| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,328,872 | G→C | 12.0% | F264L (TTC→TTG) | lacE ← | PTS system lactose‑specific EIICB component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,328,872 | 0 | G | C | 12.0% | 661.2 / 70.0 | 216 | F264L (TTC→TTG) | lacE | PTS system lactose‑specific EIICB component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (95/95); new base C (10/16); total (105/111) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.01e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.33e-01 | |||||||||||
Only 100 of 223 total aligned reads displayed.
TGTTGCACCCGTACCTCCAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACGGACCATGAATACCTACAAACCAGAATAATGCA > USA300TCH1516_ALE/2328782‑2328962 | tGTTGCACCCGTACCTCCAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTg > 2:1776042/1‑91 (MQ=255)tGTTGCACCCGTACCTCCAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTg > 2:2191118/1‑91 (MQ=255)tGTTGCACCCGTACCTCCAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTg < 2:3217352/91‑1 (MQ=255) gTTGCACCCGTACCTCCAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGa < 1:3046060/91‑1 (MQ=255) gTTGCACCCGTACCTCCAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGa < 2:1813518/91‑1 (MQ=255) gTTGCACCCGTACCTCCAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGa > 1:2647810/1‑91 (MQ=255) cttGCACCCGTACCTCCAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGa < 2:3861858/90‑1 (MQ=255) gCACCCGTACCTCCAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGt < 2:753638/91‑1 (MQ=255) cACCCGTACCTCCAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGCGAACTTCAAGt < 2:67303/91‑1 (MQ=255) cACCCGTACCTCCAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGCGAACTTCAAGt < 2:519649/91‑1 (MQ=255) cACCCGTACCTCCAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGCGAACTTCAAGt < 1:2311738/91‑1 (MQ=255) ccccGTACCTCCAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGCGAACTTCAAGtt < 2:3563775/90‑1 (MQ=255) aCCCGTACCTCCAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGCGAACTTCAAGtt < 2:201041/91‑1 (MQ=255) cccGTACCTCCAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGCGAACTTCAAGttg < 1:3651600/91‑2 (MQ=255) cGTACCTCCAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGCGAACTTCAAGttgct < 1:2518466/91‑4 (MQ=255) cGTACCTCCAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCt < 1:1160837/91‑1 (MQ=255) cGTACCTCCAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCt < 1:601358/91‑1 (MQ=255) gTACCTCCAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGCGAACTTCAAGttgctt < 1:2570140/91‑5 (MQ=255) tACCTCCAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTc < 2:3082757/91‑1 (MQ=255) tACCTCCAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTc < 1:3809995/91‑1 (MQ=255) tACCTCCAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTc < 1:189625/91‑1 (MQ=255) aCCTCCAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCg > 1:3722177/1‑91 (MQ=255) aCCTCCAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCg < 2:3701958/91‑1 (MQ=255) aCCTCCAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCg < 2:373437/91‑1 (MQ=255) ccTCCAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGa < 1:1039344/91‑1 (MQ=255) cTCCAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGat > 2:1897727/1‑91 (MQ=255) cAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATAtt > 2:1221405/1‑91 (MQ=255) aaaTGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTc > 2:2394906/1‑91 (MQ=255) aaTGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCg > 1:3163294/1‑91 (MQ=255) aaTGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCg < 1:1500538/91‑1 (MQ=255) aaTGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCg > 1:87573/1‑91 (MQ=255) aTGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGc < 1:2094901/91‑1 (MQ=255) aTGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGGTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGc < 2:2942829/91‑1 (MQ=255) gTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCat < 2:3342524/91‑1 (MQ=255) gTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCat < 2:2263924/91‑1 (MQ=255) gTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCat < 1:3770446/91‑1 (MQ=255) tAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCata > 1:4920/1‑91 (MQ=255) aCGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATg < 2:1679498/91‑1 (MQ=255) aCGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATg > 1:2442044/1‑91 (MQ=255) cGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGt > 1:989964/1‑91 (MQ=255) cGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGt < 1:3120963/91‑1 (MQ=255) gATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTa > 1:769559/1‑91 (MQ=255) tagaCATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAAt < 2:1654028/88‑1 (MQ=255) tAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAAt < 1:2610853/91‑1 (MQ=255) tAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAAt > 2:1951004/1‑91 (MQ=255) tAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAAt < 1:1376521/91‑1 (MQ=255) cATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AGCTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCt < 2:3317036/91‑1 (MQ=255) cATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCt > 2:907708/1‑91 (MQ=255) cATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTAGAAGA‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCt < 2:127299/91‑1 (MQ=255) tttGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGc > 1:1000587/1‑91 (MQ=255) tttGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGc > 1:272788/1‑91 (MQ=255) gtgtACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑TACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAAt < 2:2988220/91‑1 (MQ=255) gtgtACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAAt < 2:59625/91‑1 (MQ=255) tgtACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAAtt > 2:2653154/1‑91 (MQ=255) tACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGc < 2:1101559/91‑1 (MQ=255) ccTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTg < 1:1564069/91‑1 (MQ=255) aTGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGctc < 1:1142832/91‑1 (MQ=255) gTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTa < 2:810803/91‑1 (MQ=255) taataaTTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTAc > 1:2046303/1‑91 (MQ=255) ataatTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACaa < 2:2305623/91‑1 (MQ=255) ataatTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACaa > 1:3850184/1‑91 (MQ=255) aatTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAAtt > 1:1876802/1‑91 (MQ=255) aatTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAAtt > 2:2534365/1‑91 (MQ=255) aatTTTATCTGCGTGTTCCCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACaact > 2:1260990/1‑89 (MQ=255) ttttATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGa > 2:1436361/1‑91 (MQ=255) aTCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACGGa > 1:2116665/1‑91 (MQ=255) tCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTTGCTCTACAATTGACGGAc > 2:3544845/1‑91 (MQ=255) tCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACGGAc < 1:2865255/91‑1 (MQ=255) cTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCGTATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACGGAcc < 1:3367303/91‑1 (MQ=255) tGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACGGACCa > 1:2340436/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |