MQ=255) ttAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTa < 2:3152610/91‑1 (MQ=255) ttAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTa < 2:2181200/91‑1 (MQ=255) tAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTaa > 2:354195/1‑91 (MQ=255) tAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTaa > 1:1711311/1‑91 (MQ=255) aaTTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTAAc > 1:2536192/1‑91 (MQ=255) aTTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTAAcc > 1:3006472/1‑91 (MQ=255) tctcAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATACTATTCCCATACCTGCATTTAACCAt > 1:3622136/1‑91 (MQ=255) ctcAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATACTATTCCCATACCTGCATTTAACCATa > 2:1045031/1‑91 (MQ=255) cAATTATGATAATTGAGTATCGTATCGCTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTAACCATAAt > 2:2076843/1‑91 (MQ=255) cAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTAACCATAAt > 1:2045422/1‑91 (MQ=255) cAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTAACCATAAt > 2:688119/1‑91 (MQ=255) aTTATGATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTAACCATAATGc > 2:2597736/1‑91 (MQ=255) aTTATGATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTAACCATAATGc > 1:652327/1‑91 (MQ=255) aTTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTAACCATAATGc < 2:2447482/91‑1 (MQ=255) ttATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTAACCATAATGCa < 1:927234/91‑1 (MQ=255) tATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTAACCATAATGCaa > 2:1466808/1‑91 (MQ=255) tATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTAACCATAATGCaa > 1:1962098/1‑91 (MQ=255) tCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTAACCATAATGCAATc > 2:1951351/1‑91 (MQ=255) cATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTAACCATAATGCAATCa > 2:1112737/1‑91 (MQ=255) | TTCATTTAAAATAATGACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTAACCATAATGCAATCA > USA300TCH1516_ALE/1502332‑1502512 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |