Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,685,130 | 0 | A | G | 7.5% | 580.8 / 25.1 | 187 | intergenic (‑142/+78) | USA300HOU_RS08395/rpsU | hypothetical protein/30S ribosomal protein S21 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (90/82); new base G (5/9); total (96/91) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.74e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.32e-01 |
Only 100 of 195 total aligned reads displayed.
AGTTATAAGAACCTATAGAATATCAATTTGATTATTTATAAACTATATAACTTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACTTGTGATGTTTGTTTTATATAATTAATATTCGTGTTGAGGGAGTCAACAGAGGTATTAATTATTTGAATTT > USA300TCH1516_ALE/1685040‑1685219 | aGTTATAAGAACCTATAGAATATCAATTTGATTATTTATAAACTATATAACTTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACata < 1:2568349/91‑1 (MQ=255) gTTATAAGAACCTATAGAATATCAATTTGATTATTTATAAACTATATAACTTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACatat < 2:213208/91‑1 (MQ=255) gTTATAAGAACCTATAGAATATCAATTTGATTATTTATAAACTATATAACTTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACatat > 1:2304925/1‑91 (MQ=255) ttATAAGAACCTATAGAATATCAATTTGATTATTTATAAACTATATAACTTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATAtt < 1:1606491/91‑1 (MQ=255) ataAGAACCTATAGAATATCAATTTGATTATTTATAAACTATATAACTTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAg > 1:981143/1‑91 (MQ=255) ataAGAACCTATAGAATATCAATTTGATTATTTATAAACTATATAACTTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAg > 2:963350/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |