| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,909,134 | T→A | 7.6% | intergenic (‑200/‑60) | tal ← / → USA300HOU_RS09460 | Transaldolase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,909,134 | 0 | T | A | 7.6% | 756.7 / 40.8 | 233 | intergenic (‑200/‑60) | tal/USA300HOU_RS09460 | Transaldolase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (90/125); new base A (8/10); total (98/135) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.49e-01 | |||||||||||
Only 100 of 238 total aligned reads displayed.
ATATCACGCTTTTATAATATATAGCTAATTTTTTGCCTATATTTTTTAAAAATGACTTTAGCAAACATTGTGTCTACAAGTTAATAAAACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTCAAAAAAATACTTTTACTTA > USA300TCH1516_ALE/1909044‑1909223 | atatCACGCTTTTATAATATATAGCTAATTTTTTGCCTATATTTTTTAAACATGACTTTAGCAAACATTGTGTCTACAAGTTAATAAAACt < 2:3200208/91‑1 (MQ=255)atatCACGCTTTTATAATATATAGCTAATTTTTTGCCTATATTTTTTAAAAATGACTTTAGCAAACATTGTGTCTACAAGTTAATAAAACt > 1:3821573/1‑91 (MQ=255) tatCACGCTTTTATAATATATAGCTAATTTTTTGCCTATATTTTTTAAAAATGACTTTAGCAAACATTTTGTCTACAAGTTAATAAAACTa > 1:1595833/1‑91 (MQ=255) atCACGCTTTTATAATATATAGCTAATTTTTTGCCTATATTTTTTAAAAATGACTTTAGCAAACATTGTGTCTACAAGTTAATAAAACTAt > 2:2627119/1‑91 (MQ=255) aCGCTTTTATAATATATAGCTAATTTTTTGCCTATATTTTTTAAAAATGACTTTAGCAAACATTGTGTCTACAAGTTAATAAAACTATTGt > 2:3828899/1‑91 (MQ=255) aCGCTTTTATAATATATAGCTAATTTTTTGCCTATATTTTTTAAAAATGACTTTAGCAAACATTGTGTCTACAAGTTAATAAAACTATTGt < 1:389813/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |