| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,135,944 | A→T | 5.4% | K146N (AAA→AAT) | ktrB_2 → | Ktr system potassium uptake protein B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,135,944 | 0 | A | T | 5.4% | 703.9 / 21.1 | 204 | K146N (AAA→AAT) | ktrB_2 | Ktr system potassium uptake protein B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (91/102); new base T (4/7); total (95/109) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.49e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.56e-01 | |||||||||||
Only 100 of 221 total aligned reads displayed.
TGTTATTAAGCTAATTAAACACTTGGCTATTTATAGTTTAGTCACTGAATTAATTGGTATGATTTGTTTGTGTTTATCTTTTATACCAAAATTTGGTATAGGCAAAGGTTTATTTTTAAGCTTATTCACATCAGTATCAGCTTTTAATAATGCTGGATTTGCCCTTTTTAAGAATAACTT > USA300TCH1516_ALE/2135854‑2136033 | tgtTATTAAGCTAATTAAACACTTGGCTATTTATAGTTTAGTCACTGAATTAATTGGTATGATTTGTTTGTGTTTATCTTTTATACCaaaa > 2:1224566/1‑91 (MQ=255) gtTATTAAGCTAATTAAACACTTGGCTATTTATAGTTTAGTCACTGAATTAATTGGTATGATTTGTTTGTGTTTATCTTTTATACCAAAAt < 1:2662243/91‑1 (MQ=255) ttattaAGCTAATTAAACACTTGGCTATTTATAGTTTAGTCACTGAATTAATTGGTATGATTTGTTTGTGTTTATCTTTTATACCAAAAtt < 2:75488/91‑1 (MQ=255) ttattaAGCTAATTAAACACTTGGCTATTTATAGTTTAGTCACTGAATTAATTGGTATGATTTGTTTGTGTTTATCTTTTATACCAAAAtt < 1:2164396/91‑1 (MQ=255) tattaAGCTAATTAAACACTTGGCTATTTATAGTTTAGTCACTGAATTAATTGGTATGATTTGTTTGTGTTTATCTTTTATACCAAAAttt > 1:1427248/1‑91 (MQ=255) tattaAGCTAATTAAACACTTGGCTATTTATAGTTTAGTCACTGAATTAATTGGTATGATTTGTTTGTGTTTATCTTTTATACCAAAAttt > 2:2043665/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |