Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 1,837,960 | A→T | 10.8% | D79E (GAT→GAA) | gph_2 ← | Phosphoglycolate phosphatase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,837,960 | 0 | A | T | 10.8% | 673.5 / 56.2 | 220 | D79E (GAT→GAA) | gph_2 | Phosphoglycolate phosphatase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (95/101); new base T (12/12); total (107/113) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.67e-01 |
Only 100 of 227 total aligned reads displayed.
CTCATCTTGATACATGAATGCCTCAATTTCATCATGTGATAACTTTTTCAAAATATCAATTAAATGAATACTAAAAACGATAAATAACATATCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGATTTTAATTTGTTTAAAATCTTATCTTTTTGAAAAATTCGATTCCTAATGTCTTGTATATCGTTA > USA300TCH1516_ALE/1837870‑1838050 | cATCTTGATACATGAATGCCTCAATTTCATCATGTGATAACTTTTTCAAAATATCAATTAAATGAATACTAAAAACGATAAATAACATATc < 1:1094317/91‑1 (MQ=255) cATCTTGATACATGAATGCCTCAATTTCATCATGTGATAACTTTTTCAAAATATCAATTAAATGAATACTAAAAACGATAAATAACATATc < 2:2096273/91‑1 (MQ=255) aTCTTGATACATGAATGCCTCAATTTCATCATGTGATAACTTTTTCAAAATATCAATTAAATGAATACTAAAAACGATAAATAACATATcc > 2:2297947/1‑91 (MQ=255) aTCTTGATACATGAATGCCTCAATTTCATCATGTGATAACTTTTTCAAAATATCAATTAAATGAATACTAAAAACGATAAATAACATATcc < 1:2238400/91‑1 (MQ=255) aTCTTGATACATGAATGCCTCAATTTCATCATGTGATAACTTTTTCAAAATATCAATTAAATGAATACTAAAAACGATAAATAACATATcc > 2:2594786/1‑91 (MQ=255) tCTTGATACATGAATGCCTCAATTTCATCATGTGATAACTTTTTCAAAATATCAATTAAATGAATACTAAAAACGATAAATAACATATccc > 1:2214136/1‑91 (MQ=255) cTTGATACATGAATGCCTCAATTTCATCATGTGATAACTTTTTCAAAATATCAATTAAATGAATACTAAAAACGATAAATAACATATCCCa > 1:934861/1‑91 (MQ=255) tGATACATGAATGCCTCAATTTCATCATGTGATAACTTTTTCAAAATATCAATTAAATGAATACTAAAAACGATAAATAACATATCCCAAt < 2:3789260/91‑1 (MQ=255) gATACATGAATGCCTCAATTTCATCATGTGATAACTTTTTCAAAATATCAATTAAATGAATACTAAAAACGATAAATAACATATCCCAAtt < 2:679597/91‑1 (MQ=255) aTACATGAATGCCTCAATTTCATCATGTGATAACTTTTTCAAAATATCAATTAAATGAATACTAAAAACGATAAATAACATATCCCAAttt > 1:3717510/1‑91 (MQ=255) tACATGAATGCCTCAATTTCATCATGTGATAACTTTTTCAAAATATCAATTAAATGAATACTAAAAACGATAAATAACATATCCCAATTTg > 2:2184888/1‑91 (MQ=255) aCATGAATGCCTCAATTTCATCATGTGATAACTTTTTCAAAATATCAATTAAATGAATACTAAAAACGATAAATAACATATCCCAATTTGa < 2:3075000/91‑1 (MQ=255) cATGAATGCCTCAATTTCATCATGTGATAACTTTTTCAAAATATCAATTAAATGAATACTAAAAACGATAAATAACATATCCCAATTTGaa < 1:992911/91‑1 (MQ=255) cATGAATGCCTCAATTTCATCATGTGATAACTTTTTCAAAATATCAATTAAATGAATACTAAAAACGATAAATAACATATCCCAATTTGaa < 1:413417/91‑1 (MQ=255) cATGAATGCCTCAATTTCATCATGTGATAACTTTTTCAAAATATCAATTAAATGAATACTAAAAACGATAAATAACATATCCCAATTTGaa > 2:820667/1‑91 (MQ=255) aTGAATGCCTCAATTTCATCATGTGATAACTTTTTCAAAATATCAATTAAATGAGTACTAAAAACGATAAATAACATTTCCCAATTTGAAt > 2:3061941/1‑91 (MQ=255) aTGAATGCCTCAATTTCATCATGTGATAACTTTTTCAAAATATCAATTAAATGAATACTAAAAACGATAAATAACATTTCCCAATTTGAAt > 1:2527166/1‑91 (MQ=255) aTGAATGCCTCAATTTCATCATGTGATAACTTTTTCAAAATATCAATTAAATGAATACTAAAAACGATAAATAACATATCCCAATTTGAAt > 2:319269/1‑91 (MQ=255) tGAATGCCTCAATTTCATCATGTGATAACTTTTTCAAAATATCAATTAAATGAATACTAAAAACGATAAATAACATATCCCAATTTGAAtt > 2:1047418/1‑91 (MQ=255) tGAATGCCTCAATTTCATCATGTGATAACTTTTTCAAAATATCAATTAAATGAATACTAAAAACGATAAATAACATATCCCAATTTGAAtt > 1:476534/1‑91 (MQ=255) cTCAATTTCATCATGTGATAACTTTTTCAAAATATCAATTAAATGAATACTAAAAACGATAAATAACATATCCCAATTTGAATTCAGCCCt > 1:1031016/1‑91 (MQ=255) tCAATTTCATCATGTGATAACTTTTTCAAAATATCAATTAAATGAATACTAAAAACGATAAATAACATTTCCCAATTTGAATTCAGCCCTa > 2:2065609/1‑91 (MQ=255) cAATTTCATCATGTGATAACTTTTTCAAAATATCAATTAAATGAATACTAAAAACGATAAATAACATTTCCCAATTTGAATTCAGCCCTAg < 2:2154375/91‑1 (MQ=255) cAATTTCATCATGTGATAACTTTTTCAAAATATCAATAAAATGAATACTAATAACGATAAATAACATATCCCAATTTGAATTCAGCCCTAg > 1:3612784/1‑91 (MQ=255) aaTTTCATCATGTGATAACTTTTTCAAAATATCAATTAAATGAATACTAAAAACGATAAATAACATATCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGc > 1:3264264/1‑91 (MQ=255) aaTTTCATCATGTGATAACTTTTTCAAAATATCAATTAAATGAATACTAAAAACGATAAATAACATATCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGc > 2:2371647/1‑91 (MQ=255) tttCATCATGTGATAACTTTTTCAAAATATCAATTAAATGAATACTAAAAACGATAAATAACATATCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGa < 1:3385878/91‑1 (MQ=255) tttCATCATGTGATAACTTTTTCAAAATATCAATTAAATGAATACTAAAAACGATAAATAACATATCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGa < 1:1842331/91‑1 (MQ=255) catcatGTGATAACTTTTTCAAAATATCAATTAAATGAATACTAAAAACGATAAATAACATATCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGAttt < 2:1922908/91‑1 (MQ=255) catcatGTGATAACTTTTTCAAAATATCAATTAAATGAATACTAAAAACGATAAATAACATATCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGAttt < 2:1007130/91‑1 (MQ=255) catcatGTGATAACTTTTTCAAAATATCAATTAAATGAATACTAAAAACGATAAATAACATATCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGAttt < 2:3583802/91‑1 (MQ=255) catcatGTGATAACTTTTTCAAAATATCAATTAAATGAATACTAAAAACGATAAATAACATATCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGAttt > 1:607287/1‑91 (MQ=255) atcatGTGATAACTTTTTCAAAATATCAATTAAATGAATACTAAAAACGATAAATAACATATCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGAtttt > 2:624534/1‑91 (MQ=255) tcatGTGATAACTTTTTCAAAATATCAATTAAATGAATACTAAAAACGATAAATAACATATCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGATTTTa < 2:1799395/91‑1 (MQ=255) tcatGTGATAACTTTTTCAAAATATCAATTAAATGAATACTAAAAACGATAAATAACATATCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGATTTTa > 2:786002/1‑91 (MQ=255) atGTGATAACTTTTTCAAAATATCAATTAAATGAATACTAAAAACGATAAATAACATATCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGATTTTAAt > 2:3508551/1‑91 (MQ=255) atGTGATAACTTTTTCAAAATATCAATTAAATGAATACTAAAAACGATAAATAACATATCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGATTTTAAt < 2:372481/91‑1 (MQ=255) atGTGATAACTTTTTCAAAATATCAATTAAATGAATACTAAAAACGATAAATAACATATCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGATTTTAAt > 1:1122921/1‑91 (MQ=255) gtgATAACTTTTTCAAAATATCAATTAAATGAATACTAAAAACGATAAATAACATATCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGATTTTAAttt < 2:216950/91‑1 (MQ=255) tgATAACTTTTTCAAAATATCAATTAAATGAATACTAAAAACGATAAATAACATATCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGATTTTAATTTg < 1:3758464/91‑1 (MQ=255) tgATAACTTTTTCAAAATATCAATTAAATGAATACTAAAAACGATAAATAACATATCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGATTTTAATTTg < 1:2806428/91‑1 (MQ=255) tgATAACTTTTTCAAAATATCAATTAAATGAATACTAAAAACGATAAATAACATATCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGATTTTAATTTg > 2:1991257/1‑91 (MQ=255) aTAACTTTTTCAAAATATCAATTAAATGAATACTAAAAACGATAAATAACATATCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGATTTTAATTTGtt < 2:1097852/91‑1 (MQ=255) ttttCAAAATATCAATTAAATGAATACTAAAAACGATAAATAACATATCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGATTTTAATTTGTTTAAAat < 2:2820571/91‑1 (MQ=255) tttCAAAATATCAATTAAATGAGTACTAAAAACGATAAATAACATATCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGATTTTAATTTGTTTAAAatc < 2:3125061/91‑1 (MQ=255) tttCAAAATATCAATTAAATGAGTACTAAAAACGATAAATAACATATCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGATTTTAATTTGTTTAAAatc < 2:3126447/91‑1 (MQ=255) tttCAAAATATCAATTAAATGAATACTAAAAACGATAAATAACATATCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGATTTTAATTTGTTTAAAatc < 2:2740218/91‑1 (MQ=255) ttCAAAATATCAATTAAATGAATACTAAAAACGATAAATAACATATCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGATTTTAATTTGTTTAAAatct < 2:1699922/91‑1 (MQ=255) ttaaaaTATCAATTAAATGAATACTAAAAACGATAAATAACATATCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGATTTTAATTTGTTTAAAatctt > 2:3422837/3‑91 (MQ=255) tCAAAATATTAATTAAATGAATACTAAAAACGATAAATAACATATCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGATTTTAATTTGTTTAAAatctt > 2:2327369/1‑91 (MQ=255) aaaaTATCAATTAAATGAATACTAAAAACGATAAATAACATATCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGATTTTAATTTGTTTAAAatcttat > 2:2455828/1‑91 (MQ=255) aaaaTATCAATTAAATGAATACTAAAAACGATAAATAACATATCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGATTTTAATTTGTTTAAAatcttat < 1:2971627/91‑1 (MQ=255) aaaTATCAATTAAATGAATACTAAAAACGATAAATAACATATCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGATTTTAATTTGTTTAAAatcttatc < 1:3659767/91‑1 (MQ=255) aaTATCAATTAAATGAATACTAAAAACGATAAATAACATATCCCAATTTGAATTCAg > 2:456502/1‑57 (MQ=255) aaTATCAATTAAATGAATACTAAAAACGATAAATAACATATCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGATTTTAATTTGTTTAAAatcttatct > 1:794627/1‑91 (MQ=255) atgtCAATTAAATGAATACTAAAAACGATAAATAACATTTCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGATTTTAATTTGTTTAAAatcttatctt < 1:247732/88‑1 (MQ=255) atatCAATTAAATGAATACTAAAAACGATAAATAACATATCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGATTTTAATTTGTTTAAAatcttatctt > 1:2738641/1‑91 (MQ=255) atCAATTAAATGAATACTAAAAACGATAAATAACATATCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGATTTTAATTTGTTTAAAATCTTATCtttt < 1:2386883/91‑1 (MQ=255) atCAATTAAATGAATACTAAAAACGATAAATAACATATCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGATTTTAATTTGTTTAAAATCTTATCtttt < 1:1467183/91‑1 (MQ=255) aagtAAATGAATACTAAAAACGATGAATAACATATCCCAATTTTAATTCAGCCCTAGCGATTTTAATTTGTTTAAAATCTTATCTTTTTGa < 2:3602460/88‑1 (MQ=255) aaTTAAATGAATACTAAAAACGATAAATAACATTTCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGATTTTAATTTGTTTAAAATCTTATCTTTTTGa < 2:95927/91‑1 (MQ=255) aaTTAAATGAATACTAAAAACGATAAATAACATTTCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGATTTTAATTTGTTTAAAATCTTATCTTTTTGa < 2:96033/91‑1 (MQ=255) ttAAATGAATACTAAAAACGATAAATAACATATCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGATTTTAATTTGTTTAAAATCTTATCTTTTTGaaa > 2:950515/1‑91 (MQ=255) tAAATGAATACTAAAAACGATAAATAACATATCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGATTTTAATTTGTTTAAAATCTTATCTTTTTGaaaa < 1:780588/91‑1 (MQ=255) tAAATGAATACTAAAAACGATAAATAACATATCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGATTTTAATTTGTTTAAAATCTTATCTTTTTGaaaa < 1:319269/91‑1 (MQ=255) aaTGAATACTAAAAACGATAAATAACATATCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGATTTTAATTTGTTTAAAATCTTATCTTTTTGAAAAAt < 2:3329966/91‑1 (MQ=255) aTGAATACTAAAAACGATAAATAACATATCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGATTTTAATTTGTTTAAAATCTTATCTTTTTGAAAAAtt < 2:3427880/91‑1 (MQ=255) tACTAAAAACGATAAATAACATATCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGATTTTAATTTGTTTAAAATCTTATCTTTTTGAAAAATTCGAtt < 2:2821093/91‑1 (MQ=255) aCTAAAAACGATAAATAACATATCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGATTTTAATTTGTTTAAAATCTTATCTTTTTGAAAAATTCGATTc < 1:1173233/91‑1 (MQ=255) cTAAAAACGATAAATAACATATCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGATTTTAATTTGTTTACAATCTTATCTTTTTGAAAAATTCGATTcc > 1:3115968/1‑91 (MQ=255) cTAAAAACGATAAATAACATATCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGATTTTAATTTGTTTAAAATCTTATCTTTTTGAAAAATTCGATTcc < 2:2283218/91‑1 (MQ=255) cTAAAAACGATAAATAACATATCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGATTTTAATTTGTTTAAAATCTTATCTTTTTGAAAAATTCGATTcc < 2:1263210/91‑1 (MQ=255) cTAAAAACGATAAATAACATATCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGATTTTAATTTGTTTAAAATCTTATCTTTATGAAAAATTCGATTcc < 2:1535139/91‑1 (MQ=255) tAAAAACGATAAATAACATATCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGATTTTAATTTGTTTAAAATCTTATCTTTTTGAAAAATTCGATTCCt > 2:2537638/1‑91 (MQ=255) tAAAAACGATAAATAACATATCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGATTTTAATTTGTTTAAAATCTTATCTTTTTGAAAAATTCGATTCCt > 2:1747020/1‑91 (MQ=255) aaaaaCGATAAATAACATATCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGATTTTAATTTGTTTAAAATCTTATCTTTTTGAAAAATTCGATTCCTa < 2:3264264/91‑1 (MQ=255) aaaaaCGATAAATAACATATCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGATTTTAATTTGTTTAAAATCTTATCTTTTTGAAAAATTCGATTCCTa < 2:2444726/91‑1 (MQ=255) aaaaaCGATAAATAACATATCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGATTTTAATTTGTTTAAAATCTTATCTTTTTGAAAAATTCGATTCCTa > 2:3566660/1‑91 (MQ=255) aaaCGATAAATAACATTTCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGATTTTAATTTGTTTAAAATCTTATCTTTTTGAAAAATTCGATTCCTAAt < 1:632964/91‑1 (MQ=255) aaaCGATAAATAACATATCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGATTTTAATTTGTTTAAAATCTTATCTTTTTGAAAAATTCGATTCCTAAt > 1:341031/1‑91 (MQ=255) aaaCGATAAATAACATATCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGATTTTAATTTGTTTAAAATCTTATCTTTTTGAAAAATTCGATTCCTAAt < 2:2144757/91‑1 (MQ=255) cGATAAATAACATATCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGATTTTAATTTGTTTAAAATCTTATCTTTTTGAAAAATTCGATTCCTAATGTc < 1:2135571/91‑1 (MQ=255) gATAAATAACATATCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGATTTTAATTTGTTTAAAATCTTATCTTTTTGAAAAATTCGATTCCTAATGTCt < 1:3422837/91‑1 (MQ=255) ataaataaCATATCCCAATTTGAATTTAGCCCTAGCGATTTTAATTTGTTTAAAATCTTATCTTTTTGAAAAATTCGATTCCTAATGTCtt > 2:2210491/1‑91 (MQ=255) taaataaCATATCCCAATTTGACTTCAGCCCTAGCGATTTTAATTTGTTTAAAATCTTATCTTTTTGAAAAATTCGATTCCTAATGTCTTg > 2:1211619/1‑91 (MQ=255) taaataaCATATCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGATTTTAATTTGTTTAAAATCTTATCTTTTTGAAAAATTCGATTCCTAATGTCTTg > 1:3036475/1‑91 (MQ=255) taaataaCATATCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGATTTTAATTTGTTTAAAATCTTATCTTTTTGAAAAATTCGATTCCTAATGTCTTg < 1:2010866/91‑1 (MQ=255) aataaCATTTCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGATTTTAATTTGTTTAAAATCTTATCTTTTTGAAAAATTCGATTCCTAATGTCTTGta < 2:632547/91‑1 (MQ=255) aataaCATTTCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGATTTTAATTTGTTTAAAATCTTATAATTATGAAAAATTCGATTCCTAATGTCTTGta < 2:2637081/91‑1 (MQ=255) aataaCATATCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGATTTTAATTTGTTTAAAATCTTATCTTTTTGAAAAATTCGATTCCTAATGTCTTGta > 1:1583547/1‑91 (MQ=255) aataaCATATCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGATTTTAATTTGTTTAAAATCTTATCTTTTTGAAAAATTCGATTCCTAATGTCTTGta > 2:723568/1‑91 (MQ=255) ataaCATTTCCCAATTTGAATTCCGCCCTAGCGATTTTAATTCGTTTAAAATCTTATCTTTTTGAAAAATTCGATTCCTAATGTCTTGtat > 2:3285555/1‑91 (MQ=255) ataaCATTTCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGATTTTAATTTGTTTAAAATCTTATCTTTTTGAAAAATTCGATTCCTAATGTCTTGtat < 1:1580042/91‑1 (MQ=255) taaCATATCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGATTTTAATTTGTTTAAAatct > 2:2039827/1‑53 (MQ=255) taaCATATCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGATTTTAATTTGTTTAAAatct < 1:2039827/53‑1 (MQ=255) taaCATATCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGATTTTAATTTGTTTAAAATCTTATATTAATGAAAAATTCGATTCCTAATGTCTTGtata < 2:544634/91‑1 (MQ=255) aCATATCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGATTTTAATTTGTTTAAAATCTTATCTTTTTGAAAAATTCGATTCCTAATGTCTTGTATATc < 1:1919698/91‑1 (MQ=255) cATATCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGATTTTAATTTGTTTAAAATCTTATCTTTTTGAAAAATTCGATTCCTAATGTCTTGTATATCg < 1:1715378/91‑1 (MQ=255) atCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGATTTTAATTTGTTTAAAATCTTATCTTTTTGAAAAATTCGATTCCTAATGTCTTGTATATCGTTa < 1:408142/91‑1 (MQ=255) atCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGATTTTAATTTGTTTAAAATCTTATCTTTTTGAAAAATTCGATTCCTAATGTCTTGTATATCGTTa < 1:667050/91‑1 (MQ=255) | CTCATCTTGATACATGAATGCCTCAATTTCATCATGTGATAACTTTTTCAAAATATCAATTAAATGAATACTAAAAACGATAAATAACATATCCCAATTTGAATTCAGCCCTAGCGATTTTAATTTGTTTAAAATCTTATCTTTTTGAAAAATTCGATTCCTAATGTCTTGTATATCGTTA > USA300TCH1516_ALE/1837870‑1838050 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |