Predicted mutation | |||||||
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RA | USA300TCH1516_ALE | 92,987 | A→G | 15.3% | intergenic (‑72/‑65) | ricR_1 ← / → glpE | Copper‑sensing transcriptional repressor RicR/Thiosulfate sulfurtransferase GlpE |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 92,987 | 0 | A | G | 15.3% | 474.7 / 78.2 | 204 | intergenic (‑72/‑65) | ricR_1/glpE | Copper‑sensing transcriptional repressor RicR/Thiosulfate sulfurtransferase GlpE |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (83/89); new base G (29/2); total (113/91) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.44e-07 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.91e-01 |
Only 100 of 218 total aligned reads displayed.
TTTTTTTATCATAATTCATAGTCATACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCTACAGGTATTTTTAGGGAGGTTATTATGAAACAATACGGAGAAAAGTTTAT > USA300TCH1516_ALE/92897‑93077 | tttttttATCATAATTCATAGTCATACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTaga < 2:2903798/91‑1 (MQ=255) tttttttATCATAATTCATAGTCATACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTaga < 2:2572191/91‑1 (MQ=255) ttttttATCATAATTCATAGTCATACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTagag > 1:62/1‑91 (MQ=255) ttttATCATAATTCATAGTCATACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGt < 1:1453149/91‑1 (MQ=255) tATCATAATTCATAGTCATACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTAtt > 1:3687466/1‑91 (MQ=255) tATCATAATTCATAGTCATACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTAtt < 2:670432/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |