| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,685,148 | C→T | 7.0% | intergenic (‑160/+60) | USA300HOU_RS08395 ← / ← rpsU | hypothetical protein/30S ribosomal protein S21 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,685,148 | 0 | C | T | 7.0% | 605.7 / 20.9 | 185 | intergenic (‑160/+60) | USA300HOU_RS08395/rpsU | hypothetical protein/30S ribosomal protein S21 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (90/82); new base T (8/5); total (98/87) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
Only 100 of 192 total aligned reads displayed.
AATATCAATTTGATTATTTATAAACTATATAACTTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACTTGTGATGTTTGTTTTATATAATTAATATTCGTGTTGAGGGAGTCAACAGAGGTATTAATTATTTGAATTTACGTTTACGTGCAGCTTCT > USA300TCH1516_ALE/1685058‑1685238 | aaTATCAATTTGATTATTTATAAACTATATAACTTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAAc > 2:1329175/1‑91 (MQ=255)aaTATCAATTTGATTATTTATAAACTATATAACTTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAAc > 1:1876607/1‑91 (MQ=255)aaTATCAATTTGATTATTTATAAACTATATAACTTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAAc > 2:3707914/1‑91 (MQ=255) atatCAATTTGATTATTTATAAACTATATAACTTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACt < 1:2196352/91‑1 (MQ=255) tatCAATTTGATTATTTATAAACTATATAACTTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACtt > 1:2200398/1‑91 (MQ=255) tCAATTTGATTATTTATAAACTATATAACTTTTTTTAATTAAAAATTGACAACAAAAAAACATCACATATTAGTGTCAGACACTAACTtgt > 2:2377465/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |