| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,224,417 | C→A | 6.1% | G253V (GGT→GTT) | atpA ← | ATP synthase subunit alpha |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,224,417 | 0 | C | A | 6.1% | 691.3 / 25.1 | 198 | G253V (GGT→GTT) | atpA | ATP synthase subunit alpha |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (86/100); new base A (6/6); total (92/106) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.49e-01 | |||||||||||
Only 100 of 205 total aligned reads displayed.
CGACCTGGAGGTCTACGTAATAATAATGATAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATGGAGAAGGTTCAGAAGCTGATGCTGCTACAA > USA300TCH1516_ALE/2224327‑2224507 | ccTGGAGGTCTACGTAATAATAGTGATAACTCACGATAAGCTGCTGCTTCTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGt < 2:2948026/91‑1 (MQ=255) cTGGAGGTCTACGTAATAATAATGATAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTAAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGtt < 2:347067/91‑1 (MQ=255) ggAGGTCTACGTAATAATAATGATAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTaa < 2:553793/91‑1 (MQ=255) ggAGGTCTACGTAATAATAATGATAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTaa < 2:1803754/91‑1 (MQ=255) gAGGTCTACGTAATAATAATGATAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTAcc < 2:953495/85‑1 (MQ=255) gAGGTCTACGTAATAATAATGATAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTAcc > 1:953495/1‑85 (MQ=255) gAGGTCTACGTAATAATAATGATAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTaaa > 1:2274148/1‑91 (MQ=255) tCTACGTAATAATAATTATAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATg < 1:1816959/91‑1 (MQ=255) tCTACGTAATAATAATGATAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATg > 2:1074929/1‑91 (MQ=255) tCTACGTAATAATAATGATAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATg < 1:3540016/91‑1 (MQ=255) aCGTAATAATAATGATAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATGATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAAt < 2:3195526/91‑1 (MQ=255) cGTAATAATAATGATAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGTAtt > 2:64216/1‑91 (MQ=255) cGTAATAATAATGATAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAAtt > 2:64634/1‑91 (MQ=255) cGTAATAATAATGATAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTAACGGTAAACATgtttt < 2:1066577/91‑5 (MQ=39) gTAATAATAATGATAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAAttc > 2:1493231/1‑91 (MQ=255) aataataatGATAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAAttctt < 2:1988463/91‑1 (MQ=255) ataatgatGATAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAAttcttc < 2:3152115/91‑1 (MQ=255) ataataatGATAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAAttcttc < 2:2240953/91‑1 (MQ=255) ataataatGATAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAAttcttc > 1:1929462/1‑91 (MQ=255) aataatGATAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCAc < 2:2527948/91‑1 (MQ=255) aataatGATAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCAc < 2:401995/91‑1 (MQ=255) ataatGATAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAAttcttc > 2:286458/1‑88 (MQ=255) ataatGATAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCAcc > 2:566957/1‑91 (MQ=255) taatGATAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCAccc < 2:2274148/91‑1 (MQ=255) atGATAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCAt < 1:663368/91‑1 (MQ=255) tGATAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCAtt < 1:485421/91‑1 (MQ=255) tGATAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCAtt < 2:2905470/91‑1 (MQ=255) tGATAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAAGCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCAtt < 1:3146480/91‑1 (MQ=255) gATAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTg > 1:3325627/1‑91 (MQ=255) aTAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGt < 1:1192910/91‑1 (MQ=255) aTAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGt > 1:1413404/1‑91 (MQ=255) aTAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGt < 1:2923654/91‑1 (MQ=255) aCTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTac > 2:2439443/1‑91 (MQ=255) cTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTaca < 1:1611832/91‑1 (MQ=255) cACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACAcc < 2:716755/91‑1 (MQ=255) cACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACAcc < 1:3045197/91‑1 (MQ=255) cGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTACAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTg < 1:3878119/91‑1 (MQ=255) cGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTg < 2:1523149/91‑1 (MQ=255) cGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTg < 2:1253802/91‑1 (MQ=255) cGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTg > 1:1325148/1‑91 (MQ=255) cGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTg > 2:76617/1‑91 (MQ=255) aTAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGaa > 1:2919328/1‑91 (MQ=255) aTAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGaa < 1:1509667/91‑1 (MQ=255) tAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAat > 1:3581157/1‑91 (MQ=255) tAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAat > 1:1873434/1‑91 (MQ=255) gctgctgctTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATg > 1:2359825/1‑91 (MQ=255) gctgctgctTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATg > 1:1997786/1‑91 (MQ=255) ctgctgctTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATgg < 1:1493451/91‑1 (MQ=255) ctgctgctTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATgg < 1:1085085/91‑1 (MQ=255) ctgctgctTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATgg > 2:1683187/1‑91 (MQ=255) tgctgctTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGt > 1:2782924/1‑91 (MQ=255) tgctgctTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGt > 2:384320/1‑91 (MQ=255) tgctgctTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGt < 2:1955266/91‑1 (MQ=255) ctgctTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTg > 2:2352598/1‑81 (MQ=255) ctgctTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGc < 1:2649780/91‑1 (MQ=255) ttGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAata < 2:1147894/91‑1 (MQ=255) ttGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAata < 2:2805682/91‑1 (MQ=255) ttGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAata < 2:2801101/91‑1 (MQ=255) ttGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAata < 1:715647/91‑1 (MQ=255) ttGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAata < 1:1850283/91‑1 (MQ=255) tGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAatat < 1:3854371/91‑1 (MQ=255) tGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTAACACCTGAATATGGTGCAatat > 2:3120235/1‑91 (MQ=255) tttAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAatatat < 2:3035345/91‑1 (MQ=255) ttAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAAtatata > 2:3516818/1‑91 (MQ=255) ttAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATAtaataa < 1:2864175/91‑1 (MQ=255) aaTCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGaa < 2:2091633/68‑1 (MQ=255) aaTCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATgg < 2:1786850/91‑1 (MQ=255) atcatcATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATGga < 1:529466/91‑1 (MQ=255) tcatAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATGGAGAAg < 1:2694057/91‑1 (MQ=255) tcatAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATGGAGAAg < 1:566957/91‑1 (MQ=255) catAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATGGAGAAgg > 1:892658/1‑91 (MQ=255) catAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATGGAGAAgg < 1:2535889/91‑1 (MQ=255) catAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATGGAGAAgg > 2:2937165/1‑91 (MQ=255) atAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATGGAGAAGGt < 1:3342034/91‑1 (MQ=255) aaaCGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATGGAGAAGGTTc < 1:154735/91‑1 (MQ=255) aCGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATGGAGAAGGTTCAg < 1:849676/91‑1 (MQ=255) cGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATGGAGAAGGTTCAGa > 2:3107692/1‑91 (MQ=255) ttAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATGGAGAAGGTTCAGAAGc > 1:2921775/1‑91 (MQ=255) ttAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATGGAGAAGGTTCAGAAGc < 2:3581157/91‑1 (MQ=255) attcATGTTTAACGGTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATGGAGAAGGTTCAGAAGCTGa > 1:195854/4‑91 (MQ=255) aaaCATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATGGAGAAGGTTCAGAAGCTGa < 1:2122444/91‑1 (MQ=255) aaCATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATGGAGAAGGTTCAGAAGCTGAt > 2:3792106/1‑91 (MQ=255) aCATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATGGAGAAGGTTCAGAAGCTGAtg > 2:3013698/1‑91 (MQ=255) aCATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATGGAGAAGGTTCAGAAGCTGAtg < 1:3651241/91‑1 (MQ=255) aCATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATGGAGAAGGTTCAGAAGCTGAtg > 1:1407820/1‑91 (MQ=255) cATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATGGAGAAGGTTCAGAAGCTGAtgc < 1:2349017/91‑1 (MQ=255) aTGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATGGAGAAGGTTCAGAAGCTGAtgct > 2:1651294/1‑91 (MQ=255) tGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAatat < 1:1464901/58‑1 (MQ=255) tGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATGGAGAAGGTTCAGAAGCTGAtgctg < 1:2827164/91‑1 (MQ=255) tGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATGGAGAAGGTTCAGAAGCTGAtgctg < 2:2458969/91‑1 (MQ=255) tGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATGGAGAAGGTTCAGAAGCTGAtgctg > 1:2458969/1‑91 (MQ=255) tttACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATGGAGAAGGTTCAGAAGCTGATgctgct < 2:3562142/91‑1 (MQ=255) ttACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATGGAGAAGGTTCAGAAGCTGATGCTGCTa > 2:3400551/1‑91 (MQ=255) ttACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATGGAGAAGGTTCAGAAGCTGATGCTGCTa > 1:295810/1‑91 (MQ=255) tACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATCTAAAATAATGGAGAAGGTTCAGAAGCTGATGCTGCTac > 2:2934426/1‑91 (MQ=255) tACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATGGAGAAGGTTCAGAAGCTGATGCTGCTac > 2:863885/1‑91 (MQ=255) tACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATGGAGAACGTTCAGAAGCTGATGCTGCTac > 2:1022978/1‑91 (MQ=255) aCCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATGGAGAAGGTTCAGAAGCTGATGCTGCTaca < 2:2672539/91‑1 (MQ=255) aCCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATGGAGAAGGTTCAGAAGCTGATGCTGCTaca > 1:1002539/1‑91 (MQ=255) ccGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATGGAGAAGGTTCAGAAGCTGATGCTGCTacaa > 2:1861128/1‑91 (MQ=255) | CGACCTGGAGGTCTACGTAATAATAATGATAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATGGAGAAGGTTCAGAAGCTGATGCTGCTACAA > USA300TCH1516_ALE/2224327‑2224507 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |