| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,273,482 | T→A | 6.4% | F136L (TTT→TTA) | mtlA → | PTS system mannitol‑specific EIICB component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,273,482 | 0 | T | A | 6.4% | 630.6 / 24.9 | 187 | F136L (TTT→TTA) | mtlA | PTS system mannitol‑specific EIICB component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (91/84); new base A (5/7); total (96/91) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.60e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.42e-01 | |||||||||||
Only 100 of 211 total aligned reads displayed.
ATGATTATGGGTCCACTTGTTGGTTGGTTAATGAAGAAGACCGACCAATTGATTCAACCTAGAACGCCGCAAGGTTTTGAAATGTTATTTAATAACTTTTCTGCTGGTATTTTAGGATTTATCATGACGATTGCAGGATTTAAAATTTTAGCACCACTTATGAAATTTATTATGCATAT > USA300TCH1516_ALE/2273393‑2273571 | aTGATTATGGGTCCACTTGTTGGTTGGTTAATGAAGAAGACCGACCAATTGATTCAACCTAGAACGCCGCAAGGTTTTGAAATGTTATTta < 1:428663/91‑1 (MQ=255) tGATTATGGGTCCACTTGTTGGTTGGTTAATGAAGAAGACCGACCAATTGATTCAACCTAGAACGCCGCAAGGTTTTGAAATGTTATTtaa < 2:477664/91‑1 (MQ=255) tGATTATGGGTCCACTTGTTGGTTGGTTAATGAAGAAGACCGACCAATTGATTCAACCTAGAACGCCGCAAGGTTTTGAAATGTTATTtaa > 2:3071322/1‑91 (MQ=255) tGATTATGGGTCCACTTGTTGGTTGGTTAATGAAGAAGACCGACCAATTGATTCAACCTAGAACGCCGCAAGGTTTTGAAATGTTATTtaa > 2:170525/1‑91 (MQ=255) gATTATGGGTCCACTTGTTGGTTGGTTAATGAAGAAGACCGACCAATTGATTCAACCTAGAACGCCGCAAGGTTTTGAAATGTTATTtaat < 1:365923/91‑1 (MQ=255) gATTATGGGTCCACTTGTTGGTTGGTTAATGAAGAAGACCGACCAATTGATTCAACCTAGAACGCCGCAAGGTTTTGAAATGTTATTtaat < 2:3546429/91‑1 (MQ=255) ttATGGGTCCACTTGTTGGTTGGTTAATGAAGAAGACCGACCAATTGATTCAACCTAGAACGCCGCAAGGTTTTGAAATGTTATTtaataa < 1:1106718/91‑1 (MQ=255) ttATGGGTCCACTTGTTGGTTGGTTAATGAAGAAGACCGACCAATTGATTCAACCTAGAACGCCGCAAGGTTTTGAAATGTTATTtaataa < 2:1679674/91‑1 (MQ=255) ttATGGGTCCACTTGTTGGTTGGTTAATGAAGAAGACCGACCAATTGATTCAACCTAGAACGCCGCAAGGTTTTGAAATGTTATTtaataa < 2:2634897/91‑1 (MQ=255) aTGGGTCCACTTGTTGGTTGGTTAATGAAGAAGACCGACCAATTGATTCAACCTAGAACGCCGCAAGGTTTTGAAATGTTATTTAATAACt < 1:1102523/91‑1 (MQ=255) aTGGGTCCACTTGTTGGTTGGTTAATGAAGAAGACCGACCAATTGATTCAACCTAGAACGCCGCAAGGTTTTGAAATGTTATTTAATAACt < 2:1963855/91‑1 (MQ=255) tGGGTCCACTTGTTGGTTGGTTAATGAAGAAGACCGACCAATTGATTCAACCTAGAACGCCGCAAGGTTTTGAAAAGTTATTAAATAAcat < 1:3152578/91‑3 (MQ=255) gTCCACTTGTTGGTTGGTTAATGAAGAAGACCGACCAATTGATTCAACCTAGAACGCCGCAAGGTTTTGAAAAGTTATTAAATAACATTTc < 1:820774/91‑1 (MQ=255) tCCACTTGTTGGTTGGTTAATGAAGAAGACCGACCAATTGATTCAACCTAGAACGCCGCAAGGTTTTGAAATGTTATTTAATAACTTTTct < 2:2906405/91‑1 (MQ=255) 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ttgttgGTTGGTTAATGAAGAAGACCGACCAATTGATTCAACCTAGAACGCCGCAAGGTTTTGAAATGTTATTTAATAACTTTTCTGCTgg < 2:328950/91‑1 (MQ=255) tgttgGTTGGTTAATGAAGAAGACCGACCAATTGATTCAACCTAGAACGCCGCAAGGTTTTGAAATGTTATTTAATAACTTTTCTGCTGGt > 1:216648/1‑91 (MQ=255) tgttgGTTGGTTAATGAAGAAGACCGACCAATTGATTCAACCTAGAACGCCGCAAGGTTTTGAAATGTTATTTAATAACTTTTCTGCTGGt > 2:2723640/1‑91 (MQ=255) gttggttgGTTAATGAAGAAGACCGACCAATTGATTCAACCTAGAACGCCGCAAGGTTTTGAAATGTTATTTAATAACTTTTCTGCTGGTa < 2:573787/91‑1 (MQ=255) ttggttggTTAATGAAGAAGACCGACCAATTGATTCAACCTAGAACGCCGCAAGGTTTTGAAATGTTATTTAATAACTTTTCTGCTGGTAt > 2:1576194/1‑91 (MQ=255) ttggttggTTAATGAAGAAGACCGACCAATTGATTCAACCTAGAACGCCGCAAGGTTTTGAAATGTTATTTAATAACTTTTCTGCTGGTAt < 2:3135388/91‑1 (MQ=255) ttggttggTTAATGAAGAAGACCGACCAATTGATTCAACCTAGAACGCCGCAAGGTTTTGAAATGTTATTTAATAACTTTTCTGCTGGTAt < 1:3449173/91‑1 (MQ=255) ttggttAATGAAGAAGACCGACCAATTGATTCAACCTAGAACGCCGCAAGGTTTTGAAATGTTATTtaataa < 2:2966317/72‑1 (MQ=255) ttggttAATGAAGAAGACCGACCAATTGATTCAACCTAGAACGCCGCAAGGTTTTGAAATGTTATTtaataa > 1:2966317/1‑72 (MQ=255) ttggttAATGAAGAAGACCGACCAATTGATTCAACCTAGAACGCCGCAAGGTTTTGAAATGTTATTTAATAACTTTTCTGCTGGTATTTTa < 1:2959022/91‑1 (MQ=255) ggttAATGAAGAAGACCGACCAATTGATTCAACCTAGAACGCCGCAAGGTTTTGAAATGTTATTTAATAACTTTTCTGCTGGTATTTTAgg > 2:3876190/1‑91 (MQ=255) tAATGAAGAAGACCGACCAATTGATTCAACCTAGAACGCCGCAAGGTTTTGAAATGTTATTTAATAACTTTTCTGCTGGTATTTTAGGAtt > 2:1152944/1‑91 (MQ=255) aTGAAGAAGACCGACCAATTGATTCAACCTAGAACGCCGCAAGGTTTTGAAATGTTATTTAATAACTTTTCTGCTGGTATTTTAGGATTTa < 2:3182612/91‑1 (MQ=255) tGAAGAAGACCGACCAATTGATTCAACCTAGAACGCCGCAAGGTTTTGAAATGTTATTTAATAACTTTTCTGCTGGTATTTTAGGATTTAt > 2:283976/1‑91 (MQ=255) tGAAGAAGACCGACCAATTGATTCAACCTAGAACGCCGCAAGGTTTTGAAATGTTATTTAATAACTTTTCTGCTGGTATTTTAGGATTTAt < 2:3686350/91‑1 (MQ=255) gaagaaGACCGACCAATTGATTCAACCTAGAACGCCGCAAGGTTTTGAAATGTTATTTAATAACTTTTCTGCTGGTATTTTAGGATTTATc < 1:723954/91‑1 (MQ=255) gaccgaccAATTGATTCAACCTAGAACGCCGCAAGGTTTTGAAATGTTATTTAATAACTTTTCTGCTGGTATTTTAGGATTTATCATGACg < 1:390882/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |