| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,165,416 | A→T | 8.5% | intergenic (‑384/‑94) | tsaE ← / → ilvD | tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaE/Dihydroxy‑acid dehydratase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,165,416 | 0 | A | T | 8.5% | 582.5 / 33.0 | 185 | intergenic (‑384/‑94) | tsaE/ilvD | tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaE/Dihydroxy‑acid dehydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (87/82); new base T (5/11); total (92/93) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 203 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |