| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,046,840 | A→T | 8.1% | intergenic (+48/+41) | putP → / ← USA300HOU_RS10335 | Sodium/proline symporter/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,046,840 | 0 | A | T | 8.1% | 825.5 / 47.0 | 249 | intergenic (+48/+41) | putP/USA300HOU_RS10335 | Sodium/proline symporter/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (105/123); new base T (4/16); total (110/139) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.28e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.66e-01 | |||||||||||
Only 100 of 255 total aligned reads displayed.
AACTGACTTAAACAAAGTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCATCTTTTGTCTTAC > USA300TCH1516_ALE/2046750‑2046930 | aaCTGACTTAAACAAAGTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTa > 1:955623/1‑91 (MQ=255) aCTGACTTAAACAAAGTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTAt < 2:1704945/91‑1 (MQ=255) gACTTAAACAAAGTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGAc > 2:1817824/1‑91 (MQ=255) cTTAAACAAAGTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTa > 2:3308807/1‑91 (MQ=255) ttAAACAAAGTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTaa > 1:401658/1‑91 (MQ=255) tAAACAAAGTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAAc > 1:412116/1‑91 (MQ=255) tAAACAAAGTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAAc > 2:1785495/1‑91 (MQ=255) aaaCAAAGTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACCAATGTTAGTCATAATTTTGATTAACa < 2:1232638/91‑1 (MQ=21) aaCAAAGTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACAt < 1:1563623/91‑1 (MQ=255) cAAAGTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTg < 1:664865/91‑1 (MQ=255) cAAAGCTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACCAATGTTAGTCATAATTTTGATTAACAtta < 2:3139917/91‑2 (MQ=18) aaaGTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTgg < 2:3185277/91‑1 (MQ=255) aaaGTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTgg < 2:1622658/91‑1 (MQ=255) aaaGTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACCAATGTTAGTCATAATTTTGATTAACAttag < 1:3370507/91‑3 (MQ=21) gTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTAc < 2:2596921/91‑1 (MQ=255) gTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTAc > 1:1747935/1‑91 (MQ=255) gTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTAc > 2:800317/1‑91 (MQ=255) gTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACCAATGTTAGTCATAATTTTGATTAACATTAGTAc < 1:1184356/91‑1 (MQ=18) ttCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACCAATGTTAGTCATAATTTTGATTAACATTAGTAcc < 2:383531/91‑1 (MQ=18) tCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCt > 2:1436360/1‑91 (MQ=255) cGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCtt > 1:511310/1‑91 (MQ=255) cGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCtt < 2:1588390/91‑1 (MQ=255) cGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCtt < 1:2909892/91‑1 (MQ=255) cGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCtt > 2:3115126/1‑91 (MQ=255) gTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCttt > 2:3234538/1‑91 (MQ=255) gTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCttt > 1:2741236/1‑91 (MQ=255) tGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCtttt > 1:1357395/1‑91 (MQ=255) tGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCtttt < 2:1635644/91‑1 (MQ=255) tGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCtttt < 2:3509667/91‑1 (MQ=255) gACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCttttt > 1:1675398/1‑91 (MQ=255) gACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCttttt > 1:1880368/1‑91 (MQ=255) gACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCtt < 1:1114422/88‑1 (MQ=255) gACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCgtttt > 1:3233989/1‑91 (MQ=255) aTCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACCAATGTTAGTCATAATTTTGATTAACATTAGTACCTTTttaat < 1:2083860/91‑3 (MQ=14) gTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATc < 1:3188597/91‑1 (MQ=255) gTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATc < 2:2768233/91‑1 (MQ=255) tAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCtt < 2:512751/91‑1 (MQ=255) tAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAACTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTACCATTGGTACCTATTTATTATCtt > 2:2967762/1‑91 (MQ=255) agagACAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCttt < 2:3149916/91‑1 (MQ=255) agagAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCttt < 2:2333498/91‑1 (MQ=255) gagaAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTa < 2:196079/91‑1 (MQ=255) gagaAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTa < 2:3058558/91‑1 (MQ=255) gagaAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTa > 2:3109219/1‑91 (MQ=255) aatataatTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAAttt < 2:3549455/88‑1 (MQ=255) aaaaTAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAAttt < 2:1879569/91‑1 (MQ=255) aaaTAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTa > 1:1006840/1‑91 (MQ=255) aataatTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTAc < 1:2578074/91‑1 (MQ=255) ataatTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACa > 2:1140418/1‑91 (MQ=255) taatTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACaa < 2:3500692/91‑1 (MQ=255) aatTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACaat > 2:2938493/1‑91 (MQ=255) atTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACaatt > 2:3784306/1‑91 (MQ=255) atTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACaatt < 2:665273/91‑1 (MQ=255) atTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACaatt > 2:2120796/1‑91 (MQ=255) atTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACaatt < 1:824255/91‑1 (MQ=255) atTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACaatt > 2:2143768/1‑91 (MQ=255) aTAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACaattaatt < 1:2032708/91‑1 (MQ=255) aTAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACaattaatt < 1:1787116/91‑1 (MQ=255) ttAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTaa > 2:1370349/1‑91 (MQ=255) aaCAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAat > 2:578618/1‑91 (MQ=255) aaCAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAat > 2:2244278/1‑91 (MQ=255) aaCAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAat < 2:810061/91‑1 (MQ=255) aaCAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAat < 2:2033586/91‑1 (MQ=255) aaCAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAat < 1:899782/91‑1 (MQ=255) aaCAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAat > 1:2680143/1‑91 (MQ=255) aaCAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATGATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAat < 1:3775215/91‑1 (MQ=255) aCAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAata > 1:126938/1‑91 (MQ=255) cAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAATATTGGTACATTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAatat < 2:3400497/91‑1 (MQ=255) cAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAatat > 2:2383093/1‑91 (MQ=255) taatAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGa < 1:2179153/88‑1 (MQ=255) aTTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGaa > 1:2587276/1‑91 (MQ=255) aTTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGaa > 2:2993299/1‑91 (MQ=255) atAAAAAGGTACCAATGTTAGTCATAATTTTGATTAACATTAGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAAc > 1:2269989/2‑91 (MQ=14) tAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACt < 1:1008625/91‑1 (MQ=255) tAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACt < 2:3649079/91‑1 (MQ=255) tAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACt < 2:1686253/91‑1 (MQ=255) aaaaGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTg > 1:182041/1‑91 (MQ=255) aaaaGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTg < 1:2383093/91‑1 (MQ=255) aaaaGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTg < 1:2187009/91‑1 (MQ=255) aaaGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGc > 1:153548/1‑91 (MQ=255) aaGTTACTATTGTAAATCAAAATTATGACTAACATTTGTCCCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCg < 2:498230/91‑1 (MQ=255) aaGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCg < 2:2477215/91‑1 (MQ=255) aGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCgg < 1:3665766/91‑1 (MQ=255) aGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCgg > 2:2642274/1‑91 (MQ=255) gTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACACTTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGtt > 1:1919626/1‑91 (MQ=255) tACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTc < 2:1087455/91‑1 (MQ=255) tAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCttt < 2:2849909/91‑1 (MQ=255) aaTGTTAGTCATAATTTTGATTAACATTAGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTg > 1:2652470/1‑91 (MQ=21) aaTGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTg < 1:75944/91‑1 (MQ=255) aaTGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTg > 1:3340393/1‑91 (MQ=255) aTGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGt < 1:3007283/91‑1 (MQ=255) gTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCa > 1:2896790/1‑91 (MQ=255) ttAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCAt > 1:2323830/1‑91 (MQ=255) gtCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCATCtt < 2:3841733/90‑1 (MQ=255) tCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCATCttt < 1:3457701/91‑1 (MQ=255) aaaaTTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCATCTTTTg < 2:2577477/91‑1 (MQ=255) aaaTTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCATCTTTTGt < 1:727288/91‑1 (MQ=255) aaTTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCATCTTTTGTc > 2:728448/1‑91 (MQ=255) aTTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCATCTTTTGTCt < 1:1331790/91‑1 (MQ=255) aTTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCATCGTTTGTCt > 2:3440313/1‑91 (MQ=255) tATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCATCTTTTGTCTTa < 2:1312409/91‑1 (MQ=255) | AACTGACTTAAACAAAGTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCATCTTTTGTCTTAC > USA300TCH1516_ALE/2046750‑2046930 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |