| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,139,620 | T→A | 9.3% | intergenic (‑60/+851) | USA300HOU_RS10910 ← / ← groL | hypothetical protein/60 kDa chaperonin |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,139,620 | 0 | T | A | 9.3% | 659.5 / 44.1 | 204 | intergenic (‑60/+851) | USA300HOU_RS10910/groL | hypothetical protein/60 kDa chaperonin |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (102/82); new base A (5/14); total (107/97) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.76e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 | |||||||||||
Only 100 of 207 total aligned reads displayed.
AACGTGCTTGCTTTGCAGTTAACTCACTCATTTTATCACCCCCACAATTTTATCTAATATGGTTTCATACCATAATATTACAGATTGTTCTGAACAATCTAAGGCACTACTAATATCTTGATAACTAAGTCCTTGTATAAGGGAGTCAAAAATATAAAACTCTTTATCGGTCGCTAATCTG > USA300TCH1516_ALE/2139530‑2139710 | aaCGTGCTTGCTTTGCAGTTAACTCTCTCATTTTATCACCCCCATAATTTTTTCTAATATGGTTTCATACCATAATATTACAGATTGTTCt < 2:3713056/91‑1 (MQ=255) aCGTGCTTGCTTTGCAGTTAACTCACTCATTTTATCACCCCCACAATTTTATCTAATATGGTTTCATAGCATAATATTACAGATTGTTCTg > 2:3125477/1‑91 (MQ=255) aCGTGCTTGCTTTGCAGTTAACTCACTCATTTTATCACCCCCACAATTTTATCTAATATGGTTTCATACCATAATATTACAGATTGTTCTg > 1:3560381/1‑91 (MQ=255) aCGTGCTTGCTTTGCAGTTAACTCACTCATTTTATCACCCCCACAATTTTATCTAATATGGTTTCATACCATAATATTACAGATTGTTCTg > 1:2842711/1‑91 (MQ=255) cGTGCTTGCTTTGCAGTTAACTCACTCATTTTATCACCCCCACAATTTTATCTAATATGGTTTCTTACCATAATATTACAGATTGTTCAGa < 2:2347868/91‑1 (MQ=255) cGTGCTTGCTTTGCAGTTAACTCACTCATTTTATCACCCCCACAATTTTATCTAATATGGTTTCATACCATAATATTACAGATTGTTCTGa < 1:1736276/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |