| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 92,982 | C→T | 12.8% | intergenic (‑67/‑70) | ricR_1 ← / → glpE | Copper‑sensing transcriptional repressor RicR/Thiosulfate sulfurtransferase GlpE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 92,982 | 0 | C | T | 12.8% | 545.6 / 52.9 | 202 | intergenic (‑67/‑70) | ricR_1/glpE | Copper‑sensing transcriptional repressor RicR/Thiosulfate sulfurtransferase GlpE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (85/91); new base T (12/14); total (97/105) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.01e-01 | |||||||||||
Only 100 of 220 total aligned reads displayed.
AATCATTTTTTTATCATAATTCATAGTCATACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCTACAGGTATTTTTAGGGAGGTTATTATGAAACAATACGGAGAAAAG > USA300TCH1516_ALE/92892‑93072 | aaTCATTTTTTTATCATAATTCATAGTCATACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATAccc < 2:899273/91‑1 (MQ=255) aTCATTTTTTTATCATAATTCATAGTCATACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATCTTAATAGATAAACACAAATGTGTCCAATAcccc > 2:3040269/1‑91 (MQ=255) aTCATTTTTTTATCATAATTCATAGTCATACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATAcccc > 1:1055055/1‑91 (MQ=255) aTCATTTTTTTATCATAATTCATAGTCATACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATAcccc > 2:2483928/1‑91 (MQ=255) tCATTTTTTTATCATAATTCATAGTCATACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTTAAATACCCCt > 2:2498814/1‑91 (MQ=255) tCATTTTTTTATCATAATTCATAGTCATACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCt < 2:2536978/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |