| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,885,368 | G→A | 5.9% | intergenic (‑150/+176) | ebh_2 ← / ← moeZ_2 | Extracellular matrix‑binding protein ebh/putative adenylyltransferase/sulfurtransferase MoeZ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,885,368 | 0 | G | A | 5.9% | 835.2 / 26.0 | 253 | intergenic (‑150/+176) | ebh_2/moeZ_2 | Extracellular matrix‑binding protein ebh/putative adenylyltransferase/sulfurtransferase MoeZ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (114/124); new base A (6/9); total (120/133) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.04e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.51e-01 | |||||||||||
Only 100 of 258 total aligned reads displayed.
TACGCTCCCTCATATTATATTTATAGCTATATTATTTTGTACAATATTTTAAGTTCACTCAATTTTATCATCATCATTTTATAAAATAAAGTTTTATTTTATTACAATTTAGTTTCCGTTTTGTAATTAAAATCTTAATAAAACATAACAAGAACGCTTTAGATTGTTTTGTAACAGAAA > USA300TCH1516_ALE/1885278‑1885457 | taCGCTCCCTCATATTATATTTATAGCTATATTATTTTGTACAATATTTTAAGTTCACTCAATTTTATCATCATCATTTTATAAAATAAAg > 1:299503/1‑91 (MQ=255)taCGCTCCCTCATATTATATTTATAGCTATATTATTTTGTACAATATTTTAAGTTCACTCAATTTTATCATCATCATTTTATAAAATAAAg < 1:2413920/91‑1 (MQ=255)taCGCTCCCTCATATTATATTTATAGCTATATTATTTTGTACAATATTTTAAGTTCACTCAATTTTATCATCATCATTTTATAAAATAAAg > 1:1582948/1‑91 (MQ=255) aCGCTCCCTCATATTATATTTATAGCTATATTATTTTGTACAATATTTTAAGTTCACTCAATTTTATCATCATCATTTTATAAAATAAAGt < 2:2883306/91‑1 (MQ=255) aCGCTCCCTCATATTATATTTATAGCTATATTATTTTATACAATATTTTAAGTTCACTCAATTTTATCATCATCATTTTATAAAATAAAGt > 1:3266549/1‑91 (MQ=255) cGCTCCCTCATATTATCTTTATAGCTATATTATTTTGTACAATATTTTAAGTTCACTCAATTTTATCATCATCATTTTATAAAATAAAGtt < 2:3704050/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |