| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,275,552 | C→T | 5.4% | T302I (ACA→ATA) | mtlR → | Transcriptional regulator MtlR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,275,552 | 0 | C | T | 5.4% | 677.8 / 15.8 | 203 | T302I (ACA→ATA) | mtlR | Transcriptional regulator MtlR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (83/109); new base T (3/8); total (86/117) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.61e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 225 total aligned reads displayed.
GTCAAATATATGACGTCACGTTTAATCAGGCAGAAATTGCTTTCATTACTATCCATTTACGTGGAGCTAAACGAAAAAATCTTAATGATACATCATTAAATAATCGTTGTGAAGAAAACAAAATTAAAGCGTTTGTTAACAAAGTAGAAATGATTTCCGGTATGACATTTGCAGATTTGGA > USA300TCH1516_ALE/2275462‑2275642 | gTCAAATATATGACGTCACGTTTAATCAGGCAGAAATTGCTTTCATTACTATCCATTTACGTGGAGCTAAACGAAAAAATCTTAATGATAc < 2:2526285/91‑1 (MQ=255) tCAAATATATGACGTCACGTTTAATCAGGCAGAGATTGCTTTCATTACTATCCATTTACGTGGAGCTAAACGAAAAAATCTTAATGATAca < 1:3184793/91‑1 (MQ=255) tCAAATATATGACGTCACGTTTAATCAGGCAGAAATTGCTTTCATTACTATCCATTTACGTGGAGCTAAACGAAAAAATCTTAATGATAca < 1:2850638/91‑1 (MQ=255) cAAATATATGACGTCACGTTTAATCAGGCAGAAATTGCTTTCATTACTATCCATTTACGTGGAGCTAAACGAAAAAATCTTAATGATAcat < 1:1020873/91‑1 (MQ=255) atatatGACGTCACGTTTAATCAGGCAGAAATTGCTTTCATTACTATCCATTTACGTGGAGCTAAACGAAAAAATCTTAATGATAcatcat > 1:2528213/1‑91 (MQ=255) atatatGACGTCACGTTTAATCAGGCAGAAATTGCTTTCATTACTATCCATTTACGTGGAGCTAAACGAAAAAATCTTAATGATAcatcat > 1:2526530/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |