| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 115,755 | T→A | 13.2% | intergenic (+22/‑129) | btr → / → yxeP_1 | HTH‑type transcriptional activator Btr/putative hydrolase YxeP |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 115,755 | 0 | T | A | 13.2% | 622.9 / 75.0 | 214 | intergenic (+22/‑129) | btr/yxeP_1 | HTH‑type transcriptional activator Btr/putative hydrolase YxeP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (90/94); new base A (22/6); total (113/101) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.00e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.75e-01 | |||||||||||
Only 100 of 220 total aligned reads displayed.
CATTAAACATTAAAATGATTACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACATCTCTGTTGTTGGCAATATAAATAA > USA300TCH1516_ALE/115666‑115844 | cattaaacattaaaATGATTACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAAtttt > 2:2990040/1‑91 (MQ=255) ttaaacattaaaATGATTACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGa < 1:1044155/91‑1 (MQ=255) aaacattaaaATGATTACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGata > 1:2184353/1‑91 (MQ=255) aacattaaaATGATTACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGatat > 1:28660/1‑91 (MQ=255) acattaaaATGATTACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGAtata < 2:3119664/91‑1 (MQ=255) cattaaaATGATTACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑c < 2:1789536/91‑1 (MQ=255) attaaaATGATTACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑Ca > 2:1750198/1‑91 (MQ=255) ttaaaATGATTACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CAt < 1:1926522/91‑1 (MQ=255) taaaATGATTACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATa > 2:3308352/1‑91 (MQ=255) taaaATGATTACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATa > 1:1565641/1‑91 (MQ=255) taaaATGATTACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATa < 2:1386297/91‑1 (MQ=255) aTGATTACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAAttt < 2:1442723/91‑1 (MQ=255) aTGATTACGAATGGGATTAACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAAttt > 2:3063947/1‑91 (MQ=255) tGATTACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTtg < 2:684201/91‑1 (MQ=255) tGATTACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTtg < 1:3659418/91‑1 (MQ=255) aTTACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTATG‑TATATCAAAATTtgtg < 1:1082539/91‑1 (MQ=37) tACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGAt > 1:2886003/1‑91 (MQ=255) aCGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGAtt < 1:1205158/91‑1 (MQ=255) cGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGAttt > 1:1338398/1‑91 (MQ=255) cGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGAttt < 1:2757649/91‑1 (MQ=255) cGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTATG‑TATATCAAAATTTGTGAttt < 1:1762629/91‑1 (MQ=25) gAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGAtttt > 1:717251/1‑91 (MQ=255) 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gggATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTtat < 2:2943428/91‑1 (MQ=255) ggATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTtata > 1:5404/1‑91 (MQ=255) gATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTatat > 1:2013145/1‑91 (MQ=255) aTTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATAtt < 1:3741724/91‑1 (MQ=255) tCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCa > 2:3408626/1‑91 (MQ=255) tCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCa > 1:2406748/1‑91 (MQ=255) cACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCaa > 1:285198/1‑91 (MQ=255) cTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAg < 2:2810558/91‑1 (MQ=255) 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aaaaCGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCaa > 1:76822/1‑91 (MQ=255) aaaCGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCaaa > 1:845764/1‑91 (MQ=255) aCGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCaaaaa < 2:394274/91‑1 (MQ=255) cGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCaaaaaa < 2:792544/91‑1 (MQ=255) gTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAAt > 2:2595678/1‑91 (MQ=255) gTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATGCGGATATA‑CATAATTTGGGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAAt > 2:1556423/1‑91 (MQ=255) ttACGCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAAtt < 1:3234926/91‑1 (MQ=255) ttACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAAtt < 1:3038096/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |