| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,733,445 | T→A | 5.6% | intergenic (‑26/+74) | csbD_2 ← / ← cymR | Stress response protein CsbD/HTH‑type transcriptional regulator CymR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,733,445 | 0 | T | A | 5.6% | 549.1 / 15.9 | 162 | intergenic (‑26/+74) | csbD_2/cymR | Stress response protein CsbD/HTH‑type transcriptional regulator CymR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (78/74); new base A (3/6); total (82/80) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.28e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.42e-01 | |||||||||||
Only 100 of 175 total aligned reads displayed.
GTAACGTTACCTACTGTTTCTTTAACATTTCCTTTAAATTGATCGAACTTACTTTCGTCTGCCATAGTGAAACCTCCTTGGATGTATATATTTATATACCACTAAGGAGGTTCGCTAAACATTATAATATGAAGTTTTTATGTTATAGTATAGTATTTATACGATTAAATATAAAACAT > USA300TCH1516_ALE/1733355‑1733533 | tAACGTTACCTACTGTTTCTTTAACATTTCCTTTAAATTGATCGAACTTACTTTCGTCTGCCATAGTGAAACCTCCTTGGATGTATATAtt < 2:1843739/91‑1 (MQ=255) aaCGTTACCTACTGTTTCTTTAACATTTCCTTTAAATTGATCGAACTTACTTTCGTCTGCCATAGTGAAACCTCCTTGGATGTATATAttt > 2:1620507/1‑91 (MQ=255) ttACCTACTGTTTCTTTAACATTTCCTTTAAATTGATCGAACTTCCTTTCGTCTGCCATCGTGAAACCTCCTTGGACGTATATACTtctat > 2:2351201/1‑91 (MQ=37) tACCTACTGTTTCTTTAACATTTCCTTTAAATTGATCGAACTTACTTTCGTCTGCCATAGTGAAACCTCCTTGGATGTATATATTtatata > 1:2140417/1‑91 (MQ=255) tACCTACTGTTTCTTTAACATTTCCTTTAAATTGATCGAACTTACTTTCGTCTGCCATAGTGAAACCTCCTTGGATGTATATATTtatata < 1:3299279/91‑1 (MQ=255) aCCTACTGTTTCTTTAACATTTCCTTTAAATTGATCGAACTTACTTTCGTCTGCCATAGTGAAACCTCCTTGGATGTATATATTTATATAc > 1:654569/1‑91 (MQ=255) 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ttAACATTTCCTTTAAATTGATCGAACTTACTTTCGTCTGCCATAGTGAAACCTCCTTAGTGGTATATAAATATATACATCCAAGGAGGtt < 1:1695190/91‑1 (MQ=17) tAACATTTCCTTTAAATTGATCGAACTTACTTTCGTCTGCCATAGTGAAACCTCCTTGGATGTATATATTTATATACCACTAAGGAGGTTc < 2:2452800/91‑1 (MQ=255) aCATTTCCTTTAAATTGATCGAACTTACTTTCGTCTGCCATAGTGAAACCTCCTTGGATGTATATATTTATATACCACTAAGGAGGTTCGc < 2:2725765/91‑1 (MQ=255) ttCCTTTAAATTGATCGAACTTACTTTCGTCTGCCATAGTGAAACCTCCTTGGATGTATATATTTATATACCACTAAGGAGGTTCGCTaaa < 2:1255259/91‑1 (MQ=255) tCCTTTAAATTGATCGAACTTACTTTCGTCTGCCATAGTGAAACCTCCTTGGATGTATATATTTATATACCACTAAGGAGGTTCGCTAAAc > 2:2956465/1‑91 (MQ=255) cTTTAAATTGATCGAACTTACTTTCGTCTGCCATAGTGAAACCTCCTTGGATGTATATATTTATATACCACTAAGGAGGTTCGCTAAACAt > 2:95575/1‑91 (MQ=255) tttAAATTGATCGAACTTACTTTCGTCTGCCATAGTGAAACCTCCTTGGATGTATATATTTATATACCACTAAGGAGGTTCGCTAAACAtt > 1:3779404/1‑91 (MQ=255) ttAAATTGATCGAACTTACTTTCGTCTGCCATAGTGAAACCTCCTTGGATGTATATATTTATATACCACTAAGGAGGTTCGCTAAACATta > 2:2270722/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |