| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,359,112 | A→T | 6.2% | G90G (GGT→GGA) | rpsK ← | 30S ribosomal protein S11 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,359,112 | 0 | A | T | 6.2% | 696.3 / 24.1 | 207 | G90G (GGT→GGA) | rpsK | 30S ribosomal protein S11 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (100/94); new base T (9/4); total (109/98) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.61e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 213 total aligned reads displayed.
ACCGTTATGAGGTACTGGAGTAACGTCTCTGATCGCAGTTACTTCTAAACCTGCAGATTGTAATGCACGAATAGCTGATTCACGACCTGGACCAGGTCCTTTAACTGTTACTTCAACTGTTTTTAAACCATGCTCCATAGCTGATTTAGATGCAGTTTCAGAAGCCATTTGTGCTGCAAAT > USA300TCH1516_ALE/2359022‑2359202 | aCCGTTATGAGGTACTGGAGTAACGTCTCTGATCGCAGTTACTTCTAAACCTGCAGATTGTAATGCACGAATAGCTGATTCACGACCTGGa > 1:438877/1‑91 (MQ=255) cGTTATGAGGTACTGGAGTAACGTCTCTGATCGCAGTTACTTCTAAACCTGCAGATTGTAATGCACGAATAGCTGATTCACGACCTGGAcc > 1:2877316/1‑91 (MQ=255) cGTTATGAGGTACTGGAGTAACGTCTCTGATCGCAGTTACTTCTAAACCTGCAGATTGTAATGCACGAATAGCTGATTCACGACCTGGAcc > 2:2249464/1‑91 (MQ=255) gTTATGAGGTACTGGAGTAACGTCTCTGATCGCAGTTACTTCTAAACCTGCAGATTGTAATGCACGAATAGCTGATTCACGACCTGGTCCa < 1:638396/91‑1 (MQ=255) ttATGAGGTACTGGAGTAACGTCTCTGATCGCAGTTACTTCTAAACCTGCAGATTGTAATGCACGAATAGCTGATTCACGACCTGGTCCAg < 1:231218/91‑1 (MQ=255) ttATGAGGTACTGGAGTAACGTCTCTGATCGCAGTTACTTCTAAACCTGCAGATTGTAATGCACGAATAGCTGATTCACGACCTGGACCAg < 1:599215/91‑1 (MQ=255) tATGAGGTACTGGAGTAACGTCTCTGATCGCAGTTACTTCTAAACCTGCAGATTGTAATGCACGAATAGCTGATTCACGACCTGGACCAgg < 2:3190576/91‑1 (MQ=255) tATGAGGTACTGGAGTAACGTCTCTGATCGCAGTTACTTCTAAACCTGCAGATTGTAATGCACGAATAGCTGATTCACGACCTGGACCAgg > 2:1841979/1‑91 (MQ=255) aTGAGGTACTGGAGTAACGTCTCTGATCGCAGTTACTTCTAAACCTGCAGATTGTAATGCACGAATAGCTGATTCACGACCTGGACCAGGt > 2:2141756/1‑91 (MQ=255) tGAGGTACTGGAGTAACGTCTCTGATCGCAGTTACTTCTAAACCTGCAGATTGTAATGCACGAATAGCTGATTCACGACCTGGTCCAGGTc < 2:3263230/91‑1 (MQ=255) tGAGGTACTGGAGTAACGTCTCTGATCGCAGTTACTTCTAAACCTGCAGATTGTAATGCACGAATAGCTGATTCACGACCTGGACCAGGTc > 2:3830739/1‑91 (MQ=255) gAGGTACTGGAGTAACGTCTCTGATCGCAGTTACTTCTAAACCTGCAGATTGTAATGCACGAATAGCTGATTCACGACCTGGACCAGGTcc > 2:3696388/1‑91 (MQ=255) gAGGTACTGGAGTAACGTCTCTGATCGCAGTTACTTCTAAACCTGCAGATTGTAATGCACGAATAGCTGATTCACGACCTGGACCAGGTcc < 2:710566/91‑1 (MQ=255) aGGTACTGGAGTAACGTCTCTGATCGCAGTTACTTCTAAACCTGCAGATTGTAATGCACGAATAGCTGATTCACGACCTGGACCAGGTCCt < 1:1361082/91‑1 (MQ=255) ggTACTGGAGTAACGTCTCTGATCGCAGTTACTTCTAAACCTGCAGATTGTAATGCACGAATAGCTGATTCACGACCTGGACCAGGTCCtt < 1:2027083/91‑1 (MQ=255) cTGGAGTAACGTCTCTGATCGCAGTTACTTCTAAACCTGCAGATTGTAATGCACGAATAGCTGATTCACGACCTGGACCAGGTCCTTTAAc > 1:3031136/1‑91 (MQ=255) gAGTAACGTCTCTGATCGCAGTTACTTCTAAACCTGCAGATTGTAATGCACGAATAGCTGATTCACGACCTGGACCAGGTCCTTTAACTGt > 1:3433650/1‑91 (MQ=255) gAGTAACGTCTCTGATCGCAGTTACTTCTAAACCTGCAGATTGTAATGCACGAATAGCTGATTCACGACCTGGACCAGGTCCTTTAACTGt > 2:2974635/1‑91 (MQ=255) gTAACGTCTCTGATCGCAGTTACTTCTAAACCTGCAGATTGTAATGCACGAATAGCTGATTCACGACCTGGACCAGGTCCTTTAACTGTTa > 2:828663/1‑91 (MQ=255) tAACGTCTCTGATCGCAGTTACTTCTAAACCTGCAGATTGTAATGCACGAATAGCTGATTCACGACCTGGACCAGGTCCTTTAACTGTTAc > 1:3651064/1‑91 (MQ=255) cGTCTCTGATCGCAGTTACTTCTAAACCTGCAGATTGTAATGCACGAATAGCTGATTCACGACCTGGACCAGGTCCTTTAACTGTTACTTc < 1:395679/91‑1 (MQ=255) cGTCTCTGATCGCAGTTACTTCTAAACCTGCAGATTGTAATGCACGAATAGCTGATTCACGACCTGGACCAGGTCCTTTAACTGTTACTTc > 2:2841983/1‑91 (MQ=255) tctcTGATCGCAGTTACTTCTAAACCTGCAGATTGTAATGCACGAATAGCTGATTCACGACCTGGACCAGGTCCTTTAACTGTTACTTCaa > 2:495970/1‑91 (MQ=255) ctctGATCGCAGTTACTTCTAAACCTGCAGATTGTAATGCACGAATAGCTGATTCACGACCTGGACCAGGTCCTTTAACTGTTACTTCAAc < 1:1692703/91‑1 (MQ=255) ctctGATCGCAGTTACTTCTAAACCTGCAGATTGTAATGCACGAATAGCTGATTCACGACCTGGACCAGGTCCTTTAACTGTTACTTCAAc < 1:2393284/91‑1 (MQ=255) tctGATCGCAGTTACTTCTAAACCTGCAGATTGTAATGCACGAATAGCTGATTCACGACCTGGACCAGGTCCTTTAACTGTTACTTCAACt < 1:2462423/91‑1 (MQ=255) tctGATCGCAGTTACTTCTAAACCTGCAGATTGTAATGCACGAATAGCTGATTCACGACCTGGACCAGGTCCTTTAACTGTTACTTCAACt < 2:3857658/91‑1 (MQ=255) tctGATCGCAGTTACTTCTAAACCTGCAGATTGTAATGCACGAATAGCTGATTCACGACCTGGACCAGGTCCTTTAACTGTTACTTCAACt < 2:1757429/91‑1 (MQ=255) aTCGCAGTTACTTCTAAACCTGCAGATTGTAATGCACGAATAGCTGATTCACGACCTGGACCAGGTCCTTTAACTGTTACTTCAACTGttt > 2:2679067/1‑91 (MQ=255) aTCGCAGTTACTTCTAAACCTGCAGATTGTAATGCACGAATAGCTGATTCACGACCTGGACCAGGTCCTTTAACTGTTACTTCAACTGttt > 2:3242056/1‑91 (MQ=255) tCGCAGTTACTTCTAAACCTGCAGATTGTAATGCACGAATAGCTGATTCACGACCTGGACCAGGTCCTTTAACTGTTACTTCAACTGtttt < 2:1813117/91‑1 (MQ=255) cGCAGTTACTTCTAAACCTGCAGATTGTAATGCACGAATAGCTGATTCACGACCTGGACCAGGTCCTTTAACTGTTACTTCAACTGttttt > 1:1420706/1‑91 (MQ=255) gCAGTTACTTCTAAACCTGCAGATTGTAATGCACGAATAGCTGATTCACGACCTGGACCAGGTCCTTTAACTGTTACTTCAACTGTTTTTa < 1:2706804/91‑1 (MQ=255) gCAGTTACTTCTAAACCTGCAGATTGTAATGCACGAATAGCTGATTCACGACCTGGACCAGGTCCTTTAACTGTTACTTCAACTGTTTTTa < 1:774746/91‑1 (MQ=255) gCAGTTACTTCTAAACCTGCAGATTGTAATGCACGAATAGCTGATTCACGACCTGGACCAGGTCCTTTAACTGTTACTTCAACTGTTTTTa < 2:1432857/91‑1 (MQ=255) cAGTTACTTCTAAACCTGCAGATTGTAATGCACGAATAGCTGATTCACGACCTGGACCAGGTCCTTTAACTGTTACTTCAACTGTTTTTaa < 1:2841983/91‑1 (MQ=255) aGTTACTTCTAAACCTGCAGATTGTAATGCACGAATAGCTGATTCACGACCTGGACCAGGTCCTTTAACTGTTACTTCAACTGTTTTTaaa > 1:258039/1‑91 (MQ=255) aGTTACTTCTAAACCTGCAGATTGTAATGCACGAATAGCTGATTCACGACCTGGACCAGGTCCTTTAACTGTTACTTCAACTGTTTTTaaa > 2:3307709/1‑91 (MQ=255) aGTTACTTCTAAACCTGCAGATTGTAATGCACGAATAGCTGATTCACGACCTGGACCAGGTCCTTTAACTGTTACTTCAACTGTTTTTaaa < 2:437458/91‑1 (MQ=255) gTTACTTCTAAACCTGCAGATTGTAATGCACGAATAGCTGATTCACGACCTGGACCAGGTCCTTTAACTGTTACTTCAACTGTTTTTAAAc < 2:1992883/91‑1 (MQ=255) ttACTTCTAAACCTGCAGATTGTAATGCACGAATAGCTGATTCACGACCTGGACCAGGTCCTTTAACTGTTACTTCAACTGTTTTTAAAcc > 2:1868734/1‑91 (MQ=255) tACTTCTAAACCTGCAGATTGTAATGCACGAATAGCTGATTCACGACCTGGACCAGGTCCTTTAACTGTTACTTCAACTGTTTTTAAACCa > 1:1080998/1‑91 (MQ=255) ttCTAAACCTGCAGATTGTAATGCACGAATAGCTGATTCACGACCTGGACCAGGTCCTTTAACTGTTACTTCAACTGTTTTTAAACCATGc < 2:303160/91‑1 (MQ=255) ttCTAAACCTGCAGATTGTAATGCACGAATAGCTGATTCACGACCTGGACCAGGTCCTTTAACTGTTACTTCAACTGTTTTTAAACCATGc > 2:1658080/1‑91 (MQ=255) ttCTAAACCTGCAGATGGTAATGCACGAATAGCTGATTCACGACCTGGACCAGGTCCTTTAACTGTTACTTCAACTGTTTTTAAACCATGc < 2:3705607/91‑1 (MQ=255) aaaCCTGCAGATTGTAATGCACGAATAGCTGATTCACGACCTGGACCAGGTCCTTTAACTGTTACTTCAACTGTTTTTAAACCATGCTCCa < 2:622978/91‑1 (MQ=255) aaCCTGCAGATTGTAATGCACGAATAGCTGATTCACGACCTGGACCAGGTCCTTTAACTGTTACTTCAACTGTTTTTAAACCATGCTCCAt < 1:1459154/91‑1 (MQ=255) aaCCTGCAGATTGTAATGCACGAATAGCTGATTCACGACCTGGACCAGGTCCTTTAACTGTTACTTCAACTGTTTTTAAACCATGCTCCAt < 2:300305/91‑1 (MQ=255) aaCCTGCAGATTGTAATGCACGAATAGCTGATTCACGACCTGGACCAGGTCCTTTAACTGTTACTTCAACTGTTTTTAAACCATGCTCCAt < 2:2308724/91‑1 (MQ=255) aCCTGCAGATTGTAATGCACGAATAGCTGATTCACGACCTGGACCAGGTCCTTTAACTGTTACTTCAACTGTTTTTAAACCATGCTCCATa < 1:2504569/91‑1 (MQ=255) ccTGCAGATTGTAATGCACGAATAGCTGATTCACGACCTGGACCAGGTCCTTTAACTGTTACTTCAACTGTTTTTAAACCATGCTCCATAg < 1:3493409/91‑1 (MQ=255) ccTGCAGATTGTAATGCACGAATAGCTGATTCACGACCTGGACCAGGTCCTTTAACTGTTACTTCAACTGTTTTTAAACCATGCTCCATAg > 1:1665540/1‑91 (MQ=255) cTGCAGATTGTAATGTACGAATAGCTGATTCACGACCTGGACCAGGTCCTTTAACTGTTACTTCAACTGTTTTTAAACCATGCTCCATAGc > 2:3403057/1‑91 (MQ=255) tGCAGATTGTAATGCACGAATAGCTGATTCACGACCTGGACCAGGTCCTTTAACTGTTACTTCAACTGTTTTTAAACCATGCTCCATAGCt < 2:222653/91‑1 (MQ=255) gCAGATTGTAATGCACGAATAGCTGATTCACGACCTGGACCAGGTCCTTTAACTGTTACTTCAACTGTTTTTAAACCATGCTCCATAGCTg < 2:2406511/91‑1 (MQ=255) gATTGTAATGCACGAATAGCTGATTCACGACCTGGACCAGGTCCTTTAACTGTTACTTCAACTGTTTTTAAACCATGCTCCATAGCTGAtt < 1:2267044/91‑1 (MQ=255) gATTGTAATGCACGAATAGCTGATTCACGACCTGGACCAGGTCCTTTAACTGTTACTTCAACTGTTTTTAAACCATGCTCCATAGCTGAtt < 1:3274257/91‑1 (MQ=255) aTTGTAATGCACGAATAGCTGATTCACGACCTGGACCAGGTCCTTTAACTGTTACTTCAACTGTTTTTAAACCATGCTCCATAGCTGAttt < 1:1870915/91‑1 (MQ=255) aTTGTAATGCACGAATAGCTGATTCACGACCTGGACCAGGTCCTTTAACTGTTACTTCAACTGTTTTTAAACCATGCTCCATAGCTGAttt > 1:511822/1‑91 (MQ=255) gTAATGCACGAATAGCTGATTCACGACCTGGACCAGGTCCTTTAACTGTTACTTCAACTGTTTTTAAACCATGCTCCATAGCTGATTTAGa < 2:2178335/91‑1 (MQ=255) aTGCACGAATAGCTGATTCACGACCTGGACCAGGTCCTTTAACTGTTACTTCAACTGTTTTTAAACCATGCTCCATAGCTGATTTAGATGc < 1:3294299/91‑1 (MQ=255) tGCACGAATAGCTGATTCACGACCTGGACCAGGTCCTTTAACTGTTACTTCAACTGTTTTTAAACCATGCTCCa > 2:386456/1‑74 (MQ=255) 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cTGATTCACGACCTGGACCAGGTCCTTTAACTGTTACTTCAACTGTTTTTAAACCATGCTCCATAGCTGATTTAGATGCAGTTTCAGAAGc < 2:248119/91‑1 (MQ=255) tGATTCACGACCTGGACCAGGTCCTTTAACTGTTACTTCAACTGTTTTTAAACCATGCTCCATAGCTGATTTAGATGCAGTTTCAGAAGcc < 2:2780516/91‑1 (MQ=255) tGATTCACGACCTGGACCAGGTCCTTTAACTGTTACTTCAACTGTTTTTAAACCATGCTCCATAGCTGATTTAGATGCAGTTTCAGAAGcc > 2:1078587/1‑91 (MQ=255) tGATTCACGACCTGGACCAGGTCCTTTAACTGTTACTTCAACTGTTTTTAAACCATGCTCCATAGCTGATTTAGATGCAGTTTCAGAAGcc > 1:1221974/1‑91 (MQ=255) tGATTCACGACCTGGACCAGGTCCTTTAACTGTTACTTCAACTGTTTTTAAACCATGCTCCATAGCTGATTTAGATGCAGTTTCAGAAGcc > 1:648622/1‑91 (MQ=255) gATTCACGACCTGGACCAGGTCCTTTAACTGTTACTTCAACTGTTTTTAAACCATGCTCCATAGCTGATTTAGATGCAGTTTCAGAAGCCa > 1:1913160/1‑91 (MQ=255) gATTCACGACCTGGACCAGGTCCTTTAACTGTTACTTCAACTGTTTTTAAACCATGCTCCATAGCTGATTTAGATGCAGTTTCAGAAGCCa < 1:262007/91‑1 (MQ=255) tCACGACCTGGACCAGGTCCTTTAACTGTTACTTCAACTGTTTTTAAACCATGCTCCATAGCTGATTTAGATGCAGTTTCAGAAGCCAttt > 1:3838338/1‑91 (MQ=255) 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aCCTGGACCAGGTCCTTTAACTGTTACTTCAACTGTTTTTAAACCATGCTCCATAGCTGATTTAGATGCAGTTTCAGAAGCCATTtgcagc < 2:3064043/91‑5 (MQ=255) aCCTGGACCAGGTCCTTTAACTGTTACTTCAACTGTTTTTAAACCATGCTCCATAGCTGATTTAGATGCAGTTTCAGAAGCCATTTGtgct > 2:3124159/1‑91 (MQ=255) aCCTGGACCAGGTCCTTTAACTGTTACTTCAACTGTTTTTAAACCATGCTCCATAGCTGATTTAGATGCAGTTTCAGAAGCCATTTGtgct < 1:745372/91‑1 (MQ=255) ccTGGTCCAGGTCCTTTAACTGTTACTTCAACTGTTTTTAAACCATGCTCCATAGCTTATTTAGACGCAGTTTCAGAAGCCATTTGtgctg > 2:583294/1‑91 (MQ=255) ccTGGTCCAGGTCCTTTAACTGTTACTTCAACTGTTTTTAAACCATGCTCCATAGCTGATTTAGATGCAGTTTCAGAAGCCATTTGtgctg > 1:1048068/1‑91 (MQ=255) ccTGGACCAGGTCCTTTAACTGTTACTTCAACTGTTTTTAAACCATGCTCCATAGCTGATTTAGATGCAGTTTCAGAAGCCATTTGtgctg > 2:3495825/1‑91 (MQ=255) cTGGTCCAGGTCCTTTAACTGTTACTTCAACTGTTTTTAAACCATGCTCCATAGCTGATTTAGATGCAGTTTCAGAAGCCATTTGtgctgc > 1:319940/1‑91 (MQ=255) cTGGACCAGGTCCTTTAACTGTTACTTCAACTGTTTTTAAACCATGCTCCATAGCTGATTTAGATGCAGTTTCAGAAGCCATTTGtgctgc > 1:2789517/1‑91 (MQ=255) cTGGACCAGGTCCTTTAACTGTTACTTCAACTGTTTTTAAACCATGCTCCATAGCTGATTTAGATGCAGTTTCAGAAGCCATTTGtgctgc < 1:495970/91‑1 (MQ=255) ggACCAGGTCCTTTAACTGTTACTTCAACTGTTTTTAAACCATGCTCCATAGCTGATTTAGATGCAGTTTCAGAAGCCATTtgc < 2:1403956/84‑2 (MQ=255) ggACCAGGTCCTTTAACTGTTACTTCAACTGTTTTTAAACCATGCTCCATAGCTGATTTAGATGCAGTTTCAGAAGCCATTTGTGCTGCaa > 1:1636260/1‑91 (MQ=255) ggACCAGGTCCTTTAACTGTTACTTCAACTGTTTTTAAACCATGCTCCATAGCTGATTTAGATGCAGTTTCAGAAGCCATTTGTGCTGCaa > 2:1483764/1‑91 (MQ=255) ggACCAGGTCCTTTAACTGTTACTTCAACTGTTTTTAAACCATGCTCCATAGATGATTTAGATGCAGTTTCAGAAGCCATTTGTGCTGCaa > 1:542478/1‑91 (MQ=255) aCCAGGTCCTTTAACTGTTACTTCAACTGTTTTTAAACCATGCTCCATAGCTGATTTAGATGCAGTTTCAGAAGCCATTTGTGCTGCAAAt > 1:2184401/1‑91 (MQ=255) | ACCGTTATGAGGTACTGGAGTAACGTCTCTGATCGCAGTTACTTCTAAACCTGCAGATTGTAATGCACGAATAGCTGATTCACGACCTGGACCAGGTCCTTTAACTGTTACTTCAACTGTTTTTAAACCATGCTCCATAGCTGATTTAGATGCAGTTTCAGAAGCCATTTGTGCTGCAAAT > USA300TCH1516_ALE/2359022‑2359202 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |