| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,123,779 | 0 | T | A | 5.8% | 911.0 / 29.6 | 269 | intergenic (‑39/‑94) | USA300HOU_RS10825/lexA_2 | hypothetical protein/LexA repressor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (131/122); new base A (8/8); total (139/130) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 287 total aligned reads displayed.
ACTCTTTTTGAGTCAATCCGTAATCAGTCCTCAACTCTTTTAATGTTTTCATGTTGTCACCGCCTTTCGTAAACCTAATATAATACGAAATTTTCGTATTGTCAACATTAAATACGTTTTTTTCGTAAAAAACTTTACTATGATATGAAAATTTCGTATAATAAGAAAAAAGGAGGTAAGT > USA300TCH1516_ALE/2123689‑2123869 | aCTCTTTTTGAGTCAATCCGTAATCAGTCCTCAACTCTTTTAATGTTTTCATGTTGTCACCGCCTTTCGTAAACCTAATATAATACGAAAt < 2:3285604/91‑1 (MQ=255)aCTCTTTTTGAGTCAATCCGTAATCAGTCCTCAACTCTTTTAATGTTTTCATGTTGTCACCGCCTTTCGTAAACCTAATATAATACGAAAt > 1:3589713/1‑91 (MQ=255) tctTTTTGAGTCAATCCGTAATCAGTCCTCAACTCTTTTAATGTTTTCATGTTGTCACCGCCTTTCGTAAACCTAATATAATACGAAAttt < 2:191240/91‑1 (MQ=255) tctTTTTGAGTCAATCCGTAATCAGTCCTCAACTCTTTTAATGTTTTCATGTTGTCACCGCCTTTCGTAAACCTAATATAATACGAAAttt > 2:1992248/1‑91 (MQ=255) tctTTTTGAGTCAATCCGTAATCAGTCCTCAACTCTTTTAATGTTTTCATGTTGTCACCGCCTTTCGTAAACCTAATATAATACGAAAttt > 2:2512214/1‑91 (MQ=255) tctTTTTGAGTCAATCCGTAATCAGTCCTCAACTCTTTTAATGTTTTCAGGTTGTCACCGCCTTTCGTAAACCTAATATAATACGAAAttt > 2:3416745/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |