Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 2,077,620 | T→G | 6.5% | L174L (CTA→CTC) | yxlF_3 ← | putative ABC transporter ATP‑binding protein YxlF |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 2,077,620 | 0 | T | G | 6.5% | 725.4 / 35.0 | 215 | L174L (CTA→CTC) | yxlF_3 | putative ABC transporter ATP‑binding protein YxlF |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (95/106); new base G (7/7); total (102/113) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.11e-01 |
Only 100 of 225 total aligned reads displayed.
CATGTTTACATCTTGAACAAAATGTCCGTCTCTTAAAAATACAGCTCTATCACAAATTAATTCAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGTTCATTTACTAAAGACTTAATTGTAGTCAGCACATCAATTGAGCCATCTGGATCCATACCATTTGTAGGCTCA > USA300TCH1516_ALE/2077530‑2077710 | cATGTTTACATCTTGAACAAAATGTCCGTCTCTTAAAAATACAGCTCTATCACAAATTAATTCAATATCTTCTAACTTATGACTTGATAtt < 1:2316943/91‑1 (MQ=255) cATGTTTACATCTTGAACAAAATGTCCGTCTCTTAAAAATACAGCTCTATCACAAATTAATTCAATATCTTCTAACTTATGACTTGATAtt < 1:3380343/91‑1 (MQ=255) tGTTTACATCTTGAACAAAATGTCCGTCTCTTAAAAATACAGCTCTATCACAAATTAATTCAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATTAg < 1:2718899/91‑1 (MQ=255) tGTTTACATCTTGAACAAAATGTCCGTCTCTTAAAAATACAGCTCTATCACAAATTAATTCAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATTAg < 1:2403475/91‑1 (MQ=255) tGTTTACATCTTGAACAAAATGTCCGTCTCTTAAAAATACAGCTCTATCACAAATTAATTCAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATTAg < 2:3455939/91‑1 (MQ=255) tttACATCTTGAACAAAATGTCCGTCTCTTAAAAATACAGCTCTATCACAAATTAATTCAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATTAGaa < 1:3784245/91‑1 (MQ=255) ttACATCTTGAACAAAATGTCCGTCTCTTAAAAATACAGCTCTATCACAAATTAATTCAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATTAGAAt < 2:137000/91‑1 (MQ=255) aCATCTTGAACAAAATGTCCGTCTCTTAAAAATACAGCTCTATCACAAATTAATTCAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATTAGAATtc > 1:2010473/1‑91 (MQ=255) cATCTTGAACAAAATGTCCGTCTCTTAAAAATACAGCTCTATCAGAAATTAATTCAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATTAGAATtct < 1:3082662/91‑1 (MQ=255) cATCTTGAACAAAATGTCCGTCTCTTAAAAATACAGCTCTATCACAAATCAATTCAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATTAGAATtct > 2:2762875/1‑91 (MQ=255) tGAACAAAATGTCCGTCTCTTAAAAATACAGCTCTATCACAAATTAATTCAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATTAGAATTCTCatat > 1:524316/1‑91 (MQ=255) tGAACAAAATGTCCGTCTCTTAAAAATACAGCTCTATCACAAATTAATTCAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATTAGAATTCTCatat > 2:864637/1‑91 (MQ=255) gAACAAAATGTCCGTCTCTTAAAAATACAGCTCTATCACAAATTAATTCAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATTAGAATTCTCATATc < 2:1180336/91‑1 (MQ=255) aaCAAAATGTCCGTCTCTTAAAAATACAGCTCTATCACAAATTAATTCAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATTAGAATTCTCATATCa < 1:1559313/91‑1 (MQ=255) aCAAAATGTCCGTCTCTTAAAAATACAGCTCTATCACAAATTAATTCAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATTAGAATTCTCATATCaa > 1:1975128/1‑91 (MQ=255) aCAAAATGTCCGTCTCTTAAAAATACAGCTCTATCACAAATTAATTCAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATTAGAATGCTCATATCaa < 2:3527672/91‑1 (MQ=255) aCAAAATGTCCGTCTCTTAAAAATACAGCTCTATCACAAATTAATTCAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATGAGAATTCTAATATCaa < 2:2644114/91‑1 (MQ=255) aCAAAATGTCCGTCTCTTAAAAATACAGCTCTATCACAAATTAATTCAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATGAGAATTCTAATATCaa < 2:1053748/91‑1 (MQ=255) cAAAATGTCCGTCTCTTAAAAATACAGCTCTATCACAAATTAATTCAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATTAGAATTCTCATATCAAg < 1:209894/91‑1 (MQ=255) aaaaTGTCCGTCTCTTAAAAATACAGCTCTATCACAAATTAATTCAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATGAGAATTCTAATATCAAGt < 1:2834740/91‑1 (MQ=255) aaaTGTCCGTCTCTTAAAAATACAGCTCTATCACAAATTAATTCAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGtt < 1:3240421/91‑1 (MQ=255) aaaTGTCCGTCTCTTAAAAATACAGCTCTATCACAAATTAATTCAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGtt > 1:1236689/1‑91 (MQ=255) aaaTGTCCGTCTCTTAAAAATACAGCTCTATCACAAATTAATTCAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGtt > 2:663777/1‑91 (MQ=255) aTGTCCGTCTCTTAAAAATACAGCTCTATCACAAATTAATTCAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGTTCa < 2:3213998/91‑1 (MQ=255) aTGTCCGTCTCTTAAAAATACAGCTCTATCACAAATTAATTCAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGTTCa < 2:3330147/91‑1 (MQ=255) aTGTCCGTCTCTTAAAAATACAGCTCTATCACAAATTAATTCAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATGAGAATTCTAATATc > 1:3524843/1‑84 (MQ=255) aTGTCCGTCTCTTAAAAATACAGCTCTATCACAAATTAATTCAAGATCTTCTAACTTATGACTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGTTCa < 1:3077443/91‑1 (MQ=255) tGTCCGTCTCTTAAAAATACAGCTCTATCACAAATTAATTCAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGTTCAt < 1:514361/91‑1 (MQ=255) tGTCCGTCTCTTAAAAATACAGCTCTATCACAAATTAATTCAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGTTCAt > 2:3016798/1‑91 (MQ=255) tCCGTCTCTTAAAAATACAGCTCTATCACAAATTAATTCAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGTTCAttt > 2:3049949/1‑91 (MQ=255) ccGTCTCTTAAAAATACAGCTCTATCACAAATTAATTCAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGTTCATTTa < 2:1601764/91‑1 (MQ=255) cGTCTCTTAAAAATACAGCTCTATCACAAATTAATTCAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGTTCATTTAc > 1:1379041/1‑91 (MQ=255) cGTCTCTTAAAAATACAGCTCTATCACAAATTAATTCAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGTTCATTTAc > 2:896794/1‑91 (MQ=255) cGTCTCTTAAAAATACAGCTCTATCACAAATTAATTCAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGTTCATTTAc > 1:1378946/1‑91 (MQ=255) cGTCTCTTAAAAATACAGCTCTATCACAAATTAATTCAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGTTCATTTAc > 1:1378977/1‑91 (MQ=255) gTCTCTTAAAAATACAGCTCTATCACAAATTAATTCAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGTTCATTTACt < 2:3729282/91‑1 (MQ=255) gTCTCTTAAAAATACAGCTCTATCACAAATTAATTCAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGTTCATTTACt < 2:229487/91‑1 (MQ=255) gTCTCTTAAAAATACAGCTCTATCACAAATTAATTCAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGTTCATTTACt > 1:1997816/1‑91 (MQ=255) tctcTTAAAAATACAGCTCTATCACAAATTAATTCAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGTTCATTTACTa < 2:1497012/91‑1 (MQ=255) tctTAAAAATACAGCTCTATCACAAATTAATTCAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGTTCATTTACTaaa < 2:826652/91‑1 (MQ=255) tctTAAAAATACAGCTCTATCACAAATTAATTCAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGTTCATTTACTaaa < 2:2241165/91‑1 (MQ=255) tctTAAAAATACAGCTCTATCACAAATTAATTCAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGTTCATTTACTaaa > 1:1470116/1‑91 (MQ=255) ctTAAAAATACAGCTCTATCACAAATTAATTCAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGTTCATTTACTAAAg < 1:3765624/91‑1 (MQ=255) ctTAAAAATACAGCTCTATCACAAATTAATTCAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGTTCATTTACTAAAg < 1:544587/91‑1 (MQ=255) ctTAAAAATACAGCTCTATCACAAATTAATTCAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGTGCATTTACTAAAg > 2:3219500/1‑91 (MQ=255) ttAAAAATACAGCTCTATCACAAATTAATTCAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGTTCATTTACTAAAGa < 1:1529108/91‑1 (MQ=255) aaaaTACAGCTCTATCACAAATTAATTCAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGTTCATTTACTAAAGACtt < 1:654512/91‑1 (MQ=255) aTACAGCTCTATCACAAATTAATTCAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGTTCATTTACTAAAGACTTAAt < 2:2316602/91‑1 (MQ=255) aCAGCTCTATCACAAATTAATTCAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATTAg < 2:334313/53‑1 (MQ=255) aCAGCTCTATCACAAATTAATTCAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATTAg > 1:334313/1‑53 (MQ=255) cAGCTCTATCACAAATTAATTCAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGTTCATTTACTAAAGACTTAATTGt > 2:2467393/1‑91 (MQ=255) gCTCTATCACAAATTAATTCAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGTTCATTTACTAAAGACTTAATTGTAg < 2:1756498/91‑1 (MQ=255) gCTCTATCACAAATTAATTCAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGTTCATTTACTAAAGACTTAATTGTAg < 1:1143920/91‑1 (MQ=255) aTCACAAATTAATTCAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGTTCATTTACTAAAGACTTAATTGTAGTCAGc < 1:2495812/91‑1 (MQ=255) aTCACAAATTAATTCAATATCTTCTAACTTATGACTGGATATTAGAATTCTCATATCAAGTTCATTTACTAAAGACTTAATTGTAGTCAGc < 2:3508583/91‑1 (MQ=255) acaAATTAATTCAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGTTCATTTACTAAAGACTTAATTGTAGTCAGcaca > 1:3650970/1‑91 (MQ=255) acaAATTAATTCAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGTTCATTTACTAAAGACTTAATTGTAGTCAGcaca > 1:979610/1‑91 (MQ=255) aaaTTAATTCAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGTTCATTTACTAAAGACTTAATTGTAGTCAGCACATc > 1:1103196/1‑91 (MQ=255) attaattCAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGTTCATTTACTAAAGACTTAATTGTAGTCAGCACATCaa < 1:956966/91‑1 (MQ=255) aattCAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGTTCATTTACTAAAGACTTAATTGTAGTCAGCACATCAATTg < 1:2650317/91‑1 (MQ=255) aattCAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGTTCATTTACTAAAGACTTAATTGTAGTCAGCACATCAATTg > 1:3845417/1‑91 (MQ=255) aattCAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGTTCATTTACTAAAGACTTAATTGTAGTCAGCACATCAATTg < 2:1434249/91‑1 (MQ=255) aattCAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGTTCATTTACTAAAGACTTAATTGTAGTCAGCACATCAATTg > 2:1212451/1‑91 (MQ=255) ttCAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGTTCATTTACTAAAGACTTAATTGTAGTCAGCACATCAATTGAg > 2:3321600/1‑91 (MQ=255) tCAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGTTCATTTACTAAAGACTTAATTGTAGTCAGCACATCAATTGAGc < 2:1827382/91‑1 (MQ=255) tCAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGTTCATTTACTAAAGACTTAATTGTAGTCAGCACATCAATTGAGc > 2:1526122/1‑91 (MQ=255) tCAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGTTCATTTACTAAAGACTTAATTGTAGTCAGCACATCAATTGAGc < 2:2354099/91‑1 (MQ=255) tCAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGTTCATTTACTAAAGACTTAATTGTAGTCAGCACATCAATTGAGc > 1:3882604/1‑91 (MQ=255) cAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGTTCATTTACTAAAGACTTAATTGTAGTCAGCACATCAATTGAGcc > 2:1140209/1‑91 (MQ=255) cAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGTTCATTTACTAAAGACTTAATTGTAGTCAGCACATCAATTGAGcc > 1:3174164/1‑91 (MQ=255) cAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGTTCATTTACTAAAGACTTAATTGTAGTCAGCACATCAATTGAGcc < 2:1293472/91‑1 (MQ=255) aaTATCTTCTAACTTATGACTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGTTCATTTACTAAAGACTTAATTGTAGTCAGCACATCAATTGAGCCa < 2:1901689/91‑1 (MQ=255) aaTATCTTCTAACTTATGACTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGTTCATTTACTAAAGACTTAATTGTAGTCAGCACATCAATTGAGCCa > 1:718306/1‑91 (MQ=255) tatCTTCTAACTTATGACTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGTTCATTTACTAAAGACTTAATTGTAGTCAGCACATCAATTGAGCCATc < 1:1879702/91‑1 (MQ=255) cttctAACTTATGACTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGTTCATTTACTAAAGACTTAATTGTAGTCAGCACATCAATTGAGCCATCTgg < 1:2634768/91‑1 (MQ=255) cttctAACTTATGACTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGTTCATTTACTAAAGACTTAATTGTAGTCAGCACATCAATTGAGCCATCTgg > 2:2176315/1‑91 (MQ=255) ttctAACTTATGACTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGTTCATTTACTAAAGACTTAATTGTAGTCAGCACATCAATTGAGCCATCTGGa < 2:23245/91‑1 (MQ=255) tctAACTTATGACTTGATATTAGATTTCTCATATCAAGTTCATTTACTAAAGACTTAATTGTAGTCAGCACATCAATTGAGCCATCTGGAt < 2:3609394/91‑1 (MQ=255) tAACTTATGACTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGTTCATTTACTAAAGACTTAATTGTAGTCAGCACATCAATTGAGCCATCTGGATcc > 2:438940/1‑91 (MQ=255) tAACTTATGACTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGTTCATTTACTAAAGACTTAATTGTAGTCAGCACATCAATTGAGCCATCTGGATcc > 1:1766507/1‑91 (MQ=255) tAACTTATGACTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGTTCATTTACTAAAGACTTAATTGTAGTCAGCACATCAATTGAGCCATCTGGATcc > 1:2258013/1‑91 (MQ=255) aaCTTATGACTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGTTCATTTACTAAAGACTTAATTGTAGTCAGCACATCAATTGAGCCATCTGGATCCa < 2:3777841/91‑1 (MQ=255) aaCTTATGACTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGTTCATTTACTAAAGACTTAATTGTAGTCAGCACATCAATTGAGCCATCTGGATCCa > 1:1737060/1‑91 (MQ=255) aaCTTATGACTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGTTCATTTACTAAAGACTTAATTGTAGTCAGCACATCAATTGAGCCATCTGGATCCa < 1:1616936/91‑1 (MQ=255) aaCTTATGACTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGTTCATTTACTAAAGACTTAATTGTAGTCAGCACATCAATTGAGCCATCTGGATCCa < 1:1005935/91‑1 (MQ=255) aCTTATGACTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGTTCATTTACTAAAGACTTAATTGTAGTCAGCACATCAATTGAGCCATCTGGATCCAt < 1:808827/91‑1 (MQ=255) ttATGACTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGTTCATTTACTAAAGACTTAATTGTAGTCAGCACATCAATTGAGCCATCTGGATCCATAc < 1:36263/91‑1 (MQ=255) ttATGACTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGTTCATTTACTAAAGACTTAATTGTAGTCAGCACATCAATTGAGCCATCTGGATCCATAc < 2:171138/91‑1 (MQ=255) aTGACTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGTTCATTTACTAAAGACTTAATTGTAGTCAGCACATCAATTGAGCCATCTGGATCCATACCa < 1:3476361/91‑1 (MQ=255) tGACTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGTTCATTTACTAAAGACTTAATTGTAGTCAGCACATCAATTGAGCCATCTGGATCCATACCAt > 2:1928712/1‑91 (MQ=255) gaaCTTGATATGAGAATTCTAATATCAAGTTCATTTACTAACGACTTAATTGTAGTCAGCACATCAATTGAGCCATCTGGATCCATACCAt > 1:3361753/3‑91 (MQ=38) aCTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGTTCATTTACTAAAGACTTAATTGTAGTCAGCACATCAATTGAGCCATCTGGATCCATACCAttt > 1:2378891/1‑91 (MQ=255) aCTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGTTCATTTACTAAAGACTTAATTGTAGTCAGCACATCAATTGAGCCATCTGGATCCATACCAttt > 2:3553898/1‑91 (MQ=255) cTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGTTCATTTACTAAAGACTTAATTGTAGTCAGCACATCAATTGAGCCATCTGGATCCATACCATTTg > 2:2932092/1‑91 (MQ=255) gATATTAGAATTCTCATATCAAGTTCATTTACTAAAGACTTAATTGTAGTCAGCACATCAATTGAGCCATCTGGATCCATACCATTTGTAg > 1:2883531/1‑91 (MQ=255) atatTAGAATTCTCATATCAAGTTCATTTACTAAAGACTTAATTGTAGTCAGCACATCAATTGAGCCATCTGGATCCATACCATTTGTAgg < 2:2627810/91‑1 (MQ=255) atatGAGAATTCTAATATCAAGTTCATTTACTAAAGACTTAATTGTAGTCAGCACATCAATTGAGCCATCTGGATCCATACCATTTGTAgg > 2:3468036/1‑91 (MQ=255) tatTAGAATTCTCATATCAAGTTCATTTACTAAAGACTTAATTGTAGTCAGCACATCAATTGAGCCATCTGGATCCATACCATTTGTAGGc < 2:625563/91‑1 (MQ=255) atTAGAATTCTCATATCAAGTTCATTTACTAAAGACTTAATTGTAGTCAGCACATCAATTGAGCCATCTg > 2:480275/1‑70 (MQ=255) atTAGAATTCTCATATCAAGTTCATTTACTAAAGACTTAATTGTAGTCAGCACATCAATTGAGCCATCTGGATCCATACCATTTGTAGGCt < 1:1183094/91‑1 (MQ=255) | CATGTTTACATCTTGAACAAAATGTCCGTCTCTTAAAAATACAGCTCTATCACAAATTAATTCAATATCTTCTAACTTATGACTTGATATTAGAATTCTCATATCAAGTTCATTTACTAAAGACTTAATTGTAGTCAGCACATCAATTGAGCCATCTGGATCCATACCATTTGTAGGCTCA > USA300TCH1516_ALE/2077530‑2077710 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |