| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 109,970 | T→C | 7.5% | intergenic (+49/‑172) | plc → / → USA300HOU_RS00515 | 1‑phosphatidylinositol phosphodiesterase/putative lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 109,970 | 0 | T | C | 7.5% | 709.6 / 33.9 | 226 | intergenic (+49/‑172) | plc/USA300HOU_RS00515 | 1‑phosphatidylinositol phosphodiesterase/putative lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (125/84); new base C (9/8); total (134/92) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.14e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.68e-01 | |||||||||||
Only 100 of 238 total aligned reads displayed.
TATGATGATATCGTAAGTGAAATTATAGATAGTAATAAATAAGGATTCAATAATGATATTAAGACGAGTA‑TGAAAATAGTTAGATTCTAATTATTTTCACTACTCGTTTTTATTTTGAAAATAAGTAATAATTCAACAATATTATAAATTGAACAGATTGTTTGTGAAATTTTTGATAAT > USA300TCH1516_ALE/109880‑110059 | tatGATGATATCGTAAGTGAAATTATAGATAGTAATAAATAAGGATTCAATAATGATATTAAGACGAGTA‑TGAAAATAGTTAGATTCTAat > 1:3044767/1‑91 (MQ=255)tatGATGATATCGTAAGTGAAATTATAGATAGTAATAAATAAGGATTCAATAATGATATTAAGACGAGTA‑TGAAAATAGTTAGATTCTAat < 2:1354152/91‑1 (MQ=255) atgatgATATCGTAAGTGAAATTATAGATAGTAATAAATAAGGATTCAATAATGATATTAAGACGAGTA‑TGAAAATAGTTAGATTCTAatt < 2:3135759/91‑1 (MQ=255) tgatgaTATCGTAAGTGAAATTATAGATAGTAATAAATAAGGATTCAATAATGATATTAAGACGAGTA‑TGAAAATAGTTAGATTCTAatta > 1:1476541/1‑91 (MQ=255) gatgatATCGTAAGTGAAATTATAGATAGTAATAAATAAGGATTCAATAATGATATTAAGACGAGTA‑TGAAAATAGTTAGATTCTAattat > 1:2252206/1‑91 (MQ=255) atatCGTAAGTGAAATTATAGATAGTAATAAATAAGGATTCAATAATGATATTAAGACGAGTA‑TGAAAATAGTTAGATTCTAATTATTTTc > 1:2185703/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |