Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA USA300TCH1516_ALE 1,502,422 C→G 5.6% *464S (TGA→TCA)  norB_4 ← Quinolone resistance protein NorB

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*USA300TCH1516_ALE1,502,4220CG 5.6% 870.4 / 31.0 248*464S (TGA→TCA) norB_4Quinolone resistance protein NorB
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (109/125);  new base G (10/4);  total (119/129)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.78e-02
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.62e-01

Only 100 of 253 total aligned reads displayed.

TTCATTTAAAATAATGACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTAACCATAATGCAATCA  >  USA300TCH1516_ALE/1502332‑1502512
                                                                                          |                                                                                          
ttCATTTAAAATAATGACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATc                                                                                            >  2:1803296/1‑91 (MQ=255)
  cATTTAAAATAATGACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCAt                                                                                          <  2:834437/91‑1 (MQ=255)
   aTTTAAAATAATGACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATa                                                                                         >  1:2181200/1‑91 (MQ=255)
    tttAAAATAATGACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATaa                                                                                        >  1:1481498/1‑91 (MQ=255)
     ttAAAATAATGACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAAt                                                                                       <  2:2710421/91‑1 (MQ=255)
     ttAAAATAATGACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAAt                                                                                       >  2:393031/1‑91 (MQ=255)
       aaaaTAATGACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTg                                                                                     <  2:3851883/91‑1 (MQ=255)
         aataatGACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAg                                                                                   >  2:952182/1‑91 (MQ=255)
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            aatGACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTAt                                                                                <  2:2193938/91‑1 (MQ=255)
             atGACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTGTGATAATTGAgaatt                                                                               <  1:3306840/91‑5 (MQ=255)
               gACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGt                                                                             <  1:1676693/91‑1 (MQ=255)
                acacATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGtt                                                                            <  1:1915994/91‑1 (MQ=255)
                acacATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGtt                                                                            >  2:229141/1‑91 (MQ=255)
                acacATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGtt                                                                            <  2:1141852/91‑1 (MQ=255)
                acacATAAGAATCGGCTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGtt                                                                            >  1:991268/1‑91 (MQ=255)
                 cacaTAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGttt                                                                           <  2:2068890/91‑1 (MQ=255)
                  acaTAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGtttt                                                                          >  1:525940/1‑91 (MQ=255)
                  acaTAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGtttt                                                                          >  1:2860443/1‑91 (MQ=255)
                  acaTAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGtttt                                                                          <  1:3051208/91‑1 (MQ=255)
                  acaTAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGtttt                                                                          <  2:1333748/91‑1 (MQ=255)
                   caTAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAGTTGAGTATCGTTTTg                                                                         <  1:1215178/91‑1 (MQ=255)
                   caTAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTg                                                                         <  1:550205/91‑1 (MQ=255)
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                              gTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACaa                                                              <  1:268855/91‑1 (MQ=255)
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                                        ttGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAAt                                                    >  1:3471345/1‑91 (MQ=255)
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                                                                   aTTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATAcc                         <  2:607189/91‑1 (MQ=255)
                                                                   aTTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATAcc                         <  1:3361393/91‑1 (MQ=255)
                                                                   aTTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATAcc                         <  2:374834/91‑1 (MQ=255)
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                                                                           ttAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTa                 <  2:2181200/91‑1 (MQ=255)
                                                                            tAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTaa                >  2:354195/1‑91 (MQ=255)
                                                                            tAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTaa                >  1:1711311/1‑91 (MQ=255)
                                                                             aaTTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTAAc               >  1:2536192/1‑91 (MQ=255)
                                                                              aTTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTAAcc              >  1:3006472/1‑91 (MQ=255)
                                                                                tctcAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATACTATTCCCATACCTGCATTTAACCAt            >  1:3622136/1‑91 (MQ=255)
                                                                                 ctcAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATACTATTCCCATACCTGCATTTAACCATa           >  2:1045031/1‑91 (MQ=255)
                                                                                   cAATTATGATAATTGAGTATCGTATCGCTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTAACCATAAt         >  2:2076843/1‑91 (MQ=255)
                                                                                   cAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTAACCATAAt         >  1:2045422/1‑91 (MQ=255)
                                                                                   cAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTAACCATAAt         >  2:688119/1‑91 (MQ=255)
                                                                                     aTTATGATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTAACCATAATGc       >  2:2597736/1‑91 (MQ=255)
                                                                                     aTTATGATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTAACCATAATGc       >  1:652327/1‑91 (MQ=255)
                                                                                     aTTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTAACCATAATGc       <  2:2447482/91‑1 (MQ=255)
                                                                                      ttATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTAACCATAATGCa      <  1:927234/91‑1 (MQ=255)
                                                                                       tATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTAACCATAATGCaa     >  2:1466808/1‑91 (MQ=255)
                                                                                       tATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTAACCATAATGCaa     >  1:1962098/1‑91 (MQ=255)
                                                                                         tCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTAACCATAATGCAATc   >  2:1951351/1‑91 (MQ=255)
                                                                                          cATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTAACCATAATGCAATCa  >  2:1112737/1‑91 (MQ=255)
                                                                                          |                                                                                          
TTCATTTAAAATAATGACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTAACCATAATGCAATCA  >  USA300TCH1516_ALE/1502332‑1502512

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: