| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,758,213 | T→A | 5.3% | K72I (AAA→ATA) | mreC ← | Cell shape‑determining protein MreC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,758,213 | 0 | T | A | 5.3% | 745.2 / 16.9 | 217 | K72I (AAA→ATA) | mreC | Cell shape‑determining protein MreC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (74/131); new base A (5/7); total (79/138) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.61e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 227 total aligned reads displayed.
TTTAAATCAAGCTCTTTTTTTAATTTTTCATTTTCCGCTTCTAATTGTTGGTTCTTAGATTCTAACTGGCTAATCTTATTTTTAGATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTCCCCAATCGTACCAGCAACAAAATTAACTGGATAACTCACAACTCGTTGTCCAAAAGACACAGAAT > USA300TCH1516_ALE/1758123‑1758303 | tttAAATCAAGCTCTTTTTTTAATTTTTCATTTTCCGCTTCTAATTGTTGGTTCTTAGATTCTAACTGGCTAATCTTATTTTTAGATTCtt > 2:729952/1‑91 (MQ=255) ttAAATCAAGCTCTTTTTTTAATTTTTCATTTTCCGCTTCTAATTGTTGGTTCTTAGATTCTAACTGGCTAATCTTATTTTTAGATTCttt < 2:2040099/91‑1 (MQ=255) ttAAATCAAGCTCTTTTTTTAATTTTTCATTTTCCGCTTCTAATTGTTGGTTCTTAGATTCTAACTGGCTAATCTTATTTTTAGATTCttt > 2:2365321/1‑91 (MQ=255) ttAAATCAAGCTCTTTTTTTAATTTTTCATTTTCCGCTTCTAATTGTTGGTTCTTAGATTCTAACTGGCTAATCTTATTTTTAGATTCttt > 1:1805847/1‑91 (MQ=255) aTCAAGCTCTTTTTTTAATTTTTCATTTTCCGCTTCTAATTGTTGGTTCTTAGATTCTAACTGGCTAATCTTATTTTTAGATTCTTTAGaa < 2:1385688/91‑1 (MQ=255) aTCAAGCTCTTTTTTTAATTTTTCATTTTCCGCTTCTAATTGTTGGTTCTTAGATTCTAACTGGCTAATCTTATTTTTAGATTCTTTAGaa > 1:3780592/1‑91 (MQ=255) tCAAGCTCTTTTTTTAATTTTTCATTTTCCGCTTCTAATTGTTGGTTCTTAGATTCTAACTGGCTAATCTTATTTTTAGATTCTTTAGAAt < 2:87090/91‑1 (MQ=255) tCAAGCTCTTTTTTTAATTTTTCATTTTCCGCTTCTAATTGTTGGTTCTTAGATTCTAACTGGCTAATCTTATTTTTAGATTCTTTAGAAt < 2:1025995/91‑1 (MQ=255) cAAGCTCTTTTTTTAATTTTTCATTTTCCGCTTCTAATTGTTGGTTCTTAGATTCTAACTGGCTAATCTTATTTTTAGATTCTTTAGAAtc < 1:3633428/91‑1 (MQ=255) cAAGCTCTTTTTTTAATTTTTCATTTTCCGCTTCTAATTGTTGGTTCTTAGATTCTAACTGGCTAATCTTATTTTTAGATTCTTTAGAAtc < 2:409452/91‑1 (MQ=255) cAAGCTCTTTTTTTAATTTTTCATTTTCCGCTTCTAATTGTTGGTTCTTAGATTCTAACTGGCTAATCTTATTTTTAGATTCTAAAGAAtc < 2:1674202/91‑1 (MQ=255) aGCTCTTTTTTTAATTTTTCATTTTCCGCTTCTAATTGTTGGTTCTTAGATTCTAACTGGCTAATCTTATTTTTAGATTCTTTAGAAtctc > 1:1570256/1‑91 (MQ=255) gCTCTTTTTTTAATTTTTCATTTTCCGCTTCTAATTGTTGGTTCTTAGATTCTAACTGGCTAATCTTATTTTTAGATTCTTTAGAATCTcc < 1:2878884/91‑1 (MQ=255) tctTTTTTTAATTTTTCATTTTACGCTTCTAATTGTTGGTTCTTAGATTCTAACTGGCTAATCTTATTTTTAGATTCTTTAGAATCTCCtt < 2:821845/91‑1 (MQ=255) ttttttAATTTTTCATTTTCCGCTTCTAATTGTTGGTTCTTAGATTCTAACTGGCTAATCTTATTTTTAGATTCTTTAGAATCTCCttttt < 1:2881223/91‑1 (MQ=255) tttttAATTTTTCATTTTCCGCTTCTAATTGTTGGTTCTTAGATTCTAACTGGCTAATCTTATTTTTAGATTCTTTAGAATCTCCtttttt < 2:2539448/91‑1 (MQ=255) tttttAATTTTTCATTTTCCGCTTCTAATTGTTGGTTCTTAGATTCTAACTGGCTAATCTTATTTTTAGATTCTTTAGAATCTCCtttttt < 2:2842773/91‑1 (MQ=255) tttttAATTTTTCATTTTCCGCTTCTAATTGTTGGTTCTTAGATTCTAACTGGCTAATCTTATTTTTAGATTCTTTAGAATCTCCtttttt < 1:2368070/91‑1 (MQ=255) ttttAATTTTTCATTTTCCGCTTCTAATTGTTGGTTCTTAGATTCTAACTGGCTAATCTTATTTTTAGATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTa < 1:3665976/91‑1 (MQ=255) tttAATTTTTCATTTTCCGCTTCTAATTGTTGGTTCTTAGATTCTAACTGGCTAATCTTATTTTTAGATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTaa < 2:62220/91‑1 (MQ=255) aTTTTTCATTTTCCGCTTCTAATTGTTGGTTCTTAGATTCTAACTGGCTAATCTTATTTTTAGATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTaaaaaa > 1:1622001/1‑91 (MQ=255) tttttCATTTTCCGCTTCTAATTGTTGGTTCTTAGATTCTAACTGGCTAATCTTATTTTTAGATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAg < 2:2909959/91‑1 (MQ=255) tttttCATTTTCCGCTTCTAATTGTTGGTTCTTAGATTCTAACTGGCTAATCTTATTTTTAGATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAg < 2:1339827/91‑1 (MQ=255) tttttCATTTTCCGCTTCTAATTGTTGGTTCTTAGATTCTAACTGGCTAATCTTATTTTTAGATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAg < 2:865331/91‑1 (MQ=255) tttCATTTTCCGCTTCTAATTGTTGGTTCTTAGATTCTAACTGGCTAATCTTATTTTTAGATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTc > 2:3741330/1‑91 (MQ=255) tttCATTTTCCGCTTCTAATTGTTGGTTCTTAGATTCTAACTGGCTAATCTTATTTTTAGATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTc > 1:868666/1‑91 (MQ=255) tttCATTTTCCGCTTCTAATTGTTGGTTCTTAGATTCTAACTGGCTAATCTTATTTTTAGATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTc > 1:635681/1‑91 (MQ=255) tttCATTTTCCGCTTCTAATTGTTGGTTCTTAGATTCTAACTGGCTAATCTTATGTTTAGTTTCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGta > 2:3840549/1‑90 (MQ=255) tCATTTTCCGCTTCTAATTGTTGGTTCTTAGATTCTAACTGGCTAATCTTATTTTTAGATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTccc > 2:2089668/1‑91 (MQ=255) cATTTTCCGCTTCGAATTGTTGGTTCTTAGATTCTAACTGGCTGATCTTATTTTTAGATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTcccc < 1:3879606/91‑1 (MQ=255) aTTTTCCGCTTCTAATTGTTGGTTCTTAGATTCTAACTGGCTAATCTTATTTTTAGATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTCCCCa < 1:2475104/91‑1 (MQ=255) ttttCCGCTTCTAATTGTTGGTTCTTAGATTCTAACTGGCTAATCTTATTTTTAGATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTCCCCaa < 1:3487391/91‑1 (MQ=255) ttttCCGCTTCTAATTGTTGGTTCTTAGATTCTAACTGGCTAATCTTATTTTTAGATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTCCCCaa < 2:1516437/91‑1 (MQ=255) tttCCGCTTCTAATTGTTGGTTCTTAGATTCTAACTGGCTAATCTTATTTTTAGATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTCCCCAAt < 2:1484916/91‑1 (MQ=255) tttCCGCTTCTAATTGTTGGTTCTTAGATTCTAACTGGCTAATCTTATTTTTAGATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTCCCCAAt < 1:2512187/91‑1 (MQ=255) tttCCGCTTCTAATTGTTGGTTCTTAGATTCTAACTGGCTAATCTTATTTTTAGATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTCCCCAAt > 1:3086395/1‑91 (MQ=255) tttCCGCTTCTAATTGTTGGTTCTTAGATTCTAACTGGCTAATCTTATTTTTAGATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTCCCCAAt < 2:2181105/91‑1 (MQ=255) ttCCGCTTCTAATTGTTGGTTCTTAGATTCTAACTGGCTAATCTTATTTTTAGATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTCCCCAATc < 2:3041616/91‑1 (MQ=255) tCCGCTTCTAATTGTTGGTTCTTAGATTCTAACTGGCTAATCTTATTTTTAGATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTCCCCAATCg < 2:52536/91‑1 (MQ=255) tCTAATTGTTGGTTCTTAGATTCTAACTGGCTAATCTTATTTTTAGATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTCCCCAATCGTACCAg < 1:1496750/91‑1 (MQ=255) tAATTGTTGGTTCTTAGATTCTAACTGGCTAATCTTATTTTTAGATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTCCCCAATCGTACCAGca < 2:2237334/91‑1 (MQ=255) aaTTGTTGGTTCTTAGATTCTAACTGGCTAATCTTATTTTTAGATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTCCCCAATCGTACCAGcaa < 1:3678121/91‑1 (MQ=255) aTTGTTGGTTCTTAGATTCTAACTGGCTAATCTTATTTTTAGATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTCCCCAATCGTACCAGcaac > 2:3470796/1‑91 (MQ=255) aTTGTTGGTTCTTAGATTCTAACTGGCTAATCTTATTTTTAGATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTCCCCAATCGTACCAGcaac > 2:2858783/1‑91 (MQ=255) ttgttgGTTCTTAGATTCTAACTGGCTAATCTTATTTTTAGATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTCCCCAATCGTACCAGcaaca < 1:2638614/91‑1 (MQ=255) tgttgGTTCTTAGATTCTAACTGGCTAATCTTATTTTTAGATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTCCCCAATCGTACCAGcaacaa < 2:831765/91‑1 (MQ=255) tgttgGTTCTTAGATTCTAACTGGCTAATCTTATTTTTAGATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTCCCCAATCGTACCAGcaacaa < 2:1855655/91‑1 (MQ=255) gttgGTTCTTAGATTCTAACTGGCTAATCTTATTTTTAGATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTCCCCAATCGTACCAGCAACaaa < 2:2488063/91‑1 (MQ=255) ttgGTTCTTAGATTCTAACTGGCTAATCTTATTTTTAGATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTCCCCAATCGTACCAGCAACaaaa < 1:3741330/91‑1 (MQ=255) ttgGTTCTTAGATTCTAACTGGCTAATCTTATTTTTAGATTCTTTAGAATCTCAATTTTTAAAAAAGTCCCCAATCGTACCAGCAACaaaa < 2:488876/91‑1 (MQ=255) ggTTCTTAGATTCTAACTGGCTAATCTTATATTTAGATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTCCCCAATCGTACCAGCAACAAAAtt < 2:1589512/91‑1 (MQ=255) gTTCTTAGATTCTAACTGGCTAATCTTATTTTTAGATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTCCCCAATCGTACCAGCAACAAAATTa < 2:3452756/91‑1 (MQ=255) gTTCTTAGATTCTAACTGGCTAATCTTATTTTTAGATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTCCCCAATCGTACCAGCAACAAAATTa < 1:2075001/91‑1 (MQ=255) ttCTTAGATTCTAACTGGCTAATCTTATTTTTAGATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTCCCCAATCGTACCAGCAACAAAATTaa < 1:2433636/91‑1 (MQ=255) ttCTTAGATTCTAACTGGCTAATCTTATTTTTAGATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTCCCCAATCGTACCAGCAACAAAATTaa > 1:2281350/1‑91 (MQ=255) tCTTAGATTCTAACTGGCTAATCTTATTTTTAGATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAATTCCCCAATCGTACCAGCAACAAAATTAAc > 2:770380/1‑91 (MQ=255) tCTTAGATTCTAACTGGCTAATCTTATTTTTAGATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTCCCCAATCGTACCAGCAACAAAATTAAc < 2:661712/91‑1 (MQ=255) tCTTAGATTCTAACTGGCTAATCTTATTTTTAGATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTCCCCAATCGTACCAGCAACAAAATTAAc < 1:1200898/91‑1 (MQ=255) tAGATTCTAACTGGCTAATCTTATTTTTAGATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTCCCCAATCGTACCAGCAACAAAATTAACTgg > 1:2753726/1‑91 (MQ=255) tAGATTCTAACTGGCTAATCTTATTTTTAGATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTCCCCAATCGTACCAGCAACAAAATTAACTgg < 1:906007/91‑1 (MQ=255) aGATTCTAACTGGCTAATCTTATTTTTAGATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTCCCCAATCGTACCAGCAACAAAATTAACTGGa > 1:2175281/1‑91 (MQ=255) aTTCTAACTGGCTAATCTTATTTTTAGATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTCCCCAATCGTACCAGCAACAAAATTAACTGGATa > 2:3584624/1‑91 (MQ=255) ttCTAACTGGCTAATCTTATTTTTAGATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTCCCCAATCGTACCAGCAACAAAATTAACTGGATaa < 1:1126057/91‑1 (MQ=255) tCTAACTGGCTAATCTTATTTTTAGATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTCCCCAATCGTACCAGCAACAAAATTAACTGGATAAc < 1:653574/91‑1 (MQ=255) cTGGCTAATCTTATTTTTAGATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTCCCCAATCGTACCAGCAACAAAATTAACTGGATAACTcaca > 1:3664690/1‑91 (MQ=255) tGGCTAATCTTATTTTTAGATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTCCCCAATCGTACCAGCAACAAAATTAACTGGATAACTCACaa < 1:1015254/91‑1 (MQ=255) tGGCTAATCTTATTTTTAGATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTCCCCAATCGTACCAGCAACAAAATTAACTGGATAACTCACaa < 2:1100163/91‑1 (MQ=255) tGGCTAATCTTATTTTTAGATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTCCCCAATCGTACCAGCAACAAAATTAACTGGATAACTCACaa < 2:1611558/91‑1 (MQ=255) ggCTAATCTTATTTTTAGATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTCCCCAATCGTACCAGCAACAAAATTAACTGGATAACTCACAAc > 2:928905/1‑91 (MQ=255) tAATCTTATTTTTAGATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTCCCCAATCGTACCAGCAACAAAATTAACTGGATAACTCACAACTCg < 1:1349680/91‑1 (MQ=255) tAATCTTATTTTTAGATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTCCCCAATCGTACCAGCAACAAAATTAACTGGATAACTCACAACTCg < 1:75162/91‑1 (MQ=255) aTCTTATTTTTAGATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTTTATATTTTCCCAATCGTACCAGCAACAAAATTAACTGGATAACTCACAACTCGtt > 2:3272701/1‑91 (MQ=255) tCTTATTTTTAGATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAATATTCCCCAATCGTACCAGCAACAAAATTAACTGGATAACTCACAACTCGTTg > 2:1956201/1‑91 (MQ=255) tCTTATTTTTAGATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTCCCCAATCGTACCAGCAACAAAATTAACTGGATAACTCACAACTCGTTg < 2:2244605/91‑1 (MQ=255) tCTTATTTTTAGATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTCCCCAATCGTACCAGCAACAAAATTAACTGGATAACTCACAACTCGTTg > 1:758305/1‑91 (MQ=255) cTTATTTTTAGATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTCCCCAATCGTACCAGCAACAAAATTAACTGGATAACTCACAACTCGTTGt < 1:1441341/91‑1 (MQ=255) tATTTTTAGATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTCCCCAATCGTACCAGCAACAAAATTAACTGGATAACTCACAACTCGTTGTcc < 1:189331/91‑1 (MQ=255) tATTTTTAGATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTCCCCAATCGTACCAGCAACAAAATTAACTGGATAACTCACAACTCGTTGTcc < 1:2552373/91‑1 (MQ=255) aTTTTTAGATTCTTTAGCATCTCCTTTTTTAATAAAGTCCCCAATCGTACCAGCAACAAAATTAACTGGATAACTCACAACTCGTTGTCCa < 1:3325080/91‑1 (MQ=255) aTTTTTAGATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTTCCCAATCGTACCAGCAACATAATTAACTCGATAACTCACAACTCGTTGTCCa > 2:331300/1‑91 (MQ=255) ttttAGATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTCCCCAATCGTACCAGCAACAAAATTAACTGGATAACTCACAACTCGTTGTCCaaa < 1:2153642/91‑1 (MQ=255) aaggaGATTCTAAAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTCCCCAATCGTACCAGCAACAAAATTAACTGGATAACTCACAACTCGTTGTCCaaa > 1:966146/5‑91 (MQ=255) ttAGATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTCCCCAATCGTACCAGCAACAAAATTAACTGGATAACTCACAACTCGTTGTCCAAAAg < 2:2144960/91‑1 (MQ=255) ggaGATTCTAAAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTCCCCAATCGTACCAGCAACAAAATTAACTGGATAACTCACAACTCGTTGTCCAAAAg > 1:2136289/3‑91 (MQ=255) tAGATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTCCCCAATCGTACCAGCAACAAAATTAACTGGATAACTCACAACTCGTTGTCCAAAAGa < 1:1223919/91‑1 (MQ=255) gaGATTCTAAAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTCCCCAATCGTACCAGCAACAAAATTAACTGGATAACTCACAACTCGTTGTCCAAAAGa > 1:3822201/2‑91 (MQ=255) aGATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTCCCCAATCGTACCAGCAACAAAATTAACTGGATAACTCACAACTCGTTGTCCAAAAGac > 1:391038/1‑91 (MQ=255) aGATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTCCCCAATCGTACCAGCAACAAAATTAACTGGATAACTCACAACTCGTTGTCCAAAAGac < 2:2573720/91‑1 (MQ=255) aGATTCTAAAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTCCCCAATCGTACCAGCAACAAAATTAACTGGATAACTCACAACTCGTTGTCCAAAAGac > 1:3566613/1‑91 (MQ=255) gATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTCCCCAATCGTACCAGCAACAAAATTAACTGGATAACTCACAACTCGTTGTCCAAAAGaca > 2:3067137/1‑91 (MQ=255) gATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTCCCCAATCGTACCAGCAACAAAATTAACTGGATAACTCACAACTCGTTGTCCAAAAGaca < 1:1647763/91‑1 (MQ=255) gATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTCCCCAATCGTACCAGCAACAAAATTAACTGGATAACTCACAACTCGTTGTCCAAAAGaca < 2:1210832/91‑1 (MQ=255) aTTCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTCCCCAATCGTACCAGCAACAAAATTAACTGGATAACTCACAACTCGTTGTCCAAAAGacac < 2:3049117/91‑1 (MQ=255) ttCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTCCCCAATCGTACCAGCAACAAAATTAACTGGATAACTCACAACTCGTTGTCCAAAAGAcaca < 1:3143769/91‑1 (MQ=255) ttCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTCCCCAATCGTACCAGCAACAAAATTAACTGGATAACTCACAACTCGTTGTCCAAAAGAcaca < 1:3217772/91‑1 (MQ=255) ttCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTCCCCAATCGTACCAGCAACAAAATTAACTGGATAACTCACAACTCGTTGTCCAAAAGAcaca > 1:1524422/1‑91 (MQ=255) ttCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTCCCCAATCGTACCAGCAACAAAATTAACTGGATAACTCACAACTCGTTGTCCAAAAGAcaca > 1:815749/1‑91 (MQ=255) tCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTCCCCAATCGTACCAGCAACAAAATTAACTGGATAACTCACAACTCGTTGTCCAAAAGACACAg < 1:3137940/91‑1 (MQ=255) tCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTCCCCAATCGTACCAGCAACAAAATTAACTGGATAACTCACAACTCGTTGTCCAAAAGACACAg > 1:3333361/1‑91 (MQ=255) ttAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTCCCCAATCGTACCAGCAACAAAATTAACTGGATAACTCACAACTCGTTGTCCAAAAGACACAGAAt < 1:159314/91‑1 (MQ=255) | TTTAAATCAAGCTCTTTTTTTAATTTTTCATTTTCCGCTTCTAATTGTTGGTTCTTAGATTCTAACTGGCTAATCTTATTTTTAGATTCTTTAGAATCTCCTTTTTTAAAAAAGTCCCCAATCGTACCAGCAACAAAATTAACTGGATAACTCACAACTCGTTGTCCAAAAGACACAGAAT > USA300TCH1516_ALE/1758123‑1758303 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |