| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,046,844 | C→T | 7.5% | intergenic (+52/+37) | putP → / ← USA300HOU_RS10335 | Sodium/proline symporter/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,046,844 | 0 | C | T | 7.5% | 829.6 / 36.6 | 254 | intergenic (+52/+37) | putP/USA300HOU_RS10335 | Sodium/proline symporter/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (113/122); new base T (4/15); total (117/137) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.99e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.43e-01 | |||||||||||
Only 100 of 257 total aligned reads displayed.
GACTTAAACAAAGTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCATCTTTTGTCTTACTAAT > USA300TCH1516_ALE/2046754‑2046934 | gACTTAAACAAAGTCCGCGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTCTGAc > 1:2757215/1‑91 (MQ=255) aCTTAAACAAAGTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAGAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACt < 2:3385305/91‑1 (MQ=255) cTTAAACAAAGTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTa > 2:3308807/1‑91 (MQ=255) ttAAACAAAGTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCCTAAGTCTTATCAAATTAAAAAGGTACCAATGTTAGTCATAATTTTGATTaa < 2:1830405/91‑1 (MQ=21) ttAAACAAAGTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTaa > 1:2720771/1‑91 (MQ=255) tAAACAAAGTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAAc > 2:1785495/1‑91 (MQ=255) tAAACAAAGTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAAc > 1:414846/1‑91 (MQ=255) aaaCAAAGTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACa > 1:1131098/1‑91 (MQ=255) aaCAAAGTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACAt < 1:1563623/91‑1 (MQ=255) cAAAGTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTg < 1:664865/91‑1 (MQ=255) cAAAGCTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACCAATGTTAGTCATAATTTTGATTAACAtta < 2:3139917/91‑2 (MQ=18) aaaGTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTgg < 2:1622228/91‑1 (MQ=255) aaaGTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTgg < 2:3185277/91‑1 (MQ=255) aaaGTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTgg < 2:1622658/91‑1 (MQ=255) aaaGTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACCAATGTTAGTCATAATTTTGATTAACAttag < 1:3370507/91‑3 (MQ=21) aaGTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGt < 1:3463044/91‑1 (MQ=255) gTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTAc > 1:1748092/1‑91 (MQ=255) gTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTAc > 1:1747935/1‑91 (MQ=255) gTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTAc > 2:800317/1‑91 (MQ=255) gTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTAc < 1:1407975/91‑1 (MQ=255) gTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTAc > 2:2890847/1‑91 (MQ=255) ttCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTAcc > 1:1304927/1‑91 (MQ=255) tCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCt > 2:1436360/1‑91 (MQ=255) tCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCt < 1:1253742/91‑1 (MQ=255) cGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCtt > 2:3115126/1‑91 (MQ=255) cGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCtt > 1:512751/1‑91 (MQ=255) cGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACCAATGTTAGTCATAATTTTGATTAACATTAGAACCtt < 2:2610680/91‑1 (MQ=17) cGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGGCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTAGGACTAACATTGGTACCtt < 1:2907645/91‑1 (MQ=255) tGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCtttt < 2:3509667/91‑1 (MQ=255) gACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCgtttt > 1:3233989/1‑91 (MQ=255) gACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCatttt > 1:3233963/1‑91 (MQ=255) aCATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACCAATGTTAGTCATAATTTTGATTAACATTAGTACCTTTtta < 1:3840413/91‑1 (MQ=17) aTCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACCAATGTTAGTCATAATTTTGATTAACATTAGTACCTTTttaat < 1:2083860/91‑3 (MQ=14) tCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTttatta < 1:1338966/91‑1 (MQ=255) gTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATc < 2:1403971/91‑1 (MQ=255) tAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCtt < 2:512751/91‑1 (MQ=255) tAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAACTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTACCATTGGTACCTATTTATTATCtt > 2:2967762/1‑91 (MQ=255) agagACAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCttt < 2:3149901/91‑1 (MQ=255) agagAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTGATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTCCCTTTTTATTATCttt > 2:2985238/1‑91 (MQ=255) agagAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCCTTTTATTATCttt < 2:2333513/91‑1 (MQ=255) gagaAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTa < 2:196079/91‑1 (MQ=255) gagaAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTa < 2:3058558/91‑1 (MQ=255) aatataatTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAAttt < 2:3549455/88‑1 (MQ=255) aaaaTAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAAttt < 2:1879569/91‑1 (MQ=255) aaaTAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTa > 1:1006840/1‑91 (MQ=255) aataatTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTAc < 1:2578074/91‑1 (MQ=255) ataatTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACa > 2:1140418/1‑91 (MQ=255) taatTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACaa < 2:3500692/91‑1 (MQ=255) taatTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACaa < 1:294937/91‑1 (MQ=255) atTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACaatt > 2:2143768/1‑91 (MQ=255) atTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACaatt > 2:2120796/1‑91 (MQ=255) atTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACaatt < 2:665273/91‑1 (MQ=255) atTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACaatt > 2:3784306/1‑91 (MQ=255) tCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTaa < 1:3115777/80‑1 (MQ=255) aTAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACaattaatt < 1:2032708/91‑1 (MQ=255) aaGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTAc > 2:1661476/1‑91 (MQ=255) cTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTa < 1:981066/91‑1 (MQ=255) aaCAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAat > 2:2244278/1‑91 (MQ=255) aaCAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAat < 2:2033586/91‑1 (MQ=255) aaCAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAat < 2:810061/91‑1 (MQ=255) aaCAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAat > 2:578618/1‑91 (MQ=255) aaCAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAat > 1:2680143/1‑91 (MQ=255) cAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAatat > 2:2383093/1‑91 (MQ=255) taatAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGa < 1:2179153/88‑1 (MQ=255) aTTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAat > 1:408163/1‑86 (MQ=255) aTTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGaa > 1:2587276/1‑91 (MQ=255) atAAAAAGGTACCAATGTTAGTCATAATTTTGATTAACATTAGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAAc > 1:2269989/2‑91 (MQ=14) tAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACt < 2:3649079/91‑1 (MQ=255) tAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACt < 1:1008625/91‑1 (MQ=255) tAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACt < 2:1686253/91‑1 (MQ=255) aaaaGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTg < 1:1692245/91‑1 (MQ=255) aaaaGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTg > 1:182041/1‑91 (MQ=255) aaaaGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTg < 2:1341423/91‑1 (MQ=255) aaaaGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTg < 1:2187009/91‑1 (MQ=255) aaaaGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTg < 1:2383093/91‑1 (MQ=255) aaaGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAGCATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGc > 2:3804125/1‑91 (MQ=255) aaaGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGc > 1:153548/1‑91 (MQ=255) aaGTTACTATTGTAAATCAAAATTATGACTAACATTTGTCCCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCg < 2:498230/91‑1 (MQ=255) ggTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGt > 1:3732903/1‑91 (MQ=255) gTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACACTTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGtt > 1:1919626/1‑91 (MQ=255) tACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTc < 2:3090626/91‑1 (MQ=255) tAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCttt < 2:2849909/91‑1 (MQ=255) aaTGTTAGTCATAATTTTGATTAACATTAGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTg > 1:2652470/1‑91 (MQ=21) aaTGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTg > 1:3342286/1‑91 (MQ=255) aaTGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTg < 2:3213664/91‑1 (MQ=255) aaTGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTg > 2:2763725/1‑91 (MQ=255) aTGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGt < 1:1865892/91‑1 (MQ=255) tGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTc < 1:837702/91‑1 (MQ=255) tGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTc < 2:1199890/91‑1 (MQ=255) gTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCa < 2:1009059/91‑1 (MQ=255) gTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCa > 2:2550297/1‑91 (MQ=255) ttAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCAt > 1:2316697/1‑91 (MQ=255) gtCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCATCtt < 2:3841733/90‑1 (MQ=255) tCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCATCttt > 1:80969/1‑91 (MQ=255) aaaaTTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCATCTTTTg < 2:2577477/91‑1 (MQ=255) aaaTTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCATCTTTTGt < 1:727351/91‑1 (MQ=255) aaTTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCATCTTTTGTc > 2:728448/1‑91 (MQ=255) aTTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCATCGTTTGTCt > 2:3440313/1‑91 (MQ=255) tGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCATCTTTTGTCTTACt > 1:1737438/1‑91 (MQ=255) aCTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCATCTTTTGTCTTACTaa > 2:2625019/1‑91 (MQ=255) | GACTTAAACAAAGTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCATCTTTTGTCTTACTAAT > USA300TCH1516_ALE/2046754‑2046934 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |