| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,273,489 | T→A | 5.6% | F139I (TTT→ATT) | mtlA → | PTS system mannitol‑specific EIICB component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,273,489 | 0 | T | A | 5.6% | 660.2 / 22.5 | 198 | F139I (TTT→ATT) | mtlA | PTS system mannitol‑specific EIICB component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (94/92); new base A (9/2); total (104/94) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.11e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.47e-01 | |||||||||||
Only 100 of 205 total aligned reads displayed.
ATGGGTCCACTTGTTGGTTGGTTAATGAAGAAGACCGACCAATTGATTCAACCTAGAACGCCGCAAGGTTTTGAAATGTTATTTAATAACTTTTCTGCTGGTATTTTAGGATTTATCATGACGATTGCAGGATTTAAAATTTTAGCACCACTTATGAAATTTATTATGCATATTTTATCAG > USA300TCH1516_ALE/2273399‑2273579 | aTGGGTCCACTTGTTGGTTGGTTAATGAAGAAGACCGACCAATTGATTCAACCTAGAACGCCGCAAGGTTTTGAAATGTTATTTAATAACt < 2:1963855/91‑1 (MQ=255)aTGGGTCCACTTGTTGGTTGGTTAATGAAGAAGACCGACCAATTGATTCAACCTAGAACGCCGCAAGGTTTTGAAATGTTATTTAATAACt > 1:2832332/1‑91 (MQ=255) gTCCACTTGTTGGTTGGTTAATGAAGAAGACCGACCAATTGATTCAACCTAGAACGCCGCAAGGTTTTGAAATGTTATTTAATAACTTTTc < 2:3550492/91‑1 (MQ=255) tCCCCTTGGTGGTTGGTTTATGAAGCAGACCGAGCAATTGATGCAACCTAGAACGCCGCAAGGTTTTGAAATGTTATTTAATAACTTTTct < 1:3182918/91‑1 (MQ=255) tCCACTTGTTGGTTGGTTAATGAAGAAGACCGACCAATTGATTCAACCTAGAACGCCGCAAGGTTTTGAAATGTTATTTAATAACTTTTct < 2:2906405/91‑1 (MQ=255) ccACTTGTTGGTTGGTTAATGAAGAAGACCGACCAATTGATTCAACCTAGAACGCCGCAAGGTTTTGAAATGTTATTTAATAACTTTTctg < 2:3727838/91‑1 (MQ=255) 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tAATGAAGAAGACCGACCAATTGATTCAACCTAGAACGCCGCAAGGTTTTGAAATGTTATTTAATAACTTTTCTGCTGGTATTTTAGGAtt > 2:2639818/1‑91 (MQ=255) tAATGAAGAAGACCGACCAATTGATTCAACCTAGAACGCCGCAAGGTTTTGAAATGTTATTTAATAACTTTTCTGCTGGTATTTTAGGAtt < 1:25546/91‑1 (MQ=255) aTGAAGAAGACCGACCAATTGATTCAACCTAGAACGCCGCAAGGTTTTGAAATGTTATTTAATAACTTTTCTGCTGGTATTTTAGGATTTa < 2:3182612/91‑1 (MQ=255) tGAAGAAGACCGACCAATTGATTCAACCTAGAACGCCGCAAGGTTTTGAAATGTTATTTAATAACTTTTCTGCTGGTATTTTAGGATTTAt > 2:283976/1‑91 (MQ=255) tGAAGAAGACCGACCAATTGATTCAACCTAGAACGCCGCAAGGTTTTGAAATGTTATTTAATAACTTTTCTGCTGGTATTTTAGGATTTAt < 2:3686350/91‑1 (MQ=255) gaagaaGACCGACCAATTGATTCAACCTAGAACGCCGCAAGGTTTTGAAATGTTATTTAATAACTTTTCTGCTGGTATTTTAGGATTTATc > 2:2404729/1‑91 (MQ=255) agaagaCCGACCAATTGATTCAACCTAGAACGCCGCAAGGTTTTGAAATGTTATTTAATAACTTTTCTGCTGGTATTTTAGGATTTATCAt > 1:3648208/1‑91 (MQ=255) gaccgaccAATTGATTCAACCTAGAACGCCGCAAGGTTTTGAAATGTTATTTAATAACTTTTCTGCTGGTATTTTAGGATTTATCATGACg < 1:390882/91‑1 (MQ=255) 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ataaCTTTTCTGCTGGTATTTTAGGATTTATCATGACGATTGCAGGATTTAAAATTTTAGCACCACTTATGAAATTTATTATGCATAtttt < 2:474202/91‑1 (MQ=255) taaCTTTTCTGCTGGTATTTTAGGATTTATCATGACGATTGCAGGATTTAAAATTTTAGCACCACTTATGAAATTTATTATGCATATTTTa < 2:121041/91‑1 (MQ=255) aaCTTTTCTGCTGGTATTTTAGGATTTATCATGACGATTGCAGGATTTAAAATTTTAGCACCACTTATGAAATTTATTATGCATATTTTAt > 1:641817/1‑91 (MQ=255) cTTTTCTGCTGGTATTTTAGGATTTATCATGACGATTGCAGGATTTAAAATTTTAGCACCACTTATGAAATTTATTATGCATATTTTATCa < 1:2125178/91‑1 (MQ=255) cTTTTCTGCTGGTATTTTAGGATTTATCATGACGATTGCAGGATTTAAAATTTTAGCACCACTTATGAAATTTATTATGCATATTTTATCa > 2:683113/1‑91 (MQ=255) ttttCTGCTGGTATTTTAGGATTTATCATGACGATTGCAGGATTTAAAATTTTAGCACCACTTATGAAATTTATTATGCATATTTTATCAg > 1:727706/1‑91 (MQ=255) | ATGGGTCCACTTGTTGGTTGGTTAATGAAGAAGACCGACCAATTGATTCAACCTAGAACGCCGCAAGGTTTTGAAATGTTATTTAATAACTTTTCTGCTGGTATTTTAGGATTTATCATGACGATTGCAGGATTTAAAATTTTAGCACCACTTATGAAATTTATTATGCATATTTTATCAG > USA300TCH1516_ALE/2273399‑2273579 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |