| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,540,018 | T→A | 7.8% | E43V (GAA→GTA) | ndk ← | Nucleoside diphosphate kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,540,018 | 0 | T | A | 7.8% | 642.2 / 33.5 | 194 | E43V (GAA→GTA) | ndk | Nucleoside diphosphate kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (88/90); new base A (6/9); total (94/100) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.94e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.60e-01 | |||||||||||
Only 100 of 194 total aligned reads displayed.
TTGCGAACACTGGTGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTG > USA300TCH1516_ALE/1539929‑1540106 | ttGCGAACACTGGTGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTc < 1:2140627/91‑1 (MQ=255)ttGCGAACACTGGTGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTc < 1:2473659/91‑1 (MQ=255) tGCGAACACTGGTGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTcc > 1:2342690/1‑91 (MQ=255) gCGAACACTGGTGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCa < 1:3854093/91‑1 (MQ=255) gCGAACACTGGTGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCa > 1:3195179/1‑91 (MQ=255) cGAACACTGGTGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCAt > 1:3814049/1‑91 (MQ=255) cGAACACTGGTGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCAt < 1:670613/91‑1 (MQ=255) gAACACTGGTGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCAtt > 2:3224572/1‑91 (MQ=255) gAACACGGGTGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCAtt < 2:464790/91‑1 (MQ=255) acacTGGTGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTgg > 1:749056/1‑91 (MQ=255) acacTGGTGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTgg > 2:3327403/1‑91 (MQ=255) acacTGGTGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTgg < 2:3821613/91‑1 (MQ=255) acacTGGTGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTACCAATgg < 1:2041214/91‑1 (MQ=255) cacTGGTGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGt > 1:1298126/1‑91 (MQ=255) cacTGGTGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTACCAATgga < 2:3765499/91‑2 (MQ=255) acTGGTGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTACCAATggaa < 2:2360864/91‑3 (MQ=255) tGGTGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACt < 1:1316696/91‑1 (MQ=255) tGGTGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACt < 1:978389/91‑1 (MQ=255) ggTGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACtt > 2:307998/1‑91 (MQ=255) ggTGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACtt < 1:389855/91‑1 (MQ=255) gTGCTGGTGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTg < 2:1122666/91‑1 (MQ=255) gTGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTg > 1:2525687/1‑91 (MQ=255) gTGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTg > 1:1475358/1‑91 (MQ=255) gTGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTg > 1:2872515/1‑91 (MQ=255) gTGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTg > 2:992079/1‑91 (MQ=255) tGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGc > 2:3787901/1‑91 (MQ=255) tGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTACCAATGGAACTTGc < 1:1684622/91‑1 (MQ=255) tGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATAGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGCTTCAGCAAGTTCCATTGGTGCTTGc > 1:3613346/1‑91 (MQ=255) gATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTa < 2:1479241/91‑1 (MQ=255) tGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAAt > 1:419720/1‑91 (MQ=255) gTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAAtt < 1:338055/91‑1 (MQ=255) ataaATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTac > 1:3232596/1‑91 (MQ=255) taaATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTacc > 1:788160/1‑91 (MQ=255) taaATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTacc > 2:3201048/1‑91 (MQ=255) taaATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTacc > 1:2155778/1‑91 (MQ=255) aaaTGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTCCACCATCATGTGTTTCAGCAAGTTCCGTTGGTACTTGCATTAATTTacaa > 2:3602832/1‑89 (MQ=255) aTGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTaccacc < 2:2123445/91‑1 (MQ=255) aTGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTaccacc < 1:450735/91‑1 (MQ=255) aTGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTaccacc > 1:466157/1‑91 (MQ=255) tGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCAAAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCg > 2:3002465/1‑91 (MQ=255) gAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGa > 1:875136/1‑91 (MQ=255) aTTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACTATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACac > 2:916549/1‑90 (MQ=255) aTTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACaa < 1:3417705/91‑1 (MQ=255) aTTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACaa > 1:681693/1‑91 (MQ=255) tAAACCATTTTATAATGATTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGt > 1:1214198/1‑91 (MQ=255) aaaTCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGtt > 1:1060267/1‑91 (MQ=255) aaaTCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGtt < 1:738194/91‑1 (MQ=255) aaTCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGttt > 2:1527725/1‑91 (MQ=255) aaTCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGttt > 2:1363793/1‑91 (MQ=255) aTCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAAAGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGtttt > 1:3263264/1‑91 (MQ=255) cATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAg > 2:1707648/1‑91 (MQ=255) cATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAg < 2:1907387/91‑1 (MQ=255) aTTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGt < 1:845828/91‑1 (MQ=255) taAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCtt < 1:1840851/91‑1 (MQ=255) aaaaTGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCttt > 2:2488915/1‑91 (MQ=255) aaaaTGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCttt > 1:3477048/1‑91 (MQ=255) tGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTGATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTtttctt < 2:3814049/91‑1 (MQ=255) tGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGAACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTtttctt < 2:414658/91‑1 (MQ=255) ggTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTtttcttt > 1:678741/1‑91 (MQ=255) ttACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCaa < 1:3537752/91‑1 (MQ=255) tACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAAt < 2:1779855/91‑1 (MQ=255) cTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCaagaat < 1:2884280/91‑5 (MQ=255) ttGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCtt > 2:3106255/1‑91 (MQ=255) tGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTg > 2:188041/1‑91 (MQ=255) ggTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGa > 1:1155220/1‑91 (MQ=255) tgtTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGaaa < 1:2966280/91‑1 (MQ=255) tgtTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGaaa < 2:284244/91‑1 (MQ=255) tgtTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGaaa < 2:2747860/91‑1 (MQ=255) ttCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAAtt > 1:546088/1‑91 (MQ=255) ttCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAAtt > 2:2622729/1‑91 (MQ=255) cACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTAc > 2:993347/1‑91 (MQ=255) aCCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACt < 1:2152156/91‑1 (MQ=255) aCCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACt < 1:2656731/91‑1 (MQ=255) aCCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACt < 2:3263264/91‑1 (MQ=255) ccATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACtt > 2:237687/1‑91 (MQ=255) ccATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACtt < 2:3391585/91‑1 (MQ=255) ccATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACtt > 2:2162053/1‑91 (MQ=255) cATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTc < 2:3046454/91‑1 (MQ=255) gtgtTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAAt < 1:3652497/91‑1 (MQ=255) gtgtTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAAt < 1:1006698/91‑1 (MQ=255) tgtTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAACTTACTTCACCAAtt > 2:26560/1‑91 (MQ=255) tgtTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAAtt > 1:2838062/1‑91 (MQ=255) tgtTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAAtt > 1:1393177/1‑91 (MQ=255) tgtTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAAtt < 2:46129/91‑1 (MQ=255) tgtTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAAtt > 1:2623071/1‑91 (MQ=255) tttCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAg < 2:1275487/91‑1 (MQ=255) tttCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAg < 2:952199/91‑1 (MQ=255) tCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGAt < 2:2255253/91‑1 (MQ=255) tgCAAGTACCAATGGAACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGAttt > 2:3751081/2‑91 (MQ=255) aGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGAttt < 2:3646513/91‑1 (MQ=255) gCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTc > 2:1361101/1‑91 (MQ=255) gCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTc < 1:3534152/91‑1 (MQ=255) gCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTc < 2:2941077/91‑1 (MQ=255) gCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTc < 1:3787901/91‑1 (MQ=255) gCAAGTACCAATGGAACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTc > 2:2775460/1‑91 (MQ=255) gCAAGTACCAATGGAACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTc > 1:1670516/1‑91 (MQ=255) cAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCt < 1:778414/91‑1 (MQ=255) aGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCttt < 2:3728934/91‑1 (MQ=255) aGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCttt < 2:1694173/91‑1 (MQ=255) aGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCttt > 1:2748339/1‑91 (MQ=255) | TTGCGAACACTGGTGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTG > USA300TCH1516_ALE/1539929‑1540106 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |