| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,224,420 | T→G | 5.6% | N252T (AAC→ACC) | atpA ← | ATP synthase subunit alpha |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,224,420 | 0 | T | G | 5.6% | 657.3 / 25.9 | 195 | N252T (AAC→ACC) | atpA | ATP synthase subunit alpha |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (85/99); new base G (6/5); total (91/104) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.23e-01 | |||||||||||
Only 100 of 202 total aligned reads displayed.
CCTGGAGGTCTACGTAATAATAATGATAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATGGAGAAGGTTCAGAAGCTGATGCTGCTACAACA > USA300TCH1516_ALE/2224330‑2224509 | ccTGGAGGTCTACGTAATAATAGTGATAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGt < 2:2947786/91‑1 (MQ=255) cTGGAGGTCTACGTAATAATAATGATAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGtt > 1:2919413/1‑91 (MQ=255) cTGGAGGTCTACGTAATAATAATGATAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGtt > 1:3693628/1‑91 (MQ=255) cTGGAGGTCTACGTAATAATAATGATAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGtt > 1:73197/1‑91 (MQ=255) cTGGAGGTCTACGTAATAATAATGATAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTAAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGtt < 2:347067/91‑1 (MQ=255) tGGAGGTCTACGTAATAATAATGATAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTa > 1:3035345/1‑91 (MQ=255) ggAGGTCTACGTAATAATAATGATAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTaa < 2:1803754/91‑1 (MQ=255) gAGGTCTACGTAATAATAATGATAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTaaa < 2:649622/91‑1 (MQ=255) gAGGTCTACGTAATAATAATGATAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTaaa > 2:154735/1‑91 (MQ=255) aGGTCTACGTAATAATAATGATAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAAc > 2:2991402/1‑91 (MQ=255) aGGTCTACGTAATAATAATGATAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTAACGGTAAAc < 1:3551927/91‑1 (MQ=255) ggTCTACGTAATAATAATGATAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTAACGGTAAACa < 1:3187528/91‑1 (MQ=255) ggTCTACGTAATAATAATGATAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTAACGGTAAACa < 2:3624680/91‑1 (MQ=255) tCTACGTAATAATAATGATAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATg > 2:764746/1‑91 (MQ=255) tCTACGTAATAATAATGATAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATg < 2:2497068/91‑1 (MQ=255) tCTACGTAATAATAATGATAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATg < 1:1816989/91‑1 (MQ=255) tCTACGTAATAATAATGATAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATg < 2:356030/91‑1 (MQ=255) cTACGTAATAATAATGATAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGa < 2:1994602/91‑1 (MQ=255) aCGTAATAATAATGATAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATGATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAAt < 2:3195526/91‑1 (MQ=255) aCGTAATAATAATGATAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAAt < 2:48964/91‑1 (MQ=255) cGTAATAATAATGATAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAAtt > 2:64319/1‑91 (MQ=255) aataataatGATAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAAttctt > 1:2389159/1‑91 (MQ=255) ataatgatGATAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAAttcttc < 2:2888103/91‑1 (MQ=255) ataatgatGATAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAAttcttc < 2:3152115/91‑1 (MQ=255) ataataatGATAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAAttcttc > 1:3496823/1‑91 (MQ=255) ataataatGATAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAAttcttc < 2:3094790/91‑1 (MQ=255) ataataatGATAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAAttcttc > 1:1929462/1‑91 (MQ=255) ataatGATAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAAttcttc < 1:286458/88‑1 (MQ=255) aatGATAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCa < 1:1518343/91‑1 (MQ=255) atGATAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCAt > 1:282723/1‑91 (MQ=255) gATAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTg > 1:3861093/1‑91 (MQ=255) aTAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGt > 1:1413404/1‑91 (MQ=255) aTAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGt < 1:2923537/91‑1 (MQ=255) aTAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGt < 1:2924221/91‑1 (MQ=255) aTAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGt < 1:1192910/91‑1 (MQ=255) aCTCATGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTac < 2:3579541/91‑1 (MQ=255) aCTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTac > 2:2439649/1‑91 (MQ=255) cTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTaca > 1:3073684/1‑91 (MQ=255) aCGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCt < 2:1152965/91‑1 (MQ=255) cGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTACAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTg < 1:3878119/91‑1 (MQ=255) cGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTg < 2:1520138/91‑1 (MQ=255) cGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTg > 1:1325148/1‑91 (MQ=255) tAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAat < 2:2838079/91‑1 (MQ=255) tAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAat > 1:1873434/1‑91 (MQ=255) aGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAatat > 2:56991/1‑91 (MQ=255) aGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAatat > 2:56377/1‑91 (MQ=255) gctgctgctTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATg > 1:1997786/1‑91 (MQ=255) ctgctgctTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATgg > 2:1683187/1‑91 (MQ=255) ctgctgctTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATgg < 1:1085085/91‑1 (MQ=255) ctgctgctTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATgg < 1:1493451/91‑1 (MQ=255) ctgctTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTg < 1:2352598/81‑1 (MQ=255) ctgctTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTg > 2:2351722/1‑81 (MQ=255) ctgctTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGc > 1:680648/1‑91 (MQ=255) ttGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAata < 2:2803156/91‑1 (MQ=255) tGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAatat > 2:3810545/1‑91 (MQ=255) tGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTAACACCTGAATATGGTGCAatat > 2:3120235/1‑91 (MQ=255) gTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAatata > 2:1930719/1‑91 (MQ=255) gTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAatata > 2:2430834/1‑91 (MQ=255) tAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATataa < 1:3338116/91‑1 (MQ=255) aGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACGTGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCAGTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATataat < 2:293266/91‑1 (MQ=255) aGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATataat < 2:2270323/91‑1 (MQ=255) gTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATataata < 2:1107766/91‑1 (MQ=255) gTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATataata < 2:2541049/91‑1 (MQ=255) gTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATataata > 1:2484737/1‑91 (MQ=255) aaTCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATgg < 2:1786850/91‑1 (MQ=255) aaTCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATgg > 1:639546/1‑91 (MQ=255) atcatcATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATGga < 1:529601/91‑1 (MQ=255) tcatcaTAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATGgag < 1:2698895/91‑1 (MQ=255) atcatAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATGGAGaa > 1:219506/1‑91 (MQ=255) catAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAGTTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATGGAGAAgg > 2:2936963/1‑91 (MQ=255) tAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATGGAGAAGGtt < 1:853165/91‑1 (MQ=255) cGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATGGAGAAGGTTCAGa > 2:3107692/1‑91 (MQ=255) cGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATGGAGAAGGTTCAGa > 2:3020889/1‑91 (MQ=255) aTTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATGGAGAAGGTTCAGAAg < 1:2688201/91‑1 (MQ=255) tAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATGGAGAAGGTTCAGAAGCt > 1:2600078/1‑91 (MQ=255) tAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATGGAGAAGGTTCAGAAGCt > 1:913272/1‑91 (MQ=255) aaaaCATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATGGAGAAGGTTCAGAAGCTg < 2:2110858/91‑1 (MQ=255) aaaaCATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATGGAGAAGGTTCAGAAGCTg < 1:2800005/91‑1 (MQ=255) attcATGTTTAACGGTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATGGAGAAGGTTCAGAAGCTGa > 1:195854/4‑91 (MQ=255) aaaCATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATGGAGAAGGTTCAGAAGCTGa < 1:2122444/91‑1 (MQ=255) aaaCATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATGGAGAAGGTTCAGAAGCTGa < 1:1769003/91‑1 (MQ=255) aCATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATGGAGAAGGTTCAGAAGCTGAtg < 1:3648029/91‑1 (MQ=255) aCATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATGGAGAAGGTTCAGAAGCTGAtg > 1:1407820/1‑91 (MQ=255) cATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATGGAGAAGGTTCAGAAGCTGAtgc < 1:2349017/91‑1 (MQ=255) tGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAatat > 2:1464901/1‑58 (MQ=255) tGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAatat < 1:1464901/58‑1 (MQ=255) tGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATGGAGAAGGTTCAGAAGCTGAtgctg > 1:490534/1‑91 (MQ=255) gTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATGGAGAAGGTTCAGAAGCTGAtgctgc > 1:155451/1‑91 (MQ=255) gTTTAACGGTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCACTATATAATAATGGAGAAGGCTCAGAAGCTGAtgctgc > 2:880528/1‑91 (MQ=255) gTTTAACGGTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATGGAGAAGGTTCAGAAGCTGAtgctgc > 2:2788368/1‑91 (MQ=255) tttAACGGTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATGGAGAAGGTTCAGAAGCTGATgctgct > 2:396947/1‑91 (MQ=255) ttACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATGGAGAAGGTTCAGAAGCTGATGCTGCTa > 2:3400551/1‑91 (MQ=255) tACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATGGAGAAGGTTCAGAAGCTGATGCTGCTac > 2:1978903/1‑91 (MQ=255) tACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATGGAGAAGGTTCAGAAGCTGATGCTGCTac > 2:863842/1‑91 (MQ=255) tACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATGGAGAACGTTCAGAAGCTGATGCTGCTac > 2:1022978/1‑91 (MQ=255) aCCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATGGAGAAGGTTCAGAAGCTGATGCTGCTaca < 2:1069326/91‑1 (MQ=255) aCCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATGGAGAAGGTTCAGAAGCTGATGCTGCTaca > 1:1002539/1‑91 (MQ=255) ccGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATGGAGAAGGTTCAGAAGCTGATGCTGCTacaa > 2:1860994/1‑91 (MQ=255) cGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATGGAGAAGGTTCAGAAGCTGATGCTGCTacaac < 2:3496823/91‑1 (MQ=255) gTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATGGAGAAGGTTCAGAAGCTGATGCTGCTacaaca > 1:2281020/1‑91 (MQ=255) | CCTGGAGGTCTACGTAATAATAATGATAACTCACGATAAGCTGCTGCTTGTTTAGTTAAATCATCATAAACGATTAAAACATGTTTACCGTTAAACATGAATTCTTCACCCATTGTTACACCTGAATATGGTGCAATATATAATAATGGAGAAGGTTCAGAAGCTGATGCTGCTACAACA > USA300TCH1516_ALE/2224330‑2224509 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |