BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	freq	annotation	gene	description
RA	USA300TCH1516_ALE	2,084,859	C→G	6.5%	intergenic (‑121/‑265)	USA300HOU_RS10525 ← / → hlb_1	65 kDa membrane protein/Phospholipase C

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	USA300TCH1516_ALE	2,084,859	0	C	G	6.5%	885.7 / 36.9	258	intergenic (‑121/‑265)	USA300HOU_RS10525/hlb_1	65 kDa membrane protein/Phospholipase C
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (120/121); new base G (10/7); total (130/128)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.17e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01

Only 100 of 276 total aligned reads displayed.

ATTTGCAACTTAATTATAGCCAGACTTTCTCTATTTTTTGAATTAACTGAATATTAATAATAAATTATCTTTAACAATAATTTTTTAACACTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAACTAATTAATTTACAATACCTAAAATGTTGTTTGGTTTTGTTTATACCAAGCTTCAAACTTAA  >  USA300TCH1516_ALE/2084769‑2084949

aTTTGCAACTTAATTATAGCCAGACTTTCTCTATTTTTTGAATTAACTGAATATTAATAATAAATTATCTTTAACAATAATTTTTTAacac                                                                                            >  2:3164556/1‑91 (MQ=255)

 tttGCAACTTAATTATAGCCAGACTTTCTCTATTTTTTGAATTAACTGAATATTAATAATAAATTATCTTTAACAATAATTTTTTAACACt                                                                                           >  2:2749573/1‑91 (MQ=255)

   tGCAACTTAATTATAGCCAGACTTTCTCTATTTTTTGAATTTACTGAATATTAATAATAAATTATCTTTAACAATAATTTTTTAACACTGt                                                                                         >  2:103808/1‑91 (MQ=255)

   tGCAACTTAATTATAGCCAGACTTTCTCTATTTTTTGAATTAACTGAATATTAATAATAAATTATCTTTAACAATAATTTTTTAACACTGt                                                                                         <  2:1556192/91‑1 (MQ=255)

   tGCAACTTAATTATAGCCAGACTTTCTCTATTTTTTGAATTAACTGAATATTAATAATAAATTATCTTTAACAATAATTTTTTAACACTGt                                                                                         <  2:504002/91‑1 (MQ=255)

    gCAACTTAATTATAGCCAGACTTTCTCTATTTTTTGAATTAACTGAATATTAATAATAAATTATCTTTAACAATAATTTTTTAACACTGtt                                                                                        <  2:784811/91‑1 (MQ=255)

     cAACTTAATTATAGCCAGACTTTCTCTATTTTTTGAATTAACTGAATATTAATAATAAATTATCTTTAACAATAATTTTTTAACAGTGTTa                                                                                       <  1:3859656/91‑1 (MQ=255)

     cAACTTAATTATAGCCAGACTTTCTCTATTTTTTGAATTAACTGAATATTAATAATAAATTATCTTTAACAATAATTTTTTAACACTGTTa                                                                                       <  1:1326665/91‑1 (MQ=255)

      aaCTTAATTATAGCCAGACTTTCTCTATTTTTTGAATTAACTGAATATTAATAATAAATTATCTTTAACAATAATTTTTTAACACTGTTaa                                                                                      >  2:1980790/1‑91 (MQ=255)

       aCTTAATTATAGCCAGACTTTCTCTATTTTTTGAATTAACTGAATATTAATAATAAATTATCTTTAACAATAATTTTTTAACACTGTTaaa                                                                                     <  2:1510384/91‑1 (MQ=255)

          tAATTATAGCCAGACTTTCTCTATTTTTTGAATTAACTGAATATTAATAATAAATTATCTTTAACAATAATTTTTTAACACTGTTAAAAGt                                                                                  <  2:2532556/91‑1 (MQ=255)

          tAATTATAGCCAGACTTTCTCTATTTTTTGAATTAACTGAATATTAATAATAAATTATCTTTAACAATAATTTTTTAACACTGTTAAAAGt                                                                                  <  2:3313213/91‑1 (MQ=255)

           aaTTATAGCCAGACTTTCTCTATTTTTTGAATTAACTGAATATTAATAATAAATTATCTTTAACAATAATTTTTTAACACTGTTAAAAGtt                                                                                 >  1:3427875/1‑91 (MQ=255)

             ttATAGCCAGACTTTCTCTATTTTTTGAATTAACTGAATATTAATAATAAATTATCTTTAACAATAATTTTTTAACACTGTTa                                                                                       >  2:2536581/1‑83 (MQ=255)

             ttATAGCCAGACTTTCTCTATTTTTTGAATTAACTGAATATTAATAATAAATTATCTTTAACAATAATTTTTTAACACTGTTa                                                                                       <  1:2536581/83‑1 (MQ=255)

             ttATAGCCAGACTTTCTCTATTTTTTGAATTAACTGAATATTAATAATAAATTATCTTTAACAATAATTTTTTAACACTGTTAAAAGTTCt                                                                               <  1:306093/91‑1 (MQ=255)

             ttATAGCCAGACTTTCTCTATTTTTTGAATTAACTGAATATTAATAATAAATTATCTTTAACAATAATTTTTTAACACTGTTAAAAGTTCt                                                                               <  1:2992854/91‑1 (MQ=255)

             ttATAGCCAGACTTTCTCTATTTTTTGAATTAACTGAATATTAATAATAAATTATCTTTAACAATAATTTTTTAACACTGTTAAAAGTTCt                                                                               <  1:1977781/91‑1 (MQ=255)

              tataGCCAGACTTTCTCTATTTTTTGAATTAACTGAATATTAATAATAAATTATCTTTAACAATAATTTTTTAACACTGTTAAAAGTTCtt                                                                              >  1:911139/1‑91 (MQ=255)

              tataGCCAGACTTTCTCTATTTTTTGAATTAACTGAATATTAATAATAAATTATCTTTAACAATAATTTTTTAACACTGTTAAAAGTTCtt                                                                              >  2:3415480/1‑91 (MQ=255)

                taGTCAGACTTTCTCTATTTTTTGAATTAACTGAATATTAATAATAAATTATCTTTAACAATAATTTTTTAACACTGTTAAAAGTTCtttt                                                                            <  2:1997734/91‑1 (MQ=255)

                 aGCCAGACTTTCTCTATTTTTTGAATTAACTGAATATTAATAATAAATTATCTTTAACAATAATTTTTTAACACTGTTaaa                                                                                     >  2:2091618/1‑81 (MQ=255)

                 aGCCAGACTTTCTCTATTTTTTGAATTAACTGAATATTAATAATAAATTATCTTTAACAATAATTTTTTAACACTGTTaaa                                                                                     <  1:2091618/81‑1 (MQ=255)

                 aGCCAGACTTTCTCTATTTTTTGAATTAACTGAATATTAATAATAAATTATCTTTAACAATAATTTTTTAACACTGTTAAAAGTTCTTTTa                                                                           <  1:1147512/91‑1 (MQ=255)

                   ccAGACTTTCTCTATTTTTTGAATTAACTGAATATTAATAATAAATTATCTTTAACAATAATTTTTTAACACTGTTAAAAGTTCTTTTAAt                                                                         >  2:461028/1‑91 (MQ=255)

                   ccAGACTTTCTCTATTTTTTGAATTAACTGAATATTAATAATAAATTATCTTTAACAATAATTTTTTAACACTGTTAAAAGTTCTTTTAAt                                                                         <  2:2230300/91‑1 (MQ=255)

                    cAGACTTTCTCTATTTTTTGAATTAACTGAATATTAATAATAAATTATCTTTAACAATAATTTTTTAACACTGTTAAAAGTTCTTTTAAtt                                                                        <  2:754781/91‑1 (MQ=255)

                       aCTTTCTCTATTTTTTGAATTAACTGAATATTAATAATAAATTATCTTTAACAATAATTTTTTAACACTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTg                                                                     <  1:678571/91‑1 (MQ=255)

                            ctctATTTTTTGAATTAACTGAATATTAATAATAAATTATCTTTAACAATAATTTTTTAACACTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTaa                                                                >  1:2837896/1‑91 (MQ=255)

                            ctctATTTTTTGAATTAACTGAATATTAATAATAAATTATCTTTAACAATAATTTTTTAACACTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTaa                                                                >  2:2827595/1‑91 (MQ=255)

                            ctctATTTTTTGAATTAACTGAATATTAATAATAAATTATCTTTAACAATAATTTTTTAACACTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTaa                                                                >  1:2147793/1‑91 (MQ=255)

                             tctATTTTTTGAATTAACTGAATATTAATAATAAATTATCTTTAACATTAATTTTTTAACACTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAAc                                                               <  2:2875515/91‑1 (MQ=255)

                             tctATTTTTTGAATTAACTGAATATTAATAATAAATTATCTTTAACAATAATTTTTTAACACTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAAc                                                               <  2:799656/91‑1 (MQ=255)

                               tATTTTTTGAATTAACTGAATATTAATAATAAATTATCTTTAACAATAATTTTTTAACACTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAACta                                                             <  2:1236073/91‑1 (MQ=255)

                               tATTTTTTGAATTAACTGAATATTAATAATAAATTATCTTTAACAATAATTTTTTAACACTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAACta                                                             <  1:2120842/91‑1 (MQ=255)

                               tATTTTTTGAATTAACTGAATATTAATAATAAATTATCTTTAACAATAATTTTTTAACACTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAACta                                                             <  2:392956/91‑1 (MQ=255)

                                  tttttGAATTAACTGAATATTAATAATAAATTATCTTTAACAATAATTTTTTAACACTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAACtaatt                                                          <  1:1613702/91‑1 (MQ=255)

                                   ttttGAATTAACTGAATATTAATAATAAATTATCTTTAACAATAATTTTTTAACACTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAACtaatta                                                         <  1:3787450/91‑1 (MQ=255)

                                     ttGAATTAACTGAATATTAATAATAAATTATCTTTAACAATAATTTTTTAACACTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAACtaattaat                                                       >  2:847787/1‑91 (MQ=255)

                                      tGAATTAACTGAATATTAATAATAAATTATCTTTAACAATAATTTTTTAACACTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAACTaattaatt                                                      >  2:2681466/1‑91 (MQ=255)

                                      tGAATTAACTGAATATTAATAATAAATTATCTTTAACAATAATTTTTTAACACTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAACTaattaatt                                                      <  2:2703876/91‑1 (MQ=255)

                                       gAATTAACTGAATATTAATAATAAATTATCTTTATCAATGATTTTTTAACACTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAACTAATTAAttt                                                     <  2:2265932/91‑1 (MQ=255)

                                       gAATTAACTGAATATTAATAATAAATTATCTTTAACAATAATTTTTTAACACTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAACTAATTAAttt                                                     >  1:589724/1‑91 (MQ=255)

                                         aTTAACTGAATATTAATAATAAATTATCTTTAACAATAATTTTTTAACACTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAACTAATTAATTTAc                                                   >  1:1036433/1‑91 (MQ=255)

                                          ttAACTGAATATTAATAATAAATTATCTTTAACAATAATTTTTTAACACTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAACTAATTAATTTACa                                                  >  1:861172/1‑91 (MQ=255)

                                           tAACTGAATATTAATAATAAATTATCTTTAACAATAATTTTTTAACACTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAACTAATTAATTTACaa                                                 >  1:2162389/1‑91 (MQ=255)

                                            aaCTGAATATTAATAATAAATTATCTTTAACAATAATTTTTTAACACTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAACTAATTAATTTACAAt                                                >  1:718938/1‑91 (MQ=255)

                                            aaCTGAATATTAATAAGAAATTATCTTTAACAATAATTTTTTAACACTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAACTAATTAATTTACAAt                                                <  2:3705499/91‑1 (MQ=255)

                                             aCTGAATATTAATAATAAATTATCTTTAACAATAATTTTTTAACACTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAACTAATTAATTTACAATa                                               <  2:2586036/91‑1 (MQ=255)

                                                 aaTATTAATAATAAATTATCTTTAACAATAATTTTTTAACACTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAACTAATTAATTTACAATACCTa                                           <  2:1424991/91‑1 (MQ=255)

                                                 aaTATTAATAATAAATTATCTTTAACAATAATTTTTTAACACTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAACTAATTAATTTACAATACCTa                                           <  1:2052807/91‑1 (MQ=255)

                                                  atatTAATAATAAATTATCTTTAACAATAATTTTTTAACACTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAACTAATTAATTTACAATACCTaa                                          >  2:2949733/1‑91 (MQ=255)

                                                      taataataaATTATCTTTAACAATAATTTTTTAACACTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAACTAATTAATTTACAATACCTAAAAtg                                      >  2:113063/1‑91 (MQ=255)

                                                      taataataaATTATCTTTAACAATAATTTTTTAACACTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAACTAATTAATTTACAATACCTAAAAtg                                      >  1:3324695/1‑91 (MQ=255)

                                                       aataataaATTATCTTTAACAATAATTTTTTAACACTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAACTAATTAATTTACAATACCTAAAAtgt                                     <  1:1859445/91‑1 (MQ=255)

                                                       aataataaATTATCTTTAACAATAATTTTTTAACACTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAACTAATTAATTTACAATACCTAAAAtgt                                     >  2:2743001/1‑91 (MQ=255)

                                                           ataaATTATCTTTAACAATAATTTTTTAACACTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAACTAATTAATTTACAATACCTAAAATgttgtt                                 <  1:1268308/91‑1 (MQ=255)

                                                           ataaATTATCTTTAACAATAATTTTTTAACACTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAACTAATTAATTTACAATACCTAAAATgttgtt                                 >  2:3621666/1‑91 (MQ=255)

                                                           ataaATTATCTTTAACAATAATTTTTTAACACTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAACTAATTAATTTACAATACCTAAAATgttgtt                                 <  1:3832168/91‑1 (MQ=255)

                                                            taaATTATCTTTAACAATAATTTTTTAACACTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAACTAATTAATTTACAATACCTAAAATGTTGttt                                <  1:2681466/91‑1 (MQ=255)

                                                              aaTTATCTTTAACAATAATTTTTTAACACTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAACTAATTAATTTACAATACCTAAAATGTTGTTTgg                              >  2:2918546/1‑91 (MQ=255)

                                                              aaTTATCTTTAACAATAATTTTTTAACACTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAACTAATTAATTTACAATACCTAAAATGTTGTTTgg                              >  2:3240815/1‑91 (MQ=255)

                                                               aTTATCTTTAACAATAATTTTTTAACACTGTTAAAAGTTTTTTTAATTTTGTTTAATTAATTATTTTTAAATACCTAAAATGTTGTTTAGt                             >  2:3506710/1‑91 (MQ=255)

                                                               aTTATCTTTAACAATAATTTTTTAACACTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAACTAATTAATTTACAATACCTAAAATGTTGTTTGGt                             >  1:401309/1‑91 (MQ=255)

                                                                 tATCTTTAACAATAATTTTTTAACACTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAACTAATTAATTTACAATACCTAAAATGTTGTTTGGttt                           <  2:1572978/91‑1 (MQ=255)

                                                                 tATCTTTAACAATAATTTTTTAACACTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAACTAATTAATTTACAATACCTAAAATGTTGATTGGttt                           >  1:534946/1‑91 (MQ=255)

                                                                  aTCTTTAACAATAATTTTTTAACACTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAACTAATTAATTTACAATACCTAAAATGTTGTTTGGtttt                          >  2:313582/1‑91 (MQ=255)

                                                                     tttAACAATAATTTTTTAACACTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAACTAATTAATTTACAATACCTAAAATGTTGTTTGGTTTTGtt                       <  1:2940795/91‑1 (MQ=255)

                                                                     tttAACAATAATTTTTTAACACTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAACTAATTAATTTACAATACCTAAAATGTTGTTTGGTTTTGtt                       <  1:1563745/91‑1 (MQ=255)

                                                                      ttAACAATAATTTTTTAACACTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAACTAATTAATTTACAATACCTAAAATGTTGTTTGGTTTTGttt                      >  2:395787/1‑91 (MQ=255)

                                                                      ttAACAATAATTTTTTAACACTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAACTAATTAATTTACAATACCTAAAATGTTGTTTGGTTTTGttt                      >  1:1651061/1‑91 (MQ=255)

                                                                       tAACAATAATTTTTTAACACTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAACTAATTAATTTACAATACCTAAAATGTTGTTTGGTTTTGTTta                     >  2:3338172/1‑91 (MQ=255)

                                                                         aCAATAATTTTTTAACACTGTTAAAAGTTTTTTTAATTTTGATTAAATAATTAATTTATAATATTTAAAATGTTGTTTGGTTTTGTTtata                   >  2:358213/1‑91 (MQ=255)

                                                                         aCAATAATTTTTTAACACTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAACTAATTAATTTACAATACCTAAAATGTTGTTTGGTTTTGTTtata                   <  1:1743414/91‑1 (MQ=255)

                                                                            ataatTTTTTAACACTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAACTAATTAATTTACAATACCTAAAATGTTGTTTGGTTTTGTTTATACCa                <  1:1227379/91‑1 (MQ=255)

                                                                             taatTTTTTAACACTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAACTAATTAATTTACAATACCTAAAATGTTGTTTGGTTTTGTTTATACCaa               >  1:2445940/1‑91 (MQ=255)

                                                                             taatTTTTTAACACTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAACTAATTAATTTACAATACCTAAAATGTTGTTTGGTTTTGTTTATACCaa               >  2:2175836/1‑91 (MQ=255)

                                                                             taatTTTTTAACACTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAACTAATTAATTTACAATACCTAAAATGTTGTTTGGTTTTGTTTATACCaa               <  2:3677151/91‑1 (MQ=255)

                                                                             taatTTTTTAACACTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAACTAATTAATTTACAATACCTAAAATGTTGTTTGGTTTTGTTTATACCaa               <  1:975072/91‑1 (MQ=255)

                                                                              aatTTTTTAACACTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAACTAATTAATTTACAATACCTAAAATGTTGTTTGGTTTTGTTTATACCAAg              >  1:3299830/1‑91 (MQ=255)

                                                                               atTTTTTAACACTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAACTAATTAATTTACAATACCTAAAATGTTGTTTGGTTTTGTTTATACCAAGc             >  2:221500/1‑91 (MQ=255)

                                                                                ttttttAACACTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAACTAATTAATTTACAATACCTAAAATGTTGTTTGGTTTTGTTTATACCAAGCt            >  2:3216699/1‑91 (MQ=255)

                                                                                ttttttAACACTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAACTAATTAATTTACAATACCTAAAATGTTGTTTGGTTTTGTTTATACCAAGCt            >  1:2331214/1‑91 (MQ=255)

                                                                                 tttttAACACTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAACTAATTAATTTACAATACCTAAAATGTTGTTTGGTTTTGTTTATACCAAGCtt           <  1:3659429/91‑1 (MQ=255)

                                                                                 tttttAACACTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAACTAATTAATTTACAATACCTAAAATGTTGTTTGGTTTTGTTTATACCAAGCtt           <  2:3281679/91‑1 (MQ=255)

                                                                                 tttttAACACTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAACTAATTAATTTACAATACCTAAAATGTTGTTTGGTTTTGTTTATACCAAGCtt           >  2:2918057/1‑91 (MQ=255)

                                                                                   tttAACAGTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAACTAATTAATTTACAATACCTAAAATGTTGTTTGGTTTTGTTTATACCAAGCTTcc         >  1:1288122/1‑90 (MQ=255)

                                                                                   tttAACACTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAACTAATTAATTTACAATACCTAAAATGTTGTTTGGTTTTGTTTATACCAAGCTTCa         <  2:1868103/91‑1 (MQ=255)

                                                                                    ttAACACTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAACTAATTAATTTACAATACCTAAAATGTTGTTTGGTTTTGTTTATACCAAGCTTCaa        <  1:686310/91‑1 (MQ=255)

                                                                                     tAACAGTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAACTAATTAATTTACAATACCTAAAATGTTGTTTGGTTTTGTTTATACCAAGCTTCaaa       >  1:2310371/1‑91 (MQ=255)

                                                                                     tAACAGTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAACTAATTAATTTACAATACCTAAAATGTTGTTTGGTTTTGTTTATACCAAGCTTCaaa       >  2:2017602/1‑91 (MQ=255)

                                                                                     tAACAGTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAACTAATTAATTTACAATACCTAAAATGTTGTTTGGTTTTGTTTATACCAAGCTTCaaa       >  1:3237471/1‑91 (MQ=255)

                                                                                      aaCAGTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAACTAATTAATTTACAATACCTAAAATGTTGTTTGGTTTTGTTTATACCAAGCTTCAAAc      >  2:950697/1‑91 (MQ=255)

                                                                                      aaCACTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAACTAATTAATTTACAATACCTAAAATGTTGTTTGGTTTTGTTTATACCAAGCTTCAAAc      <  2:1730875/91‑1 (MQ=255)

                                                                                       acacTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAACTAATTAATTTACAATACCTAAAATGTTGTTTGGTTTTGTTTATACCAAGCTTCAAACt     <  2:1618571/91‑1 (MQ=255)

                                                                                       acacTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAACTAATTAATTTACAATACCTAAAATGTTGTTTGGTTTTGTTTATACCAAGCTTCAAACt     <  1:3164240/91‑1 (MQ=255)

                                                                                        cacTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAACTAATTAATTTACAATACCTAAAATGTTGTTTGGTTTTGTTTATACCAAGCTTCAAACtt    <  2:309270/91‑1 (MQ=255)

                                                                                         acTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAACTAATTAATTTACAATACCTAAAATGTTGTTTGGTTTTGTTTATACCAAGCTTCAAACTTa   >  1:1001018/1‑91 (MQ=255)

                                                                                          cTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAACTAATTAATTTACAATACCTAAAATGTTGTTTGGTTTTGTTTATACCAAGCTTCAAACTTaa  <  2:1063864/91‑1 (MQ=255)

                                                                                          cTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAACTAATTAATTTACAATACCTAAAATGTTGTTTGGTTTTGTTTATACCAAGCTTCAAACTTaa  <  1:3415479/91‑1 (MQ=255)

ATTTGCAACTTAATTATAGCCAGACTTTCTCTATTTTTTGAATTAACTGAATATTAATAATAAATTATCTTTAACAATAATTTTTTAACACTGTTAAAAGTTCTTTTAATTTTGATTAACTAATTAATTTACAATACCTAAAATGTTGTTTGGTTTTGTTTATACCAAGCTTCAAACTTAA  >  USA300TCH1516_ALE/2084769‑2084949

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 27 ≤` `ATCG/ATCG` `< 37 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`