| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,346,305 | C→A | 9.2% | intergenic (‑212/+978) | alsS ← / ← USA300HOU_RS11980 | Acetolactate synthase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,346,305 | 0 | C | A | 9.2% | 692.0 / 42.8 | 210 | intergenic (‑212/+978) | alsS/USA300HOU_RS11980 | Acetolactate synthase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (96/94); new base A (17/3); total (113/97) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.82e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 216 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |