| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,685,139 | 0 | A | T | 8.4% | 626.9 / 34.1 | 191 | intergenic (‑151/+69) | USA300HOU_RS08395/rpsU | hypothetical protein/30S ribosomal protein S21 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (87/88); new base T (9/7); total (96/95) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.95e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.76e-01 | |||||||||||
Only 100 of 197 total aligned reads displayed.
ACCTATAGAATATCAATTTGATTATTTATAAACTATATAACTTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACTTGTGATGTTTGTTTTATATAATTAATATTCGTGTTGAGGGAGTCAACAGAGGTATTAATTATTTGAATTTACGTTTACGT > USA300TCH1516_ALE/1685050‑1685229 | aCCTATAGAATATCAATTTGATTATTTATAAACTATATAACTTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACAGATTAGTGTCAg > 1:3515032/1‑91 (MQ=255) ccTATAGAATATCAATTTGATTATTTATAAACTATATAACTTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGa > 2:3374847/1‑91 (MQ=255) ccTATAGAATATCAATTTGATTATTTATAAACTATATAACTTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGa > 1:662352/1‑91 (MQ=255) ccTATAGAATATCAATTTGATTATTTATAAACTATATAACTTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGa < 1:2057163/91‑1 (MQ=255) cTATAGAATATCAATTTGATTATTTATAAACTATATAACTTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGac < 2:1218254/91‑1 (MQ=255) ataGAATATCAATTTGATTATTTATAAACTATATAACTTTTTTTAATTAAATATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGacac > 2:1152518/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |