| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,526,532 | T→A | 7.2% | K471* (AAA→TAA) | dinG_1 ← | putative ATP‑dependent helicase DinG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,526,532 | 0 | T | A | 7.2% | 795.3 / 36.7 | 236 | K471* (AAA→TAA) | dinG_1 | putative ATP‑dependent helicase DinG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (104/115); new base A (9/8); total (113/123) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.46e-01 | |||||||||||
Only 100 of 252 total aligned reads displayed.
ATTTTTCCAAAATTCGCTGCTTTTCCAGTTGATCAATTGCCTTTAACAATTTTTCATTTTCGTTTTTACCAATCAAACCAAGCTGATATTTAATATCAGCATAACTCAACTCATTTGTCACTTGATTTAAGGCATAGTCTGGTAAGCGATGTGCTTCATCCACTATACAATCATCAAACAA > USA300TCH1516_ALE/1526442‑1526622 | aTTTTTCCAAAATTCGCTGCTTTTCCAGTTGATCAATTGCCTTTAACAATTTTTCTTTTTTGTTTTTACCAATCAAACCAAGCTGATAttt > 2:2293985/1‑91 (MQ=255)aTTTTTCCAAAATTCGCTGCTTTTCCAGTTGATCAATTGCCTTTAACAATTTTTCATTTTCGTTTTTACCAATCAAACCAAGCTGATAttt > 1:3809942/1‑91 (MQ=255)aTTTTTCCAAAATTCGCTGCTTTTCCAGTTGATCAATTGCCTTTAACAATTTTTCATTTTCGTTTTTACCAATCAAACCAAGCTGATAttt < 1:46485/91‑1 (MQ=255)aTTTTTCCAAAATTCGCTGCTTTTCCAGTTGATCAATTGCCTTTAACAATTTTTCATTTTCGTTTTTACCAATCAAACCAAGCTGATAttt > 1:87365/1‑91 (MQ=255)aTTTTTCCAAAATTCGCTGCTTTTCCAGTTGATCAATTGCCTTTAACAATTTTTCATTTTCGTTTTTACCAATCAAACCAAGCTGATAttt < 2:2325800/91‑1 (MQ=255)aTTTTTCCAAAATTCGCTGCTTTTCCAGTTGATCAATTGCCTTTAACAATTTTTCATTTTCGTTTTTACCAATCAAACCAAGCTGATAttt < 1:2452739/91‑1 (MQ=255)aTTTTTCCAAAATTCGCTGCTTTTCCAGTTGATCAATTGCCTTTAACAATTTTTCATTTTCGTTTTTACCAATCAAACCAAGCTGATAttt < 1:1795815/91‑1 (MQ=255) tttttCCAAAATTCGCTGCTTTTCCAGTTGATCAATTGCCTTTAACAATTTTACATTTTCGTTTTTACCAATCAAACCAAGCTGATATTTa < 1:2524605/91‑1 (MQ=255) tttCCAAAATTCGCTGCTTTTCCAGTTGATCAATTGCCTTTAACAATTTTTCATTTTCGTTTTTACCAATCAAACCAAGCTGATATTAAat < 2:1652723/91‑1 (MQ=255) tggaaaaaTTCGCTGCTTTTCCAGTTGATCAATTGCCTTTAACAATTTTTCATTTTCGTTTTTACCAATCAAACCAAGCTGATATTTAata > 1:2548108/5‑91 (MQ=255) tCCAAAATTCGCTGCTTTTCCGGTTGATCAATTGCCTTTAACAATTTTTCATTTTCGTTTTTACCAATCAAACCAAGCTGATAGTAAatat < 2:1316411/91‑1 (MQ=255) tCCAAAATTCGCTGCTTTTCCAGTTGATCAATTGCCTTTAACAATTTTTCATTTTCGTTTTTACCAATCAAACCAAGCTGATATTTAatat > 1:3756094/1‑91 (MQ=255) tCCAAAATTCGCTGCTTTTCCAGTTGATCAATTGCCTTTAACAATTTTTCATTTTCGTTTTTACCAATCAAACCAAGCTGATATTAAatat < 2:26880/91‑1 (MQ=255) ggaaaaaTTCGCTGCTTTTCCAGTTGATCAATTGCCTTTAACAATTTTTCATTTTCGTTTTTACCAATCAAACCAAGCTGATATTTAatat > 1:1533602/4‑91 (MQ=255) 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atatTTAATATCAGCATAACTCAACTCATTTGTCACTTGATTTAAGGCATAGTCTGGTAAGCGATGTGCTTCATCCACTATACAAtcatca > 1:2168021/1‑91 (MQ=255) atatTTAATATCAGCATAACTCAACTCATTTGTCACTTGATTTAAGGCATAGTCTGGTAAGCGATGTGCTTCATCCACTATACAAtcatca < 2:2055096/91‑1 (MQ=255) tatTTAATATCAGCATAACTCAACTCATTTGTCACTTGATTTAAGGCATAGTCTGGTAAGCGATGTGCTTCATCCACTATACAATCATCaa > 2:152310/1‑91 (MQ=255) tatTAAATATCAGCATAACTCAACTCATTTGTCACTTGATTTAAGGCATAGTCTGGTAAGCGATGTGCTTCATCCACTATACAATCATCaa > 1:2331255/1‑91 (MQ=255) tatTAAATATCAGCATAACTCAACTCATTTGTCACTTGATTTAAGGCATAGTCTGGTAAGCGATGTGCTTCATCCACTATACAATCATCaa > 1:1082081/1‑91 (MQ=255) tttAATATCAGCATAACTCAACTCATTTGTCACTTGATTTAAGGCATAGTCTGGTAAGCGATGTGCTTCATCCACTATACAATCATCAAAc > 2:87006/1‑91 (MQ=255) | ATTTTTCCAAAATTCGCTGCTTTTCCAGTTGATCAATTGCCTTTAACAATTTTTCATTTTCGTTTTTACCAATCAAACCAAGCTGATATTTAATATCAGCATAACTCAACTCATTTGTCACTTGATTTAAGGCATAGTCTGGTAAGCGATGTGCTTCATCCACTATACAATCATCAAACAA > USA300TCH1516_ALE/1526442‑1526622 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |