| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,540,026 | T→A | 5.5% | V40V (GTA→GTT) | ndk ← | Nucleoside diphosphate kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,540,026 | 0 | T | A | 5.5% | 619.6 / 15.0 | 181 | V40V (GTA→GTT) | ndk | Nucleoside diphosphate kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (89/82); new base A (7/3); total (96/85) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.39e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 186 total aligned reads displayed.
CACTGGTGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCT > USA300TCH1516_ALE/1539936‑1540116 | cacTGGTGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGt > 1:1298126/1‑91 (MQ=255) tGGTGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACt < 1:978389/91‑1 (MQ=255) tGGTGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACt < 1:1316696/91‑1 (MQ=255) ggTGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACtt < 1:389855/91‑1 (MQ=255) ggTGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACtt < 2:2761677/91‑1 (MQ=255) ggTGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACtt > 2:307998/1‑91 (MQ=255) gTGCTGGTGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTg < 2:1122666/91‑1 (MQ=255) gTGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTg > 2:2704510/1‑91 (MQ=255) gTGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTg > 2:992079/1‑91 (MQ=255) tGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGc > 2:3787901/1‑91 (MQ=255) tGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTACCAATGGAACTTGc < 1:1684622/91‑1 (MQ=255) gCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCa > 1:46129/1‑91 (MQ=255) tGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAAt > 2:2875361/1‑91 (MQ=255) tGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAAt > 1:419720/1‑91 (MQ=255) gTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAAtt < 1:338055/91‑1 (MQ=255) taataaATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAAttt > 1:2343764/1‑91 (MQ=255) ataaATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTac > 1:3813466/1‑91 (MQ=255) ataaATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTac > 1:3232596/1‑91 (MQ=255) taaATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTacc > 2:3201048/1‑91 (MQ=255) taaATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTacc > 1:2155612/1‑91 (MQ=255) taaATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTacc > 1:788160/1‑91 (MQ=255) taaATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTacc < 1:2918720/91‑1 (MQ=255) aaaTGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTCCACCATCATGTGTTTCAGCAAGTTCCGTTGGTACTTGCATTAATTTacaa > 2:3602832/1‑89 (MQ=255) aTGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTaccacc < 1:450516/91‑1 (MQ=255) aTGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTaccacc < 2:2123445/91‑1 (MQ=255) aTGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTaccacc < 2:3442343/91‑1 (MQ=255) tGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCAAAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCg > 2:3002465/1‑91 (MQ=255) aaTTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACa > 1:2878178/1‑91 (MQ=255) aaTTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACa > 1:544841/1‑91 (MQ=255) aTTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACTATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACac > 2:916549/1‑90 (MQ=255) aTTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACaa < 1:3417705/91‑1 (MQ=255) aTTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACaa > 1:681693/1‑91 (MQ=255) tAAACCATTTTATAATGATTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGt > 1:1214198/1‑91 (MQ=255) aaaTCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAgct > 2:1697817/1‑89 (MQ=255) aaaTCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGtt < 1:738194/91‑1 (MQ=255) aaaTCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGtt > 1:1060267/1‑91 (MQ=255) aaTCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGttt > 2:1363793/1‑91 (MQ=255) aTCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGtttt < 1:810610/91‑1 (MQ=255) cATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAg < 1:278943/91‑1 (MQ=255) cATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAg < 2:1907387/91‑1 (MQ=255) aTTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGt < 1:845828/91‑1 (MQ=255) ataAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCt < 2:443607/91‑1 (MQ=255) aaaaTGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCttt > 1:3477048/1‑91 (MQ=255) aaaaTGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCttt > 2:2488915/1‑91 (MQ=255) aTGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAACTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTtttct > 1:3114537/1‑91 (MQ=255) tGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTGATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTtttctt < 2:3814049/91‑1 (MQ=255) tGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGAACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTtttctt < 2:414595/91‑1 (MQ=255) ggTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTtttcttt > 1:678741/1‑91 (MQ=255) ggTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTtttcttt < 1:3872859/91‑1 (MQ=255) ttACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCaa < 1:3537752/91‑1 (MQ=255) aCCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAAtt > 2:1486134/1‑91 (MQ=255) ccTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTc < 1:2232846/91‑1 (MQ=255) cTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCaagaat < 1:2884280/91‑5 (MQ=255) cTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCt > 1:3351524/1‑91 (MQ=255) ttGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCtt > 2:3106255/1‑91 (MQ=255) tGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTg > 2:188041/1‑91 (MQ=255) ggTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGa > 1:1155220/1‑91 (MQ=255) ttCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAAtt > 1:546088/1‑91 (MQ=255) ttCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAAtt > 2:2624995/1‑91 (MQ=255) cACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTAc > 2:152928/1‑91 (MQ=255) cACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTAc > 2:993347/1‑91 (MQ=255) aCCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACt < 2:3263264/91‑1 (MQ=255) ccATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACtt > 2:2162053/1‑91 (MQ=255) ccATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACtt > 2:237687/1‑91 (MQ=255) cATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTc < 2:3046454/91‑1 (MQ=255) aTAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCa < 2:2792066/91‑1 (MQ=255) aTGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCa < 2:1475463/91‑1 (MQ=255) gtgtTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAAt < 1:1006698/91‑1 (MQ=255) gtgtTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAAt < 1:3652497/91‑1 (MQ=255) gtgtCTCAACAAGTTCTATTGGTACTTGCATTAGTTTACCACCGACATGTTTAAGTACTTTTCTTTCAATTCTTGGAATTACTTCTCCCAt < 2:2510421/91‑1 (MQ=255) tgtTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAAtt > 1:1393177/1‑91 (MQ=255) tgtTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAAtt > 1:2623071/1‑91 (MQ=255) gtTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTa < 1:1896642/91‑1 (MQ=255) gtTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTa > 1:765513/1‑91 (MQ=255) tttCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAg < 2:952199/91‑1 (MQ=255) tttCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAg > 1:2724701/1‑91 (MQ=255) tttCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAg < 2:1275487/91‑1 (MQ=255) tCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGAt < 2:2255253/91‑1 (MQ=255) tgCAAGTACCAATGGAACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGAttt > 2:3749507/2‑91 (MQ=255) aGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGAttt < 2:3646513/91‑1 (MQ=255) aGCAAGTGCCATTGGTACTTGCATTAATGTACCTCCGACGTGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGGAATTACTTCACCAATTAGAttt < 2:3764345/91‑1 (MQ=255) gCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTc < 1:3787901/91‑1 (MQ=255) gCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTc < 2:2941088/91‑1 (MQ=255) gCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTc < 1:3534152/91‑1 (MQ=255) gCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTc > 2:1361101/1‑91 (MQ=255) gCAAGTACCAATGGAACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTc > 1:1670516/1‑91 (MQ=255) aaGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCtt > 2:1760609/1‑91 (MQ=255) gTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTg > 1:2868616/1‑91 (MQ=255) accAATGGAACTCGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTAGTa > 1:3001338/2‑91 (MQ=255) ccATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTAc > 1:1801959/1‑91 (MQ=255) cATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGTTTTCTTTTTACt > 2:407693/1‑91 (MQ=255) cATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACt > 2:1376261/1‑91 (MQ=255) aTTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTg > 1:3259757/1‑91 (MQ=255) ttGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGc < 1:2140371/91‑1 (MQ=255) ttGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGc > 2:601854/1‑91 (MQ=255) ttGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGc > 1:780455/1‑91 (MQ=255) ttGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGc > 1:2529713/1‑91 (MQ=255) tGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCa < 1:1527725/91‑1 (MQ=255) tACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCGCCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCt < 1:945087/91‑1 (MQ=255) tACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCt > 2:1861276/1‑91 (MQ=255) | CACTGGTGCTGATGTAATAAATGAAATTAAATCATTATAAAATGGTTTACCTTGGTGTTCACCATAATGTGTTTCAGCAAGTTCCATTGGTACTTGCATTAATTTACCACCGACAAGTTTTAGTCCTTTTCTTTCAATTCTTGAAATTACTTCACCAATTAGATTTCTTTGTACTGCATCT > USA300TCH1516_ALE/1539936‑1540116 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |