| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,046,835 | A→T | 8.2% | intergenic (+43/+46) | putP → / ← USA300HOU_RS10335 | Sodium/proline symporter/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,046,835 | 0 | A | T | 8.2% | 808.7 / 48.1 | 243 | intergenic (+43/+46) | putP/USA300HOU_RS10335 | Sodium/proline symporter/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (106/117); new base T (4/16); total (110/133) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.93e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.54e-01 | |||||||||||
Only 100 of 259 total aligned reads displayed.
GTTGAAACTGACTTAAACAAAGTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCATCTTTTGT > USA300TCH1516_ALE/2046745‑2046925 | gttgAAACTGACTTAAACAAAGTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCaa < 2:3425102/91‑1 (MQ=255) tgAAACTGACTTAAACAAAGTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCaaaa > 1:1775130/1‑91 (MQ=255) aaaCTGACTTAAACAAAGTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAAtt > 1:3778827/1‑91 (MQ=255) aaaCTGACTTAAACAAAGTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAAtt < 1:271253/91‑1 (MQ=255) aaCTGACTTAAACAAAGTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTa > 1:947184/1‑91 (MQ=255) aaCTGACTTAAACAAAGTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTa > 1:388754/1‑91 (MQ=255) aCTGACTTAAACAAAGTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTAt < 2:1704945/91‑1 (MQ=255) tGACTTAAACAAAGTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGa < 1:3013220/91‑1 (MQ=255) gACTTAAACAAAGTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGAc > 2:1817824/1‑91 (MQ=255) aCTTAAACAAAGTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAGAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACt < 2:3385305/91‑1 (MQ=255) cTTAAACAAAGTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCaaa < 2:1357337/81‑1 (MQ=255) cTTAAACAAAGTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACCAATGTTAGTCATAATTTTGatta < 2:1260012/91‑4 (MQ=25) tAAACAAAGTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAAc > 2:1785495/1‑91 (MQ=255) tAAACAAAGTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAAc > 1:412116/1‑91 (MQ=255) aaCAAAGTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACAt < 1:1563623/91‑1 (MQ=255) cAAAGTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTg < 2:196068/91‑1 (MQ=255) aaaGTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTgg < 2:1622239/91‑1 (MQ=255) gTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTAc > 2:2890847/1‑91 (MQ=255) gTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTAc > 2:800317/1‑91 (MQ=255) gTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTAc > 1:1747935/1‑91 (MQ=255) gTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACCAATGTTAGTCATAATTTTGATTAACATTAGTAc < 1:1184356/91‑1 (MQ=18) tCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTAAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCt < 2:2782848/91‑1 (MQ=255) cGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCtt > 1:511310/1‑91 (MQ=255) cGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCtt > 2:3115126/1‑91 (MQ=255) cGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACCAATGTTAGTCATAATTTTGATTAACATTAGAACCtt < 2:2610680/91‑1 (MQ=17) cGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGGCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTAGGACTAACATTGGTACCtt < 1:2907645/91‑1 (MQ=255) gTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCttt > 1:2741236/1‑91 (MQ=255) tGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCtttt < 2:3174397/91‑1 (MQ=255) tGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCtttt > 1:1357395/1‑91 (MQ=255) tGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCtttt < 2:3509667/91‑1 (MQ=255) tGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACCAATGTTAGTCATAATTTTGATTAACATTAGTACCtttt < 2:395234/91‑1 (MQ=17) gACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCtt < 1:1114422/88‑1 (MQ=255) gACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCtt > 2:1114422/1‑88 (MQ=255) gACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCgtttt > 1:3233989/1‑91 (MQ=255) gACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCatttt > 1:3233963/1‑91 (MQ=255) aTCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACCAATGTTAGTCATAATTTTGATTAACATTAGTACCTTTttaat < 1:2083860/91‑3 (MQ=14) tCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTttatta < 1:1338966/91‑1 (MQ=255) gTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATc < 2:3120961/91‑1 (MQ=255) ttAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCt > 1:2552767/1‑91 (MQ=255) ttAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCt < 2:1675398/91‑1 (MQ=255) tAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCtt > 1:154778/1‑91 (MQ=255) tAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCtt < 2:511310/91‑1 (MQ=255) agagACAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCttt < 2:3149901/91‑1 (MQ=255) agagAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTGATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTCCCTTTTTATTATCttt > 2:2985238/1‑91 (MQ=255) agagAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCttt < 2:2333498/91‑1 (MQ=255) gagaAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTa < 2:3719949/91‑1 (MQ=255) aaaaTAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAAttt < 2:1879569/91‑1 (MQ=255) aaaTAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTa > 1:1006840/1‑91 (MQ=255) aataatTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTAc > 2:3007283/1‑91 (MQ=255) aataatTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTAc < 2:3494492/91‑1 (MQ=255) taatTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACaa < 1:294937/91‑1 (MQ=255) atTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACaatt > 2:2143768/1‑91 (MQ=255) atTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACaatt > 2:2120796/1‑91 (MQ=255) tAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAattaatta > 2:3797241/1‑91 (MQ=255) cTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTa > 1:2010424/1‑91 (MQ=255) tAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTaaa < 2:2656196/91‑1 (MQ=255) aaCAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAat > 2:2244278/1‑91 (MQ=255) aaCAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAat < 2:2033586/91‑1 (MQ=255) aaCAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAat > 2:3544993/1‑91 (MQ=255) aaCAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAat > 2:578618/1‑91 (MQ=255) aaCAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAat < 2:810061/91‑1 (MQ=255) aaCAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAat > 1:2679638/1‑91 (MQ=255) aCAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAata < 2:1634548/91‑1 (MQ=255) aCAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAata > 1:126938/1‑91 (MQ=255) cAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAatat > 2:2383093/1‑91 (MQ=255) taatAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGa < 1:2179153/88‑1 (MQ=255) aTTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGaa > 1:2587276/1‑91 (MQ=255) aTTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGaa > 2:3275611/1‑91 (MQ=255) atAAAAAGGTACCAATGTTAGTCATAATTTTGATTAACATTAGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAAc > 1:2269989/2‑91 (MQ=14) tAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACt < 2:2965274/91‑1 (MQ=255) tAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACt < 2:3649079/91‑1 (MQ=255) tAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACt > 2:568209/1‑91 (MQ=255) tAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACt < 1:1008625/91‑1 (MQ=255) aaaaGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTg > 1:182041/1‑91 (MQ=255) aaaaGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTg < 1:2187009/91‑1 (MQ=255) aaaaGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTg < 1:2383093/91‑1 (MQ=255) aaaaGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTg < 1:1692245/91‑1 (MQ=255) aGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCgg < 1:3665766/91‑1 (MQ=255) aGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCgg < 2:1425170/91‑1 (MQ=255) gTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACACTTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGtt > 1:1919626/1‑91 (MQ=255) gTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGtt > 2:1441971/1‑91 (MQ=255) tACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTc < 1:53503/91‑1 (MQ=255) tACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTc < 2:3090626/91‑1 (MQ=255) aaTGTTAGTCATAATTTTGATTAACATTAGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTg > 1:2652425/1‑91 (MQ=21) aaTGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTg < 2:3213664/91‑1 (MQ=255) aaTGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTg > 1:3342286/1‑91 (MQ=255) aTGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGt < 1:1865892/91‑1 (MQ=255) tGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTc < 1:837702/91‑1 (MQ=255) tGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTc < 2:1199890/91‑1 (MQ=255) gTTAGTCATAATTTTGATTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCa > 2:683901/1‑91 (MQ=37) gTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCa > 2:2550297/1‑91 (MQ=255) gTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCa < 2:1009059/91‑1 (MQ=255) ttAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCAt > 1:2316697/1‑91 (MQ=255) aaTCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCATCt > 2:383948/1‑91 (MQ=255) aaTCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCATCt < 2:170775/91‑1 (MQ=255) tCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCATCttt < 1:3457701/91‑1 (MQ=255) tCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCATCttt > 1:80969/1‑91 (MQ=255) aaaaTTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCATCTTTTg < 2:2577477/91‑1 (MQ=255) aaaTTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCATCTTTTGt < 1:727288/91‑1 (MQ=255) aaaTTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCATCTTTTGt < 1:727547/91‑1 (MQ=255) | GTTGAAACTGACTTAAACAAAGTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCATCTTTTGT > USA300TCH1516_ALE/2046745‑2046925 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |