| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,733,446 | T→A | 5.7% | intergenic (‑27/+73) | csbD_2 ← / ← cymR | Stress response protein CsbD/HTH‑type transcriptional regulator CymR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,733,446 | 0 | T | A | 5.7% | 565.4 / 14.7 | 169 | intergenic (‑27/+73) | csbD_2/cymR | Stress response protein CsbD/HTH‑type transcriptional regulator CymR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (82/76); new base A (3/7); total (85/84) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.08e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 175 total aligned reads displayed.
TAACGTTACCTACTGTTTCTTTAACATTTCCTTTAAATTGATCGAACTTACTTTCGTCTGCCATAGTGAAACCTCCTTGGATGTATATATTTATATACCACTAAGGAGGTTCGCTAAACATTATAATATGAAGTTTTTATGTTATAGTATAGTATTTATACGATTAAATATAAAACATGTA > USA300TCH1516_ALE/1733356‑1733536 | tAACGTTACCTACTGTTTCTTTAACATTTCCTTTAAATTGATCGAACTTACTTTCGTCTGCCATAGTGAAACCTCCTTGGATGTATATAtt < 2:1843739/91‑1 (MQ=255) aaCGTTACCTACTGTTTCTTTAACATTTCCTTTAAATTGATCGAACTTACTTTCGTCTGCCATAGTGAAACCTCCTTGGATGTATATAttt > 2:1620507/1‑91 (MQ=255) ttACCTACTGTTTCTTTAACATTTCCTTTAAATTGATCGAACTTCCTTTCGTCTGCCATCGTGAAACCTCCTTGGACGTATATACTtctat > 2:2351201/1‑91 (MQ=37) tACCTACTGTTTCTTTAACATTTCCTTTAAATTGATCGAACTTACTTTCGTCTGCCATAGTGAAACCTCCTTGGATGTATATATTtatata > 1:2140417/1‑91 (MQ=255) tACCTACTGTTTCTTTAACATTTCCTTTAAATTGATCGAACTTACTTTCGTCTGCCATAGTGAAACCTCCTTGGATGTATATATTtatata < 1:3299279/91‑1 (MQ=255) aCCTACTGTTTCTTTAACATTTCCTTTAAATTGATCGAACTTACTTTCGTCTGCCATAGTGAAACCTCCTTGGATGTATATATTTATATAc > 1:656217/1‑91 (MQ=255) 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ttCCTTTAAATTGATCGAACTTACTTTCGTCTGCCATAGTGAAACCTCCTTGGATGTATATATTTATATACCACTAAGGAGGTTCGCTaaa < 2:3818825/91‑1 (MQ=255) cTTTAAATTGATCGAACTTACTTTCGTCTGCCATAGTGAAACCTCCTTGGATGTATATATTTATATACCACTAAGGAGGTTCGCTAAACAt > 2:95575/1‑91 (MQ=255) tttAAATTGATCGAACTTACTTTCGTCTGCCATAGTGAAACCTCCTTGGATGTATATATTTATATACCACTAAGGAGGTTCGCTAAACAtt > 1:3779404/1‑91 (MQ=255) ttAAATTGATCGAACTTACTTTCGTCTGCCATAGTGAAACCTCCTTGGATGTATATATTTATATACCACTAAGGAGGTTCGCTAAACATta > 2:2270722/1‑91 (MQ=255) ttAAATTGATCGAACTTACTTTCGTCTGCCATAGTGAAACCTCCTTGGATGTATATATTTATATACCACTAAGGAGGTTCGCTAAACATta > 2:789364/1‑91 (MQ=255) ttAAATTGATCGAACTTACTTTCGTCTGCCATAGTGAAACCTCCTTGGATGTATATATGTATATACCACTAAGGAGGTTCGCTAAACATta < 2:3809812/91‑1 (MQ=255) tAAATTGATCGAACTTACTTTCGTCTGCCATAGTGAAACCTCCTTGGATGTATATATTTATATACCACTAAGGAGGTTCGCTAAACATtat < 2:2847324/91‑1 (MQ=255) tAAATTGATCGAACTTACTTTCGTCTGCCATAGTGAAACCTCCTTGGATGTATATATTTATATACCACTAAGGAGGTTCGCTAAACATtat < 1:319222/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |