| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,537,428 | A→T | 6.5% | I94I (ATT→ATA) | aroB ← | 3‑dehydroquinate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,537,428 | 0 | A | T | 6.5% | 622.1 / 23.6 | 185 | I94I (ATT→ATA) | aroB | 3‑dehydroquinate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (89/84); new base T (9/3); total (98/87) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.41e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.72e-01 | |||||||||||
Only 100 of 209 total aligned reads displayed.
CGTTGGCACTTGTATAAAGTGAACGCCTCGTAAAAGTGTCGCCGCAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATAATTGCTGTATTACGAGTTACATGATGGGATAAAATATACTCTAATGTTTCTTGATATTGCTCAAATGTTTTCGTCTTTTCACCAGCTGG > USA300TCH1516_ALE/1537338‑1537517 | cGTTGGCACTTGTATAAAGTGAACGCCTCGTAAAAGTGTCGCCGCAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCaata < 2:3308553/91‑1 (MQ=255)cGTTGGCACTTGTATAAAGTGAACGCCTCGTAAAAGTGTCGCCGCAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCaata > 2:1551900/1‑91 (MQ=255) gTTGGCACTTGTATAAAGTGAACGCCTCGTAAAAGTGTCGCCGCAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCaataa < 1:500275/91‑1 (MQ=255) ttGGCACTTGTATAAAGTGAACGCCTCGTAAAAGTGTCGCCGCAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCaataat > 1:3478715/1‑91 (MQ=255) ttGGCACTTGTATAAAGTGAACGCCTCGTAAAAGTGTCGCCGCAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCaataat < 2:2349786/91‑1 (MQ=255) tGGCACTTGTATAAAGTGAACGCCTCGTAAAAGTGTCGCCGCAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAattatt < 1:1801942/91‑1 (MQ=255) 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ccTCGTAAAAGTGTCGCCGCAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATAATTGCTGTATTACGAGTTACatgat > 2:3235972/1‑91 (MQ=255) cGTAAAAGTGTCGCCGCAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATAATTGCTGTATTACGAGTTACATGATggg > 2:790912/1‑91 (MQ=255) gTAAAAGTGTCGCCGCAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATAATTGCTGTATTACGAGTTACATGATGGGa < 1:318647/91‑1 (MQ=255) gTAAAAGTGTCGCCGCAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATAATTGCTGTATTACGAGTTACATGATGGGa > 1:511062/1‑91 (MQ=255) gTAAAAGTGTCGCCGCAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATAATTGCTGTATTACGAGTTACATGATGGGa < 1:318480/91‑1 (MQ=255) tAAAGGTGTCGCCGCAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATAATTGCTGTATTACGAGTTACATGATGGGAt < 1:3235972/91‑1 (MQ=255) tAAAAGTGTCGCCGCAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATAATTGCTGTATTACGAGTTACATGATGGGAt > 2:259640/1‑91 (MQ=255) aaaaGTGTCGCCGCAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATAATTGCTGTATTACGAGTTACATGATGGGATa < 1:2474725/91‑1 (MQ=255) 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< 1:175887/91‑1 (MQ=255) cgccgcAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATAATTGCTGTATTACGAGTTACATGATGGGATAAAATATAc < 2:1458838/91‑1 (MQ=255) gccgcAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATAATTGCTGTATTACGAGTTACATGATGGGATAAAATATAct < 1:1062562/91‑1 (MQ=255) gccgcAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATAATTGCTGTATTACGAGTTACATGATGGGATAAAATATAct < 1:768102/91‑1 (MQ=255) gccgcAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATAATTGCTGTATTACGAGTTACATGATGGGATAAAATATAct > 1:1116031/1‑91 (MQ=255) ccgcAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATAATTGCTGTATTACGAGTTACATGATGGGATAAAATATActc > 1:1150260/1‑91 (MQ=255) cgcAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATAATTGCTGTATTACGAGTTACATGATGGGATAAAATATActct > 2:430143/1‑91 (MQ=255) gcAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATAATTGCTGTATTACGAGTTACATGATGGGATAAAATATACTCTa < 2:3121234/91‑1 (MQ=255) cAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATAATTGCTGTATTACGAGTTACATGATGGGATAAAATATACTCTaa > 2:3105499/1‑91 (MQ=255) aaCCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATAATTGCTGTATTACGAGTTACATGATGGGATAAAATATACTCTAATGttt < 2:3630257/91‑1 (MQ=255) aCCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATACTTGCTGTATTACGAGTTACATGATGGGATAAAATATACTCTAATGTTTc > 2:671591/1‑91 (MQ=255) aCCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATAATTGCTGTATTACGAGTTACATGATGGGATAAAATAAACTCTAATGTTTc > 1:795429/1‑91 (MQ=255) cccAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATAATTGCTGTATTACGAGTTACATGATGGGATAAAATATACTCTAATGTTTCt > 1:1867233/1‑91 (MQ=255) ccAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATAATTGCTGTATTACGAGTTACATGATGGGATAAAATATACTCTAATGTTTCtt < 2:1680011/91‑1 (MQ=255) ccAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATAATTGCTGTATTACGAGTTACATGATGGGATAAAATATACTCTAATGTTTCtt < 1:3194360/91‑1 (MQ=255) cAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATAATTGCTGTATTACGAGTTACATGATGGGATAAAATATACTCTAATGTTTCTTg > 1:640178/1‑91 (MQ=255) cAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATAATTGCTGTATTACGAGTTACATGATGGGATAAAATATACTCTAATGTTTCTTg < 1:2216216/91‑1 (MQ=255) 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2:534145/1‑91 (MQ=255) cAATAATTGCTGTATTACGAGTTACATGATGGGATAAAATATACTCTAATGTTTCTTGATATTGCTCAAATGTTTTCGTCTTTTCACCAGc < 1:2452044/91‑1 (MQ=255) ataatTGCTGTATTACGAGTTACATGATGGGATAAAATATACTCTAATGTTTCTTGATATTGCTCAAATGTTTTCGTCTTTTCACCAGCTg < 2:1064561/91‑1 (MQ=255) taatTGCTGTATTACGAGTTACATGATGGGATAAAATATACTCTAATGTTTCTTGATATTGCTCAAATGTTTTCGTCTTTTCACCAGCTgg < 1:1259071/91‑1 (MQ=255) taatTGCTGTATTACGAGTTACATGATGGGATAAAATATACTCTAATGTTTCTTGATATTGCTCAAATGTTTTCGTCTTTTCACCAGCTgg > 2:187252/1‑91 (MQ=255) | CGTTGGCACTTGTATAAAGTGAACGCCTCGTAAAAGTGTCGCCGCAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATAATTGCTGTATTACGAGTTACATGATGGGATAAAATATACTCTAATGTTTCTTGATATTGCTCAAATGTTTTCGTCTTTTCACCAGCTGG > USA300TCH1516_ALE/1537338‑1537517 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |