| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,243,494 | A→T | 7.5% | intergenic (+72/+37) | USA300HOU_RS11475 → / ← pyrG | hypothetical protein/CTP synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,243,494 | 0 | A | T | 7.5% | 785.9 / 37.9 | 234 | intergenic (+72/+37) | USA300HOU_RS11475/pyrG | hypothetical protein/CTP synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (107/109); new base T (3/15); total (110/124) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.10e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 242 total aligned reads displayed.
AAGAGACTTAGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTAAAAATCGG > USA300TCH1516_ALE/2243404‑2243584 | aaGAGACTTAGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCaa > 2:2343242/1‑91 (MQ=255) gagaCTTAGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATg > 1:1449355/1‑91 (MQ=255) gaCTTAGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGtt < 1:449944/91‑1 (MQ=255) cTTAGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTAGTTTCAATGTTTa < 1:2972620/91‑1 (MQ=255) cTTAGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTAGTTTCAATGTTTa < 1:2971819/91‑1 (MQ=255) cTTAGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCATTGttaa < 1:2323497/91‑3 (MQ=255) 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aaGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTAc < 1:638821/91‑1 (MQ=255) aaGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTAc < 2:3580947/91‑1 (MQ=255) aGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTAcc < 2:1986963/91‑1 (MQ=255) aGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTAcc < 1:2835994/91‑1 (MQ=255) gTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCg < 1:2735119/91‑1 (MQ=255) tCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACGTAATATTAAAATTATACGAAAAGCCGGTACGTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCgg < 1:611693/91‑1 (MQ=255) ttGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTttat > 1:783074/1‑91 (MQ=255) gTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTttatta < 1:1304690/91‑1 (MQ=255) 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atatTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTACTTATTTTGTTGATAttt > 2:1796292/1‑91 (MQ=255) tatTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATAtttt > 1:796028/1‑91 (MQ=255) tatTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATAtttt > 2:60143/1‑91 (MQ=255) atTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTa > 2:811701/1‑91 (MQ=255) tAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAAt > 1:2424354/1‑91 (MQ=255) aaaaTTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATg > 2:3663054/1‑91 (MQ=255) aaaaTTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATg > 2:151896/1‑91 (MQ=255) aaTTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTGTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGaa < 2:3186863/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |